支持向量機(jī)在生物信息學(xué)中的應(yīng)用.pdf

1、隨著后基因組時(shí)代的到來(lái)，使用機(jī)器學(xué)習(xí)方法對(duì)生物數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘已經(jīng)成為生物學(xué)研究的一種新方法，本課題主要利用新近提出的支持向量機(jī)算法，結(jié)合生物序列的特征提取(如經(jīng)典的密碼子使用偏性分析理論，理化性質(zhì)等)，解決生物信息學(xué)中一些有關(guān)的功能序列識(shí)別和分類的問(wèn)題。 G蛋白偶聯(lián)受體屬于跨膜蛋白的大家族，在藥物設(shè)計(jì)中起著很重要的作用。本文通過(guò)提取序列的單氨基酸頻率、雙聯(lián)氨基酸頻率以及蛋白序列對(duì)應(yīng)的mRNA序列的密碼子使用偏性序列特征，結(jié)合支

2、持向量機(jī)方法，對(duì)G蛋白偶聯(lián)受體類別進(jìn)行識(shí)別，并進(jìn)一步對(duì)GPCR蛋白家族類別進(jìn)行分類預(yù)測(cè)。我們首次利用核酸序列的信息(前人主要利用氨基酸序列信息)，提取了密碼子使用偏性的序列特征，并取得了很好的預(yù)測(cè)效果。 研究基因組重組冷熱點(diǎn)有助于了解減數(shù)分裂重組機(jī)制。結(jié)合支持向量機(jī)方法，本論文通過(guò)提取序列二聯(lián)堿基特征以及密碼子使用偏性的序列特征，獨(dú)創(chuàng)性地對(duì)酵母基因組減數(shù)分裂重組冷熱點(diǎn)區(qū)的ORF序列進(jìn)行了分類，結(jié)果表明密碼子使用偏性是很好的區(qū)分重

3、組冷熱點(diǎn)的統(tǒng)計(jì)量。 水平轉(zhuǎn)移基因在物種進(jìn)化中起著很重要的作用。本論文中，我們?nèi)斯つM水平轉(zhuǎn)移基因的數(shù)據(jù)，通過(guò)提取基因密碼子使用偏性的序列特征，提取了序列密碼子使用偏性以及二聯(lián)堿基頻率的特征，使用支持向量機(jī)的方法，來(lái)識(shí)別包氏螺旋體菌(Borrelia burgdorferi)、人腸桿菌(Escheriehia coli)、蠟狀芽孢桿菌(Bacillus cereus)三種物種基因組中的水平轉(zhuǎn)移基因。結(jié)果表明，密碼子使用偏性的序列特