利用轉(zhuǎn)錄組分析研究柑橘砧穗間mRNA的移動(dòng).pdf

1、柑橘作為世界第一大果樹品種，由于具有較長(zhǎng)的童期，柑橘育種受到了嚴(yán)重阻礙。在實(shí)際生產(chǎn)上采用嫁接技術(shù)可以有效縮短童期，避免實(shí)生繁殖帶來的開花晚、始果期遲、盛產(chǎn)期延后等現(xiàn)象。嫁接苗木的始果期可以由實(shí)生苗的6-8年縮短到3-5年，而且嫁接繁殖可以根據(jù)需要選擇不同的砧木，從而改善果實(shí)的品質(zhì)和提高果實(shí)產(chǎn)量，使同一批苗木的各項(xiàng)生理生長(zhǎng)習(xí)性高度保持一致。本實(shí)驗(yàn)將克里曼丁橘嫁接于早實(shí)枳上，用接穗的母樹克里曼丁橘和未嫁接的早實(shí)枳作為對(duì)照。將它們分別進(jìn)行轉(zhuǎn)錄

2、組測(cè)序后，進(jìn)行生物信息學(xué)分析比較。利用接穗和砧木間特異的SNP作為標(biāo)簽對(duì)mRNA進(jìn)行標(biāo)記，從而研究嫁接后接穗和砧木間mRNA的移動(dòng)和嫁接后砧穗間基因表達(dá)變化。主要結(jié)果如下:
　　1、根據(jù)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析可知，嫁接柑橘的砧木和接穗中有基因存在差異表達(dá)。而且基因表達(dá)量的變化砧木比接穗更明顯。嫁接后的砧木和對(duì)照組相比有598個(gè)基因表達(dá)量顯著上調(diào)，993個(gè)基因表達(dá)量顯著下調(diào);而接穗嫁接后和對(duì)照組相比較只有53個(gè)基因表達(dá)量顯著上調(diào)，69個(gè)基因

3、表達(dá)量顯著下調(diào)。由此可知嫁接對(duì)植株的接穗部分基因表達(dá)量的影響小于對(duì)砧木部分;
　　2、比對(duì)分析發(fā)現(xiàn)，在接穗中檢測(cè)到砧木特異的SNP有563個(gè)，砧木中檢測(cè)到接穗特異的SNP有1268個(gè);接穗中檢測(cè)到砧木的InDel有3個(gè)，砧木中檢測(cè)到接穗的InDel有33個(gè)。結(jié)果表明嫁接植株上的砧木和接穗間存在SNP和InDel的變化;而對(duì)于嫁接植物而言，無論是SNP還是InDel，砧木的變化總是比接穗的變化大，向下移動(dòng)的數(shù)量總是比向上移動(dòng)的數(shù)量多

4、;
　　3、以SNP作為標(biāo)簽，利用嫁接前后砧穗組織中mRNA的SNP變化判斷嫁接植物中mRNA的移動(dòng)。分析發(fā)現(xiàn)存在向上移動(dòng)SNP的mRNA有452個(gè)，存在向下移動(dòng)SNP的mRNA有960個(gè)，上下均有SNP移動(dòng)的mRNA有16個(gè);結(jié)果表明植物嫁接后在接穗和砧木間存在mRNA的移動(dòng)。而且向上移動(dòng)的mRNA比向下移動(dòng)的mRNA少，同時(shí)還存在少部分的mRNA可以在砧穗間雙向移動(dòng);
　　4、將驗(yàn)證后存在可以移動(dòng)的mRNA的基因分別在克