水稻的單核苷酸多態(tài)性研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphisms，SNPs)是生物基因組中分布最豐富并能代表遺傳變異背景的一種遺傳變異類型。了解粳稻和秈稻的SNPs頻率和單倍型的基因多樣性，可以進一步在分子水平上闡明粳稻和秈稻遺傳結(jié)構(gòu)的差異。 本研究在水稻基因組12條染色體的兩臂上各隨機選擇一個基因位點，共24個基因位點。在38個水稻(OryzasativaL.)品種中均測定并獲得清晰的DNA序列18989bp，共

2、發(fā)現(xiàn)92個SNPs位點和70個單倍型。在92個SNPs中，65個(70.6％)SNPs為轉(zhuǎn)換，轉(zhuǎn)換為主要的置換方式。應(yīng)用卡方同一性檢驗發(fā)現(xiàn)，在92個SNPs中有65個(70.6％)SNPs的等位基因頻率在秈稻和粳稻間有顯著性差異，其中5個基因位點上的11個SNPs能夠準(zhǔn)確辨別粳稻和秈稻。水稻SNPs分布不均，存在SNPs富集和SNPs貧乏的區(qū)域。粳稻和秈稻分別擁有32和67個SNPs，SNPs頻率θ值分別為0.47、1.02SNPs/k

3、b，SNPs頻率兀值分別為0.31×10.3、1.27×10。粳稻和秈稻分別有38和47種單倍型，秈稻和粳稻共同擁有15種單倍型。粳稻和秈稻的單倍型基因多樣性均值分別為0.14、0.234。單倍型的分化系數(shù)(Gst)在0～1之間，不同基因位點單倍型的分化系數(shù)既有相同，也有不同。 從以上結(jié)果可看出：總體上，粳稻的遺傳多樣性低于秈稻的遺傳多樣性，粳稻和秈稻的分化顯著。但在不同基因位點的秈粳分化程度既有相同，也有不同，表現(xiàn)出水稻群體結(jié)

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