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文檔簡介
1、目的:探討2013-2015年貴陽地區(qū)手足口病患兒中腸道病毒71型(EV71)的流行趨勢及VP1、VP4基因序列特征;從而為該病的防治提供一定的有效信息。
方法:對來自2013-2015年手足口病患兒的220例EV71陽性臨床樣本進行VP1、VP4全序列的逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)擴增測序,并與美國國立生物技術(shù)信息中心公布
2、的EV71 A、B、C基因型代表株進行核酸系統(tǒng)進化樹分析,以及核苷酸同源性分析和氨基酸比對分析。
結(jié)果:進化樹顯示220例EV71 VP1與VP4均與C4標準株成簇,并且220例樣本之間EV71的VP1片段核苷酸及氨基酸一致性分別為97.77%和99.63%,VP4片段核苷酸及氨基酸一致性分別為97.72%和99.93%,樣本EV71 VP1及VP4核苷酸序列均與GenBank C基因型標準株接近,VP1核苷酸同源性為86.9
3、8%~98.09%,VP4核苷酸同源性為84.06%~99.03%,其中與2008年北京市的EV71流行株(C4亞型)VPl區(qū)核苷酸同源性為96.86%-98.09%,VP4為94.21-99.03%,同時。氨基酸變異方面與2008年中國大陸流行毒株相比,EV71的VP1片段氨基酸序列主要發(fā)生了以下變異,22位組氨酸(H)22/220變異為谷氨酰胺(Q),145位谷氨酸(E)13/220變異為甘氨酸(G),145位谷氨酸(E)13/22
4、0變異為谷氨酰胺(Q),283位絲氨酸(S)15/220變異為蘇氨酸(T),289位丙氨酸(A)47/220變異為蘇氨酸(T),293位丙氨酸(A)18/220變異為絲氨酸(S),EV71的VP4片段氨基酸序列發(fā)生H13Y、E14Q、E14K、A19G、I25M、S45R、Q48L、D51H、K52R、D59N、K69N等突變,突變率均為1/220。
結(jié)論:2013-2015年貴陽地區(qū)手足口病患兒中的EV71流行株均屬C基因型
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