浙江省地方豬群體遺傳結(jié)構(gòu)研究.pdf

1、浙江省地處中國東南部，擁有豐富的豬種資源。這些浙江省地方豬種雖然生長速度慢，飼料轉(zhuǎn)化率低，但是繁殖力高、抗病力強、性早熟而且肉質(zhì)鮮美。根據(jù)2011版的《中國畜禽遺傳資源志·豬志》的報道，浙江省地方豬種包括碧湖豬、淳安花豬、岔路黑豬、金華兩頭烏、嘉興黑豬、嵊縣花豬以及蘭溪花豬，對于這些群體的劃分主要依賴于表型而缺乏分子層面上的研究。迄今為止，國內(nèi)外科學家對浙江省地方豬的研究只有關(guān)于金華兩頭烏的報道，而對其他地方品種的研究還停留在利用微衛(wèi)星

2、分子標記的水平上。在全基因組層面上對所有浙江省地方豬種進行遺傳變異研究尚未見報道。同時，為了提高瘦肉率，不少豬場無節(jié)制的引入外來品種卻缺乏有效的保種措施，有些寶貴的地方品種已經(jīng)處于滅絕邊緣。因此，在分子層面上進一步深刻揭示浙江省地方豬種遺傳水平，進而有效保護品種已經(jīng)刻不容緩。隨著第二代測序技術(shù)的發(fā)展，低成本、高覆蓋的高通量測序應用越來越普遍，從而使得從全基因組層面上研究地方豬種成為可能。因此本實驗的主要研究目的是利用GGRS簡化基因組測

3、序技術(shù)，在全基因組范圍內(nèi)對浙江省地方豬種進行遺傳變異的檢測并通過對遺傳多樣性、群體結(jié)構(gòu)以及連鎖不平衡的分析驗證品種劃分的合理性，同時在分子水平上更深刻的認識這些品種，了解不同品種的分子特種，從而對今后的保種工作提供建議和依據(jù)。研究內(nèi)容和結(jié)果如下:
　　(1)全基因組遺傳變異檢測:本實驗利用GGRS簡化基因組測序平臺對7個浙江省地方品種共計361個樣本構(gòu)建基因組文庫并進行全基因組遺傳變異檢測。經(jīng)過iBLUP軟件進行基因型填補和質(zhì)控之

4、后，我們檢測到SNP標記共計108603個，這些SNP在染色體上分布均勻，數(shù)量均一。通過對參考基因組進行匹配，這些SNP標記中有31.6％位于基因上。這些標記在豐富中國地方豬種遺傳變異標記數(shù)據(jù)庫的同時，也為后續(xù)分析提供了基礎。
　　(2)遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu)分析:本實驗利用檢測出的遺傳變異標記對浙江省地方豬品種的遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu)進行分析。遺傳多樣性的分析主要包含了三個參數(shù)，其中期望雜合度(HE)的計算結(jié)果顯示，外國豬種HE范圍

5、介于0.389～0.395，略高于浙江省地方豬種(0.359～0.382);而等位基因豐度(AR)和標記多態(tài)比例(PN)的計算結(jié)果表明，浙江省地方豬相比外國豬種具有較高的遺傳多樣性，其中岔路黑豬的多樣性程度最高(AR=1.97，PN=0.99)，長白豬最低(AR=1.82，PN=0.84)。系統(tǒng)發(fā)生樹、主成分分析和群體遺傳結(jié)構(gòu)的研究結(jié)果均表明，浙江省地方豬群體之間能夠清晰獨立聚類，且群體之間的遺傳距離較外來豬種群體內(nèi)要更大。以上結(jié)果表明

6、，地方豬種之間的差異比外國品種之間的差異還要大，浙江省地方豬種的品種劃分在分子水平上是合理的，并且每個品種都具有自己獨特的分子特征。
　　(3)連鎖不平衡分析:連鎖不平衡衰減分析表明，浙江省地方豬種的連鎖不平衡程度比外國豬種要低，連鎖不平衡的衰減更為明顯。同時對連鎖不平衡區(qū)間的估計顯示，浙江省地方豬種的連鎖不平衡區(qū)間范圍介于188.2kb～280.6kb之間，而外國豬種的連鎖不平衡區(qū)間范圍介于680.3kb～752.8kb之間。這

7、主要和浙江省地方豬種在漫長的馴化中經(jīng)歷的選擇程度較低有關(guān)。通過對群體內(nèi)連鎖不平衡程度的估計，為我們對今后的分析和保種工作提供了寶貴依據(jù)。
　　總結(jié):(1)本試驗利用GGRS簡化基因組技術(shù)，首次在分子層面上揭示了浙江省七個地方豬種的遺傳變異水平，獲得高密度的SNP標記，并且為這些SNPs功能進行了初步預測，為建立中國地方豬種質(zhì)資源遺傳變異數(shù)據(jù)庫提供了基礎，也為后續(xù)的分析提供了依據(jù)。
　　(2)本試驗利用高密度SNP標記，首次對