18388.abeemσπ極化力場和abinitio方法應(yīng)用于氨基酸二肽水溶液的研究

1、分類號：密級：學(xué)校代碼：10165學(xué)號：201211000941遣享何花大擎碩士學(xué)位論文ABEEMt了n極化力場和AbInitio方法應(yīng)用于氨基酸二肽水溶液的研究作者姓名：學(xué)科、專業(yè)：研究方向：導(dǎo)師姓名：郭威威物理化學(xué)理論與計算化學(xué)趙東霞教授20l5年4月遼寧師范大學(xué)碩士學(xué)位論文摘要蛋白質(zhì)對生命活動有很重要的作用，構(gòu)成它最基本的物質(zhì)是氨基酸。通常生物和化學(xué)反應(yīng)在溶液中進(jìn)行，尤其是水溶液，進(jìn)而研究氨基酸二肽的水溶液的結(jié)構(gòu)和性質(zhì)具有重要意義

2、。本文首先應(yīng)用ABEEMo吼浮動電荷極化分子力場，采用NVT系綜，在溫度為298K下對氨基酸二肽的水溶液進(jìn)行動力學(xué)模擬。模擬1ns后，計算其非氫原子坐標(biāo)與初始結(jié)構(gòu)相比的均方根偏差平均值，其中非氫原子包括骨架原子、Ca原子、支鏈原子和重原子。然后使用ABEEMordGB／SA模型計算它們的溶劑化自由能、溶劑化自由能的非極性和極性部分、溶劑可及表面積以及親水表面積和疏水表面積。ABEEMo阢極化分子力場與GB／SA結(jié)合所計算它們的溶劑化自由

3、能都小于零，即都可以溶于水。獲得二肽分子的溶劑可及表面積與其自身含有的原子數(shù)成正比；獲得了Arg、Glu、Lys、Asp、His、Gly、Thr、Cys、Asn、Ser、GIn、Tyr二肽親水性較強(qiáng)：Leu、Met、Phe、Pro、Trp、Val、Ala、lie二肽疏水性較強(qiáng)。也就是說，極性二肽更易親水，與實驗事實相符。此外，還應(yīng)用了Gaussian程序包中的極化的連續(xù)介質(zhì)模型(PC峋的MP2／augccpvdz方法計算了中性極性的二肽

4、和帶電的極性的二肽在不同溶劑中的溶劑化自由能。這些溶劑包括極性溶劑的水和四氫呋喃(PIF)，以及非極性溶劑的氯仿(CHCl3)和四氯化碳(cch)。獲得了極性二肽比非極性二肽更易溶于水和四氫呋喃(THF)。最后，ABED如怕B／SA模型所計算的中性氨基酸二肽分子的溶劑化自由能與AbInitio方法得到的進(jìn)行比較，得到的數(shù)值相差不大，有很好的一致性。說明ABEEMo吼浮動電荷極化分子力場可以很好地研究氨基酸二肽水溶液以及較準(zhǔn)確地計算它們的