基于非天然氨基酸進行TRAG-3抗原表位的改造及親和力分析.pdf

1、目的:利用非蛋白氨基酸對TRAG-3(58-66)( ILLRDAGLV) CTL表位肽進行結構修飾,以期篩選到既能克服肽酶水解,又能在體激發(fā)較強CTL反應的高親和性CTL模擬表位,為進一步探索基于非蛋白氨基酸CTL模擬表位設計高效擬肽疫苗奠定基礎。
　　方法:首先,利用非天然氨基酸對 TRAG-3(58-66)( ILLRDAGLV) CTL表位的各個天然氨基酸位點進行替換,即氨基酸由 L型替換為 D型,得到修飾的肽配體(Alt

2、ered peptide ligands. APLs);然后,借助本實驗室的SCI O2工作站及并行計算系統(tǒng),并對APLs與HLA-A*0201分子的三維結構進行分子模擬研究與實驗相結合,進行CTL模擬表位的高通量篩選,從中篩選出2條MHC親和力較高的APLs合成、純化和鑒定;最后,通過體外經典的T2肽結合實驗和多肽在人血漿中穩(wěn)定性實驗分析各肽在體內抗酶解的能力以及其半衰期。
　　結果:利用非天然氨基酸對 TRAG-3(58-66

3、)( ILLRDAGLV) CTL表位的各個天然氨基酸位點進行替換,得到了8條 CTL模擬表位肽( APLs)——P1 TRAG-3(58-66) I(D)LLRDAGLV、P2 TRAG-3(58-66) IL(D)LRDAGLV、P3 TRAG-3(58-66 ILL(D)RDAGLV、P4 TRAG-3(58-66) ILLR(D)DAGLV、 P5 TRAG-3(58-66)ILLRD(D)AGLV、 P6 TRAG-3(58-

4、66) ILLRDA(D)GLV、P8 TRAG-3(58-66)ILLRDAGL(D)V、P9 TRAG-3(58-66)ILLRDAGLV(D);利用計算機分子模擬研究,我們得到2條CTL模擬表位肽P5 TRAG-3(58-66) ILL RD(D) AG LV、P6 TRAG-3(58-66) ILLRDA(D)GLV,與HLA-A*0201分子相互作用,其氫鍵數(shù)目分別為12、8,P5比天然表位肽(氫鍵數(shù)目為11)要多,P6較天然

5、表位肽略少,且錨定殘基(P2—P9)的距離分別為18.38,16.29,均滿足大部分HLA-A*0201限制性CTL表位的錨定殘基在15—20?之間的要求,其溶劑可及表面積P5中的P2為0,P9為0.193?2, P6中P2為0.386?2,P9為0.902?2,均分別小于天然表位肽中P2為1.401?2,P9為3.035?2,故綜上所述,我們得到2條CTL模擬表位肽P5 TRAG-3(58-66) ILL RD(D) AG LV、P6

6、 TRAG-3(58-66) ILLRDA(D)GLV,與HLA-A*0201分子相互作用,其親和力較天然表位肽要更好;通過體外經典的T2肽結合實驗,也驗證了與計算機分子模擬研究同樣的結果,FI值分別為1.50,2.09,均較天然表位肽(FI值為1.49)要更好。
　　結論:利用非蛋白氨基酸替換相對應位點的天然氨基酸進行結構改造得到的8個APLs,通過計算機分子模擬研究篩選得到兩條親和力較天然表位更好的模擬表位肽,然后通過體外的親