基于網(wǎng)絡整合的復合功能模塊挖掘算法研究.pdf

1、結合轉(zhuǎn)錄調(diào)控關系和蛋白質(zhì)相互作用挖掘的復合功能模塊，對于解釋轉(zhuǎn)錄機制、預測未知調(diào)控關系、揭示蛋白質(zhì)功能、解釋生物過程具有十分重要的意義。高通量實驗技術為我們獲得了大規(guī)模轉(zhuǎn)錄調(diào)控和蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)，然而，目前的研究或只針對某一特定網(wǎng)絡，或側重于整合兩種關系網(wǎng)絡上的基本組成結構研究，忽略了兩種關系之間的聯(lián)系及復合功能模塊自身的拓撲特征，因此結合拓撲特征等網(wǎng)絡信息挖掘復合功能模塊存在巨大研究空間。
　　融合轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡和蛋白質(zhì)相互作用

2、網(wǎng)絡，本文采用衡量復合功能模塊結構緊湊性的共調(diào)控密度，提出了一種挖掘復合功能模塊的算法—CRMD（Composite functional modules detection）算法。將算法應用于酵母和人類兩個數(shù)據(jù)集，分析獲得模塊的功能一致性、富集情況、通路富集情況，并與其他算法進行了比較，功能和KEGG通路富集情況均優(yōu)于其他算法的識別結果。特別是在人類數(shù)據(jù)集上，通過通路分析發(fā)現(xiàn)復合功能模塊與人類疾病之間存在關聯(lián)，以癌癥為例，觀察復合功能

3、模塊中癌癥基因的富集情況。通過實驗分析，說明CRMD挖掘的復合功能模塊在功能上基本保持一致且具有潛在研究價值。
　　上述算法是針對復合功能模塊的拓撲特性，通過對轉(zhuǎn)錄調(diào)控關系和蛋白質(zhì)相互作用的進一步分析，靶基因之間存在一種特殊關聯(lián) C-pair，即同時存在蛋白質(zhì)相互作用和被同一轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的基因之間存在的關系，因此本文提出了一種基于C-pair的復合功能模塊挖掘算法—CPCRM（Discovering composite funct