基于主成分分析和迭代自組織數(shù)據(jù)分析的阿爾茨海默病致病候選基因的識別.pdf

1、阿爾茨海默病(Alzheimer's disease，AD)是一種最常見的癡呆，它的致病機(jī)理還沒有搞清楚。為了深入理解它的致病機(jī)制，基因芯片微陣列數(shù)據(jù)及其分析變得很有意義，并且這方面的研究已經(jīng)取得了一定進(jìn)展。因此，本文先介紹了前人的工作:觀察數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)基因表達(dá)水平行向量之間的強(qiáng)線性相關(guān)性特征，進(jìn)而利用主成分分析法對與AD相關(guān)的基因芯片微陣列數(shù)據(jù)進(jìn)行降維處理，并發(fā)現(xiàn)列數(shù)據(jù)的緊致聚類特征，并基于此，設(shè)計(jì)一維聚類算法，估計(jì)出原始數(shù)據(jù)類的信息（類

2、個(gè)數(shù)和類中心）。但是，我們發(fā)現(xiàn)盡管第一主成分已經(jīng)占了大多數(shù)信息(約90％)，但是剩余的10％的信息也是重要的。因此，本文提出利用一個(gè)能夠吸取原有結(jié)果的經(jīng)驗(yàn)對聚類結(jié)果進(jìn)行再調(diào)整的高維算法想法，即迭代自組織數(shù)據(jù)分析算法，進(jìn)一步對估計(jì)出來的類和類的個(gè)數(shù)進(jìn)行優(yōu)化，期望得到一個(gè)理想的聚類模式。然后利用該聚類模式，采用共軛表達(dá)判據(jù)和緊致破缺判據(jù)，識別出了37個(gè)AD候選基因，已有9個(gè)得到其他團(tuán)隊(duì)研究的支持。此外，對這些這些基因還做了生物學(xué)分析，得到一