DNA序列3D圖形表示及進化樹算法研究.pdf

1、隨著人類基因組計劃的開展，以及各種生物基因序列的研究，產生了越來越多的分子序列數(shù)據(jù)。對這些序列數(shù)據(jù)進行科學的分析、處理推動了生物信息學的發(fā)展。隨著基因序列的增長，基因序列的圖形表達方法已成為研究基因序列的重要手段，如何給出有效的基因序列圖形表達方式并在此基礎上對基因的分類以及基因進化關系進行分析是生物信息學中一個熱門課題。 本文將在DNA序列圖形表示方法、生物序列的相似性分析及進化樹構建算法方面進行研究。 本文首先對幾種

2、典型的DNA序列的三維圖形表示方法進行討論，在此基礎上提出一種新的DNA序列的3D曲線表示法——N曲線，可以將DNA序列的字符編碼轉換成空間曲線。對于任意的DNA序列有唯一的N曲線與之對應，并證明了N曲線中不存在環(huán)和退化現(xiàn)象以及N曲線符合DNA序列的對稱性，同時給出了N曲線所包含的生物特征。 在基于圖形的序列相似性分析中，常用矩陣的不變量λ度量序列的特征，而λ的計算隨著矩陣維數(shù)（序列長度）的增加而變得十分復雜，文中提出了一個新的