基于RNA-Seq技術(shù)對黃果柑平、凸蒂性狀形成機(jī)理的初步探究.pdf

1、本試驗(yàn)以課題組前期調(diào)查的平蒂形(Flat Type，F(xiàn)T)和凸蒂形(Prominent Type，PT)黃果柑(Citrus cultivar cv.Huangguogan)為研究材料，為研究調(diào)控其果蒂性狀的內(nèi)在機(jī)理，試驗(yàn)首先通過常規(guī)的果實(shí)品質(zhì)分析方法，分析比較了兩種類型的黃果柑在成熟期時(shí)的果實(shí)品質(zhì)差異情況，緊接著從ISSR分子標(biāo)記手段研究兩者是否在遺傳物質(zhì)上發(fā)生了改變，同時(shí)結(jié)合熒光定量PCR研究了調(diào)控細(xì)胞壁代謝的相關(guān)酶關(guān)鍵基因XET，

2、分析了其生物學(xué)信息及在分別在平蒂形(FT)和凸蒂形(PT)黃果柑中的表達(dá)水平，分析它與該性狀的關(guān)系。最后結(jié)合RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組測序的手段分析了FT和PT在兩個生長發(fā)育階段差異基因的表達(dá)情況，研究結(jié)果表明:
　　1.通過對比先鋒鄉(xiāng)和豐樂鄉(xiāng)當(dāng)?shù)爻墒炱跁r(shí)平蒂形(FT)與凸蒂形(PT)黃果柑果實(shí)品質(zhì)，發(fā)現(xiàn)從總糖含量和糖酸比上，F(xiàn)T比PT均有優(yōu)勢。設(shè)計(jì)的引物無法用ISSR-PCR分子標(biāo)記方法將兩者區(qū)分開來，可能兩者并沒有遺傳物質(zhì)上的差異。

3、
　　2.通過改良的CTAB法提取黃果柑果皮總RNA，然后反轉(zhuǎn)錄為cDNA，并設(shè)計(jì)XET基因擴(kuò)增引物，克隆出黃果柑中的XET基因(CitXET)，分析其生物學(xué)信息，另外設(shè)計(jì)CitXET基因的定量PCR引物，以反轉(zhuǎn)錄的cDNA為模板，研究CitXET基因在FT和PT黃果柑果皮中的表達(dá)水平。結(jié)果表明:黃果柑XET基因全長960 bp，與其它植物序列具有較高的同源性。該基因編碼319個氨基酸，蛋白質(zhì)分子量為37.4547 kDa，等電點(diǎn)

4、為9.05，分子式為C1724H2548N448O466S14，是一個具有跨膜結(jié)構(gòu)的親水性蛋白。序列比對及進(jìn)化樹分析，XET在進(jìn)化的過程中具有高度的保守性。CitXET具有GH16等結(jié)構(gòu)域，屬于糖苷水解酶GH16超家族的成員，其含有該家族的特征基序DEIDFEFLG。熒光定量顯示CitXET在兩種類型的黃果柑中有差異表達(dá)，但并沒達(dá)到顯著水平，說明CitXET并沒在黃果柑果蒂差異性狀中起到關(guān)鍵的調(diào)控作用，有可能是有多基因共同調(diào)控。