從江香豬7個(gè)CNVR群體遺傳多態(tài)性研究.pdf

1、拷貝數(shù)變異（copy number variation,CNV）是一種重要的基因組結(jié)構(gòu)變異，主要通過(guò)擾亂基因及劑量效應(yīng)來(lái)影響動(dòng)物的表型性狀和改變基因的表達(dá)量。本實(shí)驗(yàn)室通過(guò)Illumina公司生產(chǎn)的Illumia procine60K芯片在120頭香豬中檢測(cè)到了213個(gè)CNVRs。本研究中采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR（Real-time Quantitative PCR,qPCR）方法對(duì)選取的7個(gè)CNVR（6個(gè)芯片顯示在香豬高低產(chǎn)中拷貝數(shù)變異頻

2、率有差異的區(qū)間和含KIT基因的CNVR108）進(jìn)行大樣本驗(yàn)證，研究香豬基因組結(jié)構(gòu)和功能。同時(shí)結(jié)合相關(guān)性分析及功能注釋來(lái)研究拷貝數(shù)變異對(duì)香豬生長(zhǎng)繁殖的調(diào)控機(jī)理。
　　獲得主要結(jié)果包括：
　　1、6個(gè)CNVR中，CNVR21、CNVR115、CNVR137以拷貝數(shù)增加為主；CNVR69、CNVR81以拷貝數(shù)缺失為主；CNVR206以正常拷貝為主，但拷貝數(shù)增加所占比例大于缺失比例。經(jīng)卡方檢驗(yàn)知CNVR21、CNVR81、CNVR2

3、06拷貝數(shù)變異頻率在高低產(chǎn)中差異性不顯著（P>0.05）；CNVR69、CNVR115、CNVR137三個(gè)區(qū)間的拷貝數(shù)變異頻率在高低產(chǎn)中差異性顯著（P<0.05）。
　　2、相關(guān)性分析得，CNVR21，樣本拷貝數(shù)與香豬經(jīng)產(chǎn)產(chǎn)仔數(shù)、體高、體長(zhǎng)、體寬和胸圍之間呈輕度相關(guān)，相關(guān)系數(shù)為0.283，0.309，0.286，0.347，0.334；CNVR115，樣本拷貝數(shù)與體寬、胸圍呈輕度正相關(guān)，相關(guān)系數(shù)為0.293，0.263；與總?cè)轭^數(shù)

4、、初產(chǎn)、二產(chǎn)、經(jīng)產(chǎn)產(chǎn)仔數(shù)都達(dá)到了輕度相關(guān)，相關(guān)系數(shù)為0.314，0.474，0.255，0.250。功能注釋發(fā)現(xiàn)兩個(gè)區(qū)間包含多個(gè)嗅覺(jué)基因，豬品種間比較得香豬在4種豬品種CNVR21區(qū)間的拷貝數(shù)增加的比例是最大的為88.46％，次之為可樂(lè)豬（35.71%）、大白豬（30.00%）、榮昌豬（0%）。推測(cè)CNVR21中嗅覺(jué)基因多拷貝數(shù)現(xiàn)象增加了香豬對(duì)食物的敏感性，可能是香豬對(duì)野外放牧養(yǎng)殖方式的適應(yīng)性反應(yīng)。CNVR115，統(tǒng)計(jì)顯示，香豬，可樂(lè)豬

5、、榮昌豬及大白豬的拷貝數(shù)均以增加為主，且增加比例榮昌豬（84.38%）>大白豬(77.27%)>可樂(lè)豬(75.00%)>香豬(71.43%)。推測(cè)CNVR115拷貝數(shù)的增加對(duì)產(chǎn)仔數(shù)具有正調(diào)控作用。
　　3、相關(guān)性分析得，CNVR69，樣本拷貝數(shù)與體寬呈輕度相關(guān)，相關(guān)系數(shù)為0.283。CNVR81，樣本拷貝數(shù)與體高、體長(zhǎng)呈輕度負(fù)相關(guān)，相關(guān)系數(shù)為-0.264，-0.272。功能注釋兩個(gè)區(qū)域的相關(guān)基因ANKS1B；SFRS11和LRRC

6、40。豬品種間比較，缺失比例均為榮昌豬>大白豬>可樂(lè)豬>香豬。推測(cè)在香豬中ANKS1B基因的拷貝數(shù)缺失可能與高產(chǎn)相關(guān)，同時(shí)也可能是香豬抗病性的原因。SFRS11、LRRC40兩個(gè)基因在香豬的繁殖和生長(zhǎng)方面起負(fù)調(diào)控。
　　4、相關(guān)性分析得到，CNVR137，樣本拷貝數(shù)與體長(zhǎng)、管圍呈輕度負(fù)相關(guān)，相關(guān)系數(shù)為-0.311，-0.278；與總?cè)轭^數(shù)/初產(chǎn)產(chǎn)仔數(shù)的相關(guān)性達(dá)到輕度相關(guān)，相關(guān)系數(shù)為0.291和0.294。CNVR206，所檢測(cè)樣本

7、拷貝數(shù)與香豬經(jīng)產(chǎn)產(chǎn)仔數(shù)呈輕度相關(guān)，相關(guān)系數(shù)為0.458；與各項(xiàng)體尺指標(biāo)間相關(guān)性均不相關(guān)。功能注釋CNVR137、CNVR206兩個(gè)區(qū)間不含有任何基因。推測(cè)CNVR137可能抑制香豬的生長(zhǎng)速度，且與產(chǎn)仔數(shù)有一定關(guān)系。因CNVR137/206區(qū)段為新發(fā)現(xiàn)的拷貝數(shù)變異區(qū)，且區(qū)間注釋還未完善，故具體作用機(jī)制有待進(jìn)一步研究。
　　5、采用qPCR技術(shù)對(duì)以黑/棕毛色為主的4個(gè)貴州地方豬品種及以白毛色為主的大白豬和可樂(lè)豬樣本中CNVR108中的

8、KIT基因的拷貝數(shù)進(jìn)行檢測(cè)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)貴州地方豬品種中全黑/全棕毛色個(gè)體的KIT基因拷貝數(shù)以缺失為主，黑色帶白斑個(gè)體的KIT基因拷貝數(shù)全部缺失，而棕色帶白個(gè)體的KIT基因拷貝數(shù)增加、正常各占50%。作為對(duì)照的大白豬樣本的KIT基因拷貝數(shù)顯著增加，榮昌豬中KIT基因拷貝數(shù)以正常類型為主。表明大白豬的白毛色由KIT基因拷貝數(shù)增加決定，但榮昌豬的白毛色可能與KIT基因的拷貝數(shù)變異之間沒(méi)有直接的聯(lián)系；4個(gè)貴州地方豬品種的全黑/全棕色毛色與KIT基