甘藍型油菜MAGIC群體的遺傳結構分析及應用.pdf

1、油菜在我國是具有傳統(tǒng)優(yōu)勢的重要油料作物。油菜產(chǎn)量、品質性狀及其他重要農(nóng)藝性狀的遺傳基礎解析一直是育種家們研究的重點方向。傳統(tǒng)的雙親作圖群體及自然群體在油菜優(yōu)質基因發(fā)掘及遺傳分析中已有廣泛應用。MAGIC群體，即多親本高代互交群體(Multi-parent Advanced Generation Inter-cross)，是近年來發(fā)展起來的新一代遺傳作圖及育種群體，目前還沒有關于其構建和利用的報道。本研究利用SSR標記對一個包括545個株

2、系的甘藍型油菜MAGIC群體進行了群體遺傳多樣性分析及遺傳距離聚類分析;在此基礎上選取了由204個株系組成的MAGIC子群體，利用60K基因芯片對其進行了群體連鎖不平衡分析和品質性狀的關聯(lián)分析。主要研究結果如下:
　　1.用60對SSR標記分析MAGIC的遺傳多樣性，共擴增261個等位基因，平均每個位點4.35個。每個標記擴增到的等位基因數(shù)為2～8個不等，其中擴增等位基因數(shù)為4的標記占比最大，為38.33％。SSR標記的PIC值均

3、值為0.48。
　　2.MAGIC群體親本間、系群間以及系群內遺傳距離分析發(fā)現(xiàn)，親本間遺傳距離＞系群間遺傳距離＞系群內遺傳距離?；谌诌z傳距離分析的結果，從每個系群中篩選出遺傳距離總和為系群內最大的3～4株系組成一個包含204個株系MAGIC子群體進行后續(xù)試驗。
　　3.采用60K芯片對MAGIC子群體及8親本進行基因型分析。在剔除雜合率大于20％的SNP10979個以及MAF小于0.05的SNP位點5997個后，將剩余下

4、的SNP位點比對到甘藍型油菜參考基因組上，得到染色體位置清晰的16583 SNP。
　　4.用上述16583 SNP對MAGIC子群體進行遺傳多樣性的分析發(fā)現(xiàn)，全基因組范圍內，SNP的PIC均值為0.40，其中A基因組PIC均值為0.39，C基因組PIC均值為0.41，略高于A基因組，PIC＞0.3的SNP有12785個，占總標記數(shù)的77.1％。
　　5.對MAGIC群體的連鎖不平衡分析發(fā)現(xiàn)，從整體來看，MAGIC群體中r2

5、衰減到0.20的物理距離約為4Mb。亞基因組A和C的LD衰減情況有明顯差異。其中，亞基因組A衰減速度較亞基因組C快，亞基因組A物理距離～700 Kb，r2衰減到0.2，～2.1 Mb，r2衰減到0.1;而亞基因組C上，r2衰減到0.2的距離為6.6 Mb，～7.7Mb時r2達到0.1。
　　6.關聯(lián)分析共鑒定到17個與芥酸含量相關的SNP，A8位點峰值SNP Bn-A08-p12814556離BnaA.FAE1只有385 Kb;鑒