基于RAG基因序列分析的南海海域14種笛鯛屬魚類的分子分類學研究.pdf

1、采用聚合酶鏈式反應(yīng)(PCR)技術(shù)對笛鯛屬的14個習見種：畫眉笛鯛(Lutjanusvitta)、金帶笛鯛(Lutjanus vaigiensis)、馬拉巴笛鯛(Lutjanus malabaricus)、金焰笛鯛(Lutianus fulviflamma)、千年笛鯛(Lutjanus sebae)、線紋笛鯛(Lutjanus linoeatus)、星點笛鯛(Lutjanus stellatus)、約氏笛鯛(Lutjanus johni)

2、、勒氏笛鯛(Lutjanus russelli)、紅鰭笛鯛(Lutjanus erythropterus)、奧氏笛鯛(Lutjanus ophuysenii)、四帶笛鯛(Lutianuskasmira)、紫紅笛鯛(Lutjanus argentimaculatus)、孟加拉笛鯛(Lutjanus bengalensis)核基因組DNA中的RAG(recombination activating genes)基因的兩個部分RAG1和RAG

3、2的部分序列進行了擴增。PCR產(chǎn)物純化后經(jīng)T載體連接進行克隆、測序，序列結(jié)果對比拼接后提交GenBank并獲得序列登錄號。擴增得到的RAG1和RAG2部分序列片段長度分別為1464bp和545bp，對核酸編碼序列和序列所編碼氨基酸序列，選用牙鲆RAG基因全序列為外群，利用測得序列分別構(gòu)建了分子系統(tǒng)樹，并結(jié)合線粒體DNA三個區(qū)段，cytb，COI，COIl的全序列，從核DNA水平，蛋白質(zhì)水平，線粒體DNA水平三個不同的角度，通過分子系統(tǒng)研

4、究過程中一致和聯(lián)合的原則，對14種笛鯛屬魚類進行了分子系統(tǒng)學分類。并通過魚類外形特征對所的結(jié)果加以印證和分析。結(jié)果表明，綜合分析所得到的分子進化樹，與形態(tài)學分類系統(tǒng)能夠較好的吻合。體色和體側(cè)帶型與分子進化樹分支出現(xiàn)了較為明顯的相關(guān)性，支持在14種笛鯛屬魚類的范圍中，分為兩個大的支系。同時，分析結(jié)果還支持馬拉巴笛鯛與紅鰭笛鯛以及四帶笛鯛與孟加拉笛鯛共同存在于中國南海，均屬于外部形態(tài)非常相似的兩個親緣關(guān)系很近的物種。同時支持畫眉笛鯛和奧氏笛