應用ABEEM σπ-MM方法計算小分子肽及二肽分子不同構象的總能量.pdf

1、生物體中的肽具有極其重要的生理功能，在細胞內發(fā)揮一定的生物活性，因此研究肽的性質是非常必要的。本文研究了小分子肽及二肽分子不同構象的總能量。
　　 本文把原子—鍵電負性均衡方法(ABEEMσπ)和分子力場(MM)結合在一起，采用ABEEMσπ/MM方法的分子總能量計算方法，計算小分子肽及二肽分子不同構象的總能量。首先，通過計算模型分子的總能量調節(jié)不同類型的原子價態(tài)能量參數，進而計算小分子肽的總能量。把所得的分子總能量結果與從頭算

2、(MP2/6—311++G(d，p))方法計算的結果相比，得出小分子肽總能量的絕對偏差小于9．0000 kcal/mol，相對偏差小于19．0000×10—6，且均方根偏差3．4500 kcal/mol，相對均方根偏差6．9190×10—6西。其次，又對二肽分子不同構象的總能量進行了計算，所得的分子總能量結果與從頭算(MP2/6—311++G(d，p))方法計算的結果相比，得出二肽分子不同構象總能量的絕對偏差小于2．0000 kcal/

3、mol，相對偏差小于4．0000×10—6，且均方根偏差1．0647 kcal/mol，相對均方根偏差2．7016×10—6。以上結果表明，ABEEMσπ/MM方法計算的分子總能量結果與從頭算(MP2/6—311++G(d，p))方法計算的結果具有較好的一致性，同時，也說明所調的原子價態(tài)能量參數具有很好的可轉移性。此外，應用ABEEMσπ/MM方法計算分子總能量遠遠快于從頭算(MP2/6．311++G(d，p))方法。這些工作為以后計算