蛋白質(zhì)序列特征表達(dá)及其在亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)中的應(yīng)用.pdf

1、分子藥物設(shè)計(jì)是利用蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能信息來造福人類的有力工具，對(duì)蛋白質(zhì)的序列-結(jié)構(gòu)-功能之間的關(guān)系進(jìn)行闡釋是后基因組時(shí)代的一項(xiàng)重要任務(wù)。隨著研究的深入，研究者發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)類和亞細(xì)胞位置都與20種常見氨基酸在序列中的組成密切相關(guān)。在根據(jù)氨基酸序列預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)類或亞細(xì)胞位置等問題中，氨基酸序列的特征描述會(huì)直接影響到預(yù)測(cè)質(zhì)量。
　　 本文主要圍繞蛋白質(zhì)序列的特征表達(dá)這一主題，針對(duì)蛋白質(zhì)序列的圖形表示方法及其在亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)問題

2、，做了深入的研究。主要工作包括：
　　 首先，本文完全基于蛋白質(zhì)序列進(jìn)行研究，數(shù)字特征提取所依據(jù)的信息直接來源于序列本身。論文提出了一種新的三維蛋白質(zhì)序列圖形表示方法，為20種常見氨基酸構(gòu)建了映射坐標(biāo)，再由映射坐標(biāo)構(gòu)造蛋白質(zhì)序列的坐標(biāo)。蛋白質(zhì)對(duì)位排列表BLOSUM62計(jì)分矩陣體現(xiàn)了20種常見氨基酸與其它氨基酸配對(duì)的統(tǒng)計(jì)信息，并支持親緣關(guān)系較遠(yuǎn)的蛋白質(zhì)序列相似性分析，本文從該矩陣中提取20種常見氨基酸的計(jì)分信息作為其映射坐標(biāo)y值；

3、從大量的序列中統(tǒng)計(jì)出20種氨基酸的出現(xiàn)頻率值，作為X映射坐標(biāo)；用蛋白質(zhì)序列的序號(hào)值作為氨基酸的Z映射坐標(biāo)值。蛋白質(zhì)序列坐標(biāo)則根據(jù)映射坐標(biāo)演化得來。將2條長(zhǎng)度為30的經(jīng)典的釀酒酵母氨酸蛋白質(zhì)序列段刻畫在該坐標(biāo)系中，能從中分析出2條序列的4個(gè)不同點(diǎn)，該實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明該圖形表示方法對(duì)蛋白質(zhì)序列的相似性分析具有可行性。
　　 其次，從序列的3維圖形中提取X-Y平面信息，基于歐幾里得距離公式，提出了一個(gè)距離計(jì)算方法，分析了9個(gè)物種的線粒體N