MyNetworker：一款新型的生物網(wǎng)絡(luò)處理軟件.pdf

1、生物學(xué)研究的迅猛發(fā)展導(dǎo)致了大量數(shù)據(jù)的產(chǎn)生,針對(duì)這些數(shù)據(jù)的后續(xù)分析和預(yù)測(cè)導(dǎo)致了生物信息學(xué)這門(mén)新興學(xué)科的飛速發(fā)展。在基于基因、蛋白質(zhì)序列及結(jié)構(gòu)方面的分析工具研究上,相關(guān)軟件、網(wǎng)絡(luò)平臺(tái)層出不窮；然而在生物網(wǎng)絡(luò)的研究方向上,可供使用的軟件工具、平臺(tái)卻還不多。 在這種背景條件下,本文調(diào)查研究了現(xiàn)有的幾款主流生物網(wǎng)絡(luò)處理軟件:Pajek、Cell Designer、CellIllustrator,總結(jié)了它們各自在軟件設(shè)計(jì)和功能上的優(yōu)點(diǎn)和不足

2、之處。在此基礎(chǔ)上,使用Java編程技術(shù)和MVC軟件開(kāi)發(fā)設(shè)計(jì)模式,利用JUNG這一方便易用的網(wǎng)絡(luò)處理框架和SWING這一強(qiáng)大的圖形用戶(hù)界面框架,開(kāi)發(fā)出一款新型的生物網(wǎng)絡(luò)分析處理軟件:MyNetworker。該工具提供了普通軟件的通用功能、多種生物網(wǎng)絡(luò)文件格式的識(shí)別功能(Pajek的NET格式、SBML以及GraphML等)、生物網(wǎng)絡(luò)的顯示和編輯功能,基本網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)算法分析功能以及網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)的列表功能。與相關(guān)領(lǐng)域現(xiàn)有的開(kāi)源或商業(yè)軟件相比,本軟件