Multiple Sequence Alignment Using Dynamic Programming Technique.pdf

1、多重序列比對(MSA)是在現(xiàn)代生物學領域應用中的最重要方法之一。MSA被應用于生物信息學中的不同領域，譬如功能和結構預測以及基因的進化。不過MSA是一個NP-hard問題，因此啟發(fā)式方法可在合理的時間內完成大量的數(shù)據(jù)比對。
　　 當進行比對時，我們有許多不同的方法如動態(tài)規(guī)劃法、啟發(fā)性方法、漸進法等。在現(xiàn)有的探索性方法中。CLUSTALW被認為是一種優(yōu)越的應用軟件，其能夠提供較優(yōu)勢的序列分析法。雖然有著許多不同方法。但我們不能確定

2、哪種方法是最好的，因為它們都具有不同的優(yōu)勢.
　　 本論文將介紹多重序列比對理論和現(xiàn)有的MSA應用程序。此后本文將基于動態(tài)規(guī)劃法進行分析及提出解決方案。本文逐漸完成雙序列比對、三序列比對和多中心比對(MCSA)。在每次測試中，選取不同長度的序列，并對結果進行了分析。
　　 本論文的主要工作是在動態(tài)規(guī)劃法基礎上改進了矩陣分析方法。本論文使用最低分數(shù)構成矩陣并會按由下而上方向填人數(shù)據(jù)，序列此對結果取決于“打分矩陣、差距、方法