Single Nucleotide Polymorphisms and the Association Analysis with Growth and Reproductive Traits and the Expression Profiles of.pdf

1、體重是家禽產(chǎn)業(yè)最重要的性狀之一。生長受多種因素調(diào)控，如基因、激素、營養(yǎng)和環(huán)境。GH基因具有過重生理學(xué)功能，包括促進(jìn)肌肉生長、調(diào)控脂肪的生長、骨骼發(fā)育和代謝。胰島素樣生長因子IGF-Ⅰ和IGF-Ⅱ基因?qū)τ诳傮w體重和肌肉生長至關(guān)重要，它們被認(rèn)為是與胰島素具有相似結(jié)構(gòu)的促有絲分裂多肽。京海黃雞是以當(dāng)?shù)氐胤近S雞資源為育種素材，根據(jù)傳統(tǒng)遺傳育種理論，采用常規(guī)育種和分子標(biāo)記輔助選擇，經(jīng)7個世代培育而成的小型優(yōu)質(zhì)肉雞新品種，京海黃雞具有耐粗飼和抗逆性

2、強(qiáng)的特點(diǎn)。由于之前研究檢測到了許多與京海黃雞生長和繁殖性狀相關(guān)的SNPs位點(diǎn)，因此其被認(rèn)為是具有發(fā)展前景的肉雞新品種。在本研究中，我們檢測了GH、IGF-Ⅰ和IGF-Ⅱ基因中可能影響京海黃雞生長和繁殖性狀的突變位點(diǎn)，并分析了這些位點(diǎn)之間的相互作用。
　　所有的試驗(yàn)雞均孵化于同一天，籠養(yǎng)，自由采食。記錄生長和繁殖數(shù)據(jù)，并收集母雞血樣。由公雞和母雞的目標(biāo)器官中提取總RNA以研究基因表達(dá)模式，所有樣本均隨機(jī)選自飼養(yǎng)于江蘇省京海禽業(yè)集團(tuán)有

3、限公司的同一批次的京海黃雞。使用PCR、SSCP和qPCR技術(shù)分析嗎目的基因的多態(tài)性、表達(dá)譜和表達(dá)規(guī)律，并分析它們與生長和繁殖性狀的相關(guān)性。
　　GH基因多態(tài)性和關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示，GH基因中共檢測到了2個突變位點(diǎn)，分別為g.2601T＞C和g.3856G＞A突變。對于g.2601T＞C突變，TT基因型6周齡體重顯著高于CC基因型(P＜0.05)，TT和TC基因型2周齡體重和4周齡體重極顯著高于CC基因型(P＜0.05），該突變對繁

4、殖性狀沒有顯著影響(P＞0.05）。對于g.3856G＞A突變，AG基因型4周齡體重顯著高于GG基因型(P＜0.05），6周齡體重極顯著高于GG基因型（P＜0.01);繁殖性狀方面，AG和GG基因型300日齡產(chǎn)蛋量顯著高于AA基因型（P＜0.05）。g.2601T＞C和g.3856G＞A突變基因型聯(lián)合分析顯示，TT*AG基因型組合2周齡體重顯著高于CC*AA基因型組合(P＜0.05)，TT*AG和TC*AG基因型組合4周齡體重顯著高于T

5、C*GG基因型組合(P＜0.05)，TT*AG基因型組合6周齡體重顯著高于TC*GG基因型組合(P＜0.05）。相比較而言，基因型間的互作對京海黃雞生長性狀無顯著影響。表達(dá)譜分析顯示，GH基因在公雞和母雞的胸肌和腿肌中高度表達(dá)，胸肌和腿肌表達(dá)規(guī)律較為相似，母雞胸肌中GH基因的表達(dá)量略高于公雞，而公雞胸肌和腿肌中GH基因的表達(dá)量高于母雞。
　　IGF-Ⅰ基因多態(tài)性和關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示，在IGF-Ⅰ基因中檢測到一個g.295T＞C突變，

6、共分為CC、CT和TT基因型，其中CT和TT基因型8、10、12、14和16周齡體重以及開產(chǎn)日齡顯著高于CC基因型（P＜0.05)。公母雞表達(dá)水平比較分析顯示母雞各個組織中IGF-Ⅰ基因表達(dá)水平均高于公雞;公雞和母雞胸肌和腿肌中IGF-Ⅰ基因具有相似的表達(dá)規(guī)律，且腿肌中表達(dá)量略高于腿肌。
　　IGF-Ⅱ基因多態(tài)性和關(guān)聯(lián)性分析顯示，在IGF-Ⅱ基因中檢測到兩個突變，分別為g.6421 G＞A和g.13056C＞G突變。對于g.642

7、1G＞A突變，GG基因型8、12和14周齡體重顯著高于其它基因型(P＜0.05)，16周齡體重極顯著高于其它基因型（P＜0.01）;繁殖性狀方面，GG基因型開產(chǎn)體重和300日齡體重顯著高于其它基因型(P＜0.05)。對于g.13056C＞G突變，GG基因型8、10、12和14周齡體重顯著高于其它基因型(P＜0.05），16周齡體重極顯著高于其它基因型(P＜0.01);繁殖性狀方面，GG基因型開產(chǎn)體重和300日齡體重顯著高于其它基因型（P

8、＜0.05）。
　　g.6421G＞A和g.13056C＞G突變互作分析顯示，AA*DD基因型組合12和16周齡體重顯著高于所有其它基因型組合(P＜0.05），而AA*GG、AG*GG、GG*CC基因型組合14周齡體重顯著高于其它基因型組合（P＜0.05）。相比而言，基因型互作對繁殖性狀沒有顯著影響。表達(dá)分析顯示，IGF-Ⅱ基因公雞和母雞肝臟中高度表達(dá)，在母雞胸肌和腿肌中高度表達(dá)，在公母雞胸肌和腿肌中的表達(dá)規(guī)律較為相似，且腿肌中表

9、達(dá)量高于胸肌。
　　本研究還分析了GH、 IGF-Ⅰ和IGF-Ⅱ三個基因中突變的互作效應(yīng)，結(jié)果顯示，多個基因型組合與生長和繁殖性狀顯著相關(guān)。GH和IGF-Ⅰ基因突變互作分析顯示，g.2601T＞C*g.295T＞C和g.3856G＞A*g.295T＞C突變互作與生長和繁殖性狀相關(guān)，其中TC*CC、AA*TT、AG*CT、AG*TT、GG*CC和GG*CT基因型組合生長性狀優(yōu)于其它基因型組合(P＜0.01); TC*CC基因型組合繁

10、殖性狀極顯著的優(yōu)于其它基因型組合(P＜0，05)。GH和IGF-Ⅱ基因突變互作分析顯示，g.2601T＞C*g.6421G＞A、g.2601T＞C*g.13056C＞G和g.3856G＞A*g.13056C＞G突變互作與生長性狀相關(guān)，而與繁殖性狀無關(guān)。CC*GG、TC*GG、TC*CC、TT*CC、TT*CG、TT*GG和AG*GG基因型組合生長性狀顯著顯著優(yōu)于其它基因型（P＜0.05），TC*GG、TT*AA和TT*GG基因型組合生長

11、性狀極顯著優(yōu)于其它基因型(P＜0.01); g.3856G＞A*g.6421G＞A突變互作對生長和繁殖性狀無顯著影響。IGF-Ⅰ和IGF-Ⅱ基因互作分析顯示，g.295T＞C*g.6421G＞A突變互作對生長性有顯著影響，而對繁殖性狀無顯著影響。g.3856G＞A*g.13056C＞G互作對生長和繁殖性狀均無顯著影響。GH、 IGF-Ⅰ和IGF-Ⅱ基因表達(dá)水平比較分析顯示，京海黃雞公母雞大多數(shù)組織中，GH基因表達(dá)水平高于IGF-Ⅰ和IG