藥物設(shè)計(jì)的網(wǎng)格平臺(tái)搭建.pdf

1、隨著X射線衍射以及核磁共振等技術(shù)的發(fā)展，越來越多的生物大分子的三維結(jié)構(gòu)被測(cè)定出來，計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)呈現(xiàn)出了突飛猛進(jìn)之勢(shì)，藥物分子虛擬篩選是其中的重要環(huán)節(jié)。計(jì)算機(jī)藥物篩選可以顯著地縮短新藥的研發(fā)周期、降低研發(fā)費(fèi)用。計(jì)算機(jī)藥物篩選一般是針對(duì)選定的靶標(biāo)，使用高性能并行計(jì)算機(jī)，從龐大的小分子庫(kù)中篩選出具有藥理活性的化合物。然而，進(jìn)行虛擬篩選不僅要搜索化合物小分子庫(kù)，而且要對(duì)庫(kù)中的小分子進(jìn)行分子篩選，即便對(duì)柔性小分子，粗略估計(jì)在其設(shè)計(jì)空間中也至

2、少含1030個(gè)解，再加上龐大的數(shù)據(jù)庫(kù)搜索，需要耗費(fèi)巨大的計(jì)算機(jī)時(shí)間，普通計(jì)算環(huán)境難以在可以接受的時(shí)間內(nèi)得到滿意的結(jié)果。 近年來，網(wǎng)格技術(shù)得到了飛速的發(fā)展。網(wǎng)格為使用者提供了與地理位置無關(guān)和具體的計(jì)算設(shè)施無關(guān)的通用的計(jì)算能力和資源，它代表了一種先進(jìn)的技術(shù)和基礎(chǔ)設(shè)施，是繼互聯(lián)網(wǎng)之后又一次重大科技進(jìn)步。把網(wǎng)格技術(shù)引入到虛擬篩選中，借助于網(wǎng)格的資源和計(jì)算能力，可以很好地解決虛擬篩選所面臨的搜索空間問題。新藥研發(fā)網(wǎng)格正是基于這樣的背景而發(fā)