中條山丹參突變體的轉(zhuǎn)錄組分析研究.pdf

1、丹參（Salvia miltiorrhizaBunge）屬于雙子葉植物唇形科鼠尾草屬植物，是中國(guó)傳統(tǒng)中藥，主要以干燥根部入藥。丹參具備的特征有：生長(zhǎng)期短、易培育、繁殖方式多樣、對(duì)環(huán)境要求低、基因組小、染色體數(shù)目少（2n=16）等，有利于分子生物學(xué)和遺傳學(xué)的分析。丹參作為重要的傳統(tǒng)中藥，針對(duì)它的高通量測(cè)序、功能基因研究、體內(nèi)藥用成分的分析和作用機(jī)理等研究也紛紛展開(kāi)。本研究以中條山二倍體植株和中條山突變體為材料展開(kāi)。為了更好的了解突變體產(chǎn)生

2、根部粗大的機(jī)制，我們?cè)趯?duì)對(duì)照組和實(shí)驗(yàn)組提取了RNA之后，運(yùn)用Illumina二代測(cè)序方法進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序并進(jìn)行分析。本研究主要結(jié)果如下：
　　1.用去壁低滲法對(duì)中條山丹參和突變體進(jìn)行核型分析，結(jié)果表明，突變體植株較正常二倍體細(xì)胞核內(nèi)多了一條小染色體段片；
　　2.轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)經(jīng)除雜組裝后共得到46770條Unigene，長(zhǎng)度在1Kb以上的有15394條。基因結(jié)構(gòu)分析獲得ORF46481個(gè)，SSR有63058個(gè)，SNP位點(diǎn)有

3、1005151個(gè)；
　　3.中條山二倍體丹參與突變體的差異表達(dá)分析，得到差異基因數(shù)目為5087條，其中表現(xiàn)上調(diào)的基因有2230條，表現(xiàn)下調(diào)的基因有2857條。
　　4.通過(guò)生物信息學(xué)對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行注釋?zhuān)ㄅcNR、Swiss-Prot、KEGG、COG、GO數(shù)據(jù)庫(kù)的比對(duì)，共獲得33,586條Unigenes注釋結(jié)果。
　　5.通過(guò)qPCR，成功驗(yàn)證了18個(gè)基因的相對(duì)表達(dá)量與測(cè)序結(jié)果一致，證明了測(cè)序數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性。