24923.單核苷酸重復(fù)序列與密碼子對(duì)偏好性的研究

1、碩士學(xué)位論文MSDissertation單核苷酸重復(fù)序列與密碼子對(duì)偏好性的研究Avoidanceoflongmononucleotiderepeatsincodonpairusage茍曉曦XiaoxiGou導(dǎo)師：田大成教授楊四海副教授Mentor：ProfDachengTianAssociateProfSihaiYang南京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院SchoolofLifeSciences，NanjingUniversity南京中國(guó)南尿甲國(guó)Nan

2、jing，China2011年5月May2011畢業(yè)論文題目：望核董酸重復(fù)莊到皇蜜蛩王牡偏妊絲故研究指導(dǎo)教師(姓名、職稱)：旦太盛塾攫拯四瀣副夔援摘要蛋白質(zhì)是生物的重要組成部分，地球上任何生命體的蛋白質(zhì)合成都是由密碼子所介導(dǎo)。在64種密碼子中，雖然有些密碼子編碼同一種氨基酸，但它們的使用頻率卻常常差異很大。人們對(duì)導(dǎo)致密碼子使用偏好的因素進(jìn)行了很多研究，但對(duì)于單核苷酸重復(fù)這一高突變因素所引起的密碼子及密碼子對(duì)使用頻率的改變卻知之甚少。在本

3、研究中，我們?cè)?3種細(xì)菌，68種古細(xì)菌和13種真核生物中進(jìn)行了單核苷酸重復(fù)及密碼子對(duì)使用偏好的全基因組調(diào)查。在將密碼子使用偏好同密碼子對(duì)使用偏好區(qū)分開之后，我們揭示了四種基本的單核苷酸重復(fù)的避讓模式：密碼子對(duì)中5—6個(gè)單核苷酸重復(fù)的強(qiáng)避讓模式；C—G重復(fù)的密碼子對(duì)(C—G對(duì))比A—T重復(fù)的密碼子對(duì)(AT對(duì))其觀測(cè)值／期望值(o／e)要低；基因組的GC含量與包含單核苷酸重復(fù)密碼子對(duì)的o／e值呈負(fù)相關(guān)，尤其是C—G對(duì)；在高度保守的基因中，C