五個不同地區(qū)牦牛部分生產(chǎn)性能候選基因多態(tài)性的研究.pdf

1、本研究利用PCR-SSCP和PCR-RFLP技術(shù)，對新疆巴州牦牛、天祝白牦牛、甘南牦牛、青海環(huán)湖牦牛四個不同類群及培育品種大通牦牛PRL、PRLR、GH、GHR、IGF-Ⅰ五個候選基因遺傳多態(tài)性進行了測定，分析了等位基因頻率、基因型頻率、多態(tài)信息含量、雜合度和有效等位基因數(shù)等指標，并運用最小二乘法分析了所發(fā)現(xiàn)的基因多態(tài)位點與牦牛體尺、體重等生長發(fā)育性狀的關(guān)系，初步探討了PRL、PRLR、GH、GHR、IGF-Ⅰ基因作為影響生長發(fā)育性狀候

2、選基因的可能性，取得了如下研究結(jié)果： 1.利用PCR-SSCP技術(shù)對類胰島素生長因子-Ⅰ基因(IGf-Ⅰ)多態(tài)性研究表明： (1)首次在牦牛IGF-Ⅰ基因的第1內(nèi)含子發(fā)現(xiàn)PCR-SSCP多態(tài)，IGF-Ⅰ基因第1內(nèi)含子的PCR-SSCP多態(tài)性檢測結(jié)果表明，該多態(tài)位點由一對等位基因A、B控制，序列比對發(fā)現(xiàn)在67bp處單堿基C的缺失，造成了該多態(tài)位點的出現(xiàn)。等位基因A(B)在大通牦牛、天祝白牦牛、甘南牦牛、青海環(huán)湖牦牛、新疆巴

3、州牦牛群體中的基因頻率分別為：0.9028(0.0972)、0.9234(0.0766)、0.8485(0.1515)、0.7929(0.2071)、0.9200(0.0800)，等位基因A為五個群體中的優(yōu)勢等位基因。 (2)IGF-Ⅰ基因第5外顯子的PCR-SSCP分析結(jié)果表明，品種間基因型分布存在顯著差異。在大通牦牛中檢測到了從、BB和AB三種基因型，而在其它群體中只發(fā)現(xiàn)從型，呈單態(tài)型，達到了純合狀態(tài)。經(jīng)克隆測序表明：該位點

4、的多態(tài)是由于在202bp處一個T→C的突變，導致等位基因A突變成等位基因B。 (3)對IGF-Ⅰ基因上2個多態(tài)位點不同基因型與大通牦牛6月齡生長發(fā)育性狀指標進行顯著性檢驗，結(jié)果表明，IGF-Ⅰ基因第Ⅰ內(nèi)含子AA基因型的體重、體斜長顯著高于AB、BB基因型(P<0.05)。 (4)IGF-Ⅰ基因的二個多態(tài)位點基因型與大通牦牛早期發(fā)育的分析表明，18月齡IGF-Ⅰ第5外顯子位點AA基因型的個體體高最小二乘均值(91.43cm

5、)，與BB型(80.00cm)差異顯著(P<0.05)。在牦牛的早期選育中，AA型個體可以作為選留的對象。 (5)六月齡大通牦牛群體體尺指標與甘南牦牛和天祝白牦牛群體比較可以看出不論公牛群還是母牛群，大通牦牛的平均體重顯著大于甘南牦牛和天祝牦牛群體平均體重(P<0.05)：大通牦牛的平均體斜長顯著比甘南牦牛和天祝白牦牛長(P<0.05)，而胸圍相比大通牦牛略高于其它兩個群體但差異不顯著(P>0.05)。在這些體尺指標上，大通牦牛

6、表現(xiàn)出明顯的優(yōu)勢。 2.利用PCR-SSCP和PCR-RFLP技術(shù)對GH基因、GHR基因多態(tài)性進行了研究，結(jié)果表明： (1)GH基因第3外顯子在183bp處發(fā)生T-C突變，該多態(tài)位點由一對等位基因A、B控制，其中A為優(yōu)勢等位基因，AA為優(yōu)勢基因型。五個群體的哈代-溫伯格平衡檢驗結(jié)果顯示，青海大通牦牛、青海環(huán)湖牦牛、天祝白牦牛、甘南牦牛處于非平衡狀態(tài)。運用最小二乘法對三個牦牛群體進行分析發(fā)現(xiàn)GH基因第3外顯子對體重有顯著影

7、響 (P<0.05)，其中，最小二乘法得出的均值，AA型最大，AB型次之，最小的為BB型。另外，GH基因第3外顯子對體長也有顯著影響(P<0.05)，其中AA型體長最長，AB型次之，BB型體長最短。GH基因第3外顯子對體高、胸圍、管圍無顯著性影響(P>0.05)。 (2)GH基因第5外顯子在64bp處發(fā)生A-C的突變。GH基因第5外顯子位點上，A1為優(yōu)勢等位基因，A1A1為優(yōu)勢等位基因型。五個品種進行的哈代-溫伯格平衡檢驗結(jié)果顯

8、示，甘南牦牛處于非平衡狀態(tài)；運用最小二乘法對五個牦牛品種進行分析發(fā)現(xiàn)第5外顯子對生長發(fā)育指標沒有顯著影響(P>0.05)。 (3)經(jīng)過PCR-SSCP分析，GH基因保守區(qū)位點呈單態(tài)性，沒有發(fā)現(xiàn)多態(tài)性信息。 (4)經(jīng)過PCR-RFLP分析，特異性GH-I R引物對牦?；蜻M行PCR擴增，得到一條長約1244bp的產(chǎn)物，用限制性內(nèi)切酶AvaⅠ、HaeⅢ、HinfⅠ、PstⅠ、SmaⅠ進行酶切，AvaⅠ、HinfⅠ、HaeⅢ、

9、PstⅠ均具有預(yù)期的酶切位點，沒有發(fā)現(xiàn)多態(tài)性，而SmaⅠ不具有預(yù)期的酶切位點，經(jīng)測序比較，發(fā)現(xiàn)在878位點處的Sma I酶切位點“CCClGGG”丟失。 特異性GH-2R引物對牦?；蚪M進行PCR擴增，得到長度約為1037bp的DNA片段。采用限制性內(nèi)切酶HinfⅠ、SmaⅠ、PstⅠ對該PCR產(chǎn)物進行單酶酶切，結(jié)果發(fā)現(xiàn)HinfⅠ、SmaⅠ、PstⅠ均具有酶切位點，且電泳檢測結(jié)果與預(yù)期相一致，不具有限制性片段長度多態(tài)性。而GH-

10、2R在限制性內(nèi)切酶HaeⅢ的切點中，電泳檢測結(jié)果與預(yù)期不一致，經(jīng)測序比較，發(fā)現(xiàn)在75位點處的酶切位點“CClGG”丟失。 3.利用PER-SSCP技術(shù)對PRL、PRLR基因多態(tài)性進行了研究，結(jié)果表明： 催乳素受體基因的第2外顯子、第3外顯子在大通牦牛、甘南牦牛、天祝白牦牛、青海環(huán)湖牦牛、新疆巴州牦牛5個品種中檢測到了AA、AB和BB基因型，而且在PRLR-exon2中A等位基因為5個牦牛群體的優(yōu)勢等位基因，具有較高的基因

11、頻率；在PRLR-exon3中，B等位基因較A基因占優(yōu)勢。PRLR-exon2在大通牦牛、新疆牦牛、天祝白牦牛、青海環(huán)湖牦牛、甘南牦牛A基因頻率都超過了0.500，分別為0.520、0.560、0.600、0.580和0.640。基因多態(tài)信息表現(xiàn)為中度多態(tài)。測序表明催乳素受體基因第二外顯子在174bp處的突變，為A→G，表現(xiàn)多態(tài)性。PRLR-exon3，在大通牦牛、天祝白牦牛、甘南牦牛、青海環(huán)湖牦牛、新疆牦牛五個群體中都檢測出從、BB、

12、AB三個基因型，而且B等位基因為優(yōu)勢等位基因。PRLR-exon3的PCR-SSCP結(jié)果及測序結(jié)果分析顯示該位點的98bp處多態(tài)為C→G取代造成。等位基因A(B)在大通牦牛，天祝白牦牛、甘南牦牛、青環(huán)湖原牦牛、新疆巴州牦牛的基因頻率分別為：0.460(0.540)、0.420(0.580)、0.500(0.500)、0.460(0.540)、0.450(0.550)。在PRLR-exon3中，除了在天祝白牦牛中表現(xiàn)為高度多態(tài)，其余牦牛品