藥物設(shè)計的網(wǎng)格平臺搭建.pdf

1、隨著X射線衍射以及核磁共振等技術(shù)的發(fā)展，越來越多的生物大分子的三維結(jié)構(gòu)被測定出來，計算機(jī)輔助藥物設(shè)計呈現(xiàn)出了突飛猛進(jìn)之勢，藥物分子虛擬篩選是其中的重要環(huán)節(jié)。計算機(jī)藥物篩選可以顯著地縮短新藥的研發(fā)周期、降低研發(fā)費(fèi)用。計算機(jī)藥物篩選一般是針對選定的靶標(biāo)，使用高性能并行計算機(jī)，從龐大的小分子庫中篩選出具有藥理活性的化合物。然而，進(jìn)行虛擬篩選不僅要搜索化合物小分子庫，而且要對庫中的小分子進(jìn)行分子篩選，即便對柔性小分子，粗略估計在其設(shè)計空間中也至

2、少含1030個解，再加上龐大的數(shù)據(jù)庫搜索，需要耗費(fèi)巨大的計算機(jī)時間，普通計算環(huán)境難以在可以接受的時間內(nèi)得到滿意的結(jié)果。 近年來，網(wǎng)格技術(shù)得到了飛速的發(fā)展。網(wǎng)格為使用者提供了與地理位置無關(guān)和具體的計算設(shè)施無關(guān)的通用的計算能力和資源，它代表了一種先進(jìn)的技術(shù)和基礎(chǔ)設(shè)施，是繼互聯(lián)網(wǎng)之后又一次重大科技進(jìn)步。把網(wǎng)格技術(shù)引入到虛擬篩選中，借助于網(wǎng)格的資源和計算能力，可以很好地解決虛擬篩選所面臨的搜索空間問題。新藥研發(fā)網(wǎng)格正是基于這樣的背景而發(fā)