基于拓撲和語義相似性的疾病基因識別算法.pdf

1、疾病一直以來威脅著人類的健康，雖然當今社會擁有更先進的醫(yī)療設(shè)備和診斷方法，但是，疾病問題依然很嚴峻。隨著人類基因組全序列測序與工作草圖的完成，生命科學進入了后基因組時代，生物科學技術(shù)得到迅猛發(fā)展，數(shù)據(jù)資源也快速增長。因此，采用計算的方法從大量的生物數(shù)據(jù)中挖掘疾病和基因之間的關(guān)系得到了越來越廣泛的關(guān)注。
　　研究表明在蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中有相互作用關(guān)系的編碼該蛋白質(zhì)的基因或者有相同功能的基因往往會導致相同的或者相似的疾病，據(jù)此提出了

2、很多基于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的疾病基因識別方法。但是，通過分析，一些導致相同疾病的基因在網(wǎng)絡(luò)中表現(xiàn)出較弱的相互作用關(guān)系，從而影響疾病基因的識別工作。因此，本文提出了整合蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的拓撲結(jié)構(gòu)相似性和基因之間的語義相似性的方法來提高疾病基因識別的準確性。首先計算蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)節(jié)點之間的拓撲結(jié)構(gòu)相似性，并以所有編碼該網(wǎng)絡(luò)中蛋白質(zhì)的基因作為候選疾病基因，其次計算蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中所有候選基因的基于生物學路徑的語義相似性，最后將這兩種相似性進