群體選擇方法的并行設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn).pdf

1、伴隨著中性理論、群體遺傳學(xué)以及DNA測(cè)序技術(shù)不斷發(fā)展，結(jié)合DNA分子數(shù)據(jù)分析方法的建立和完善，使得群體選擇、群體遺傳多樣性和群體遺傳結(jié)構(gòu)方面的研究得到了更加廣泛關(guān)注。
　　本文在理論研究的基礎(chǔ)上，進(jìn)一步探討了群體選擇方法的并行過(guò)程，以便于提高運(yùn)算效率。本文從群體遺傳多樣性方法的原理出發(fā)，對(duì)中性進(jìn)化方法、連鎖不平衡和單倍型塊進(jìn)行了深入的研究。在實(shí)際應(yīng)用方面，為了提高種群選擇方法的運(yùn)行效率，采用OpenMP并行技術(shù)實(shí)現(xiàn)了群體選擇方法的

2、并行計(jì)算:中性理論Tajima'sD算法的并行計(jì)算、連鎖不平衡的并行計(jì)算和基于EM算法推斷單倍型頻率的并行計(jì)算。通過(guò)對(duì)算法的仔細(xì)研究，對(duì)程序的并行粒度劃分、負(fù)載平衡安排、調(diào)度策略實(shí)施和線程設(shè)置等進(jìn)行系統(tǒng)分析與并行優(yōu)化，從而提高程序的加速比和CPU運(yùn)行效率。
　　群體選擇方法的計(jì)算是以DNA分子序列為基礎(chǔ)，Tajima'sD方法采用并行技術(shù)對(duì)單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)上基因型頻率進(jìn)行運(yùn)算，得到中性進(jìn)化結(jié)果。對(duì)于連鎖不平衡過(guò)程，主要研究了不同