種間雜交來(lái)源的甘藍(lán)型油菜TH RIL群體遺傳圖譜中反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子分子標(biāo)記的定位與分布分析.pdf

1、反轉(zhuǎn)座子是植物基因組內(nèi)含量非常豐富的一類重復(fù)序列。反轉(zhuǎn)座子受到組織培養(yǎng)、種間雜交等過(guò)程的激活發(fā)生反轉(zhuǎn)座可能導(dǎo)致擴(kuò)增基因組大小，改變基因組結(jié)構(gòu)等作用。本實(shí)驗(yàn)室通過(guò)人工雜交方式構(gòu)建了一個(gè)隨機(jī)導(dǎo)入白菜型等位基因的甘藍(lán)型油菜重組自交系（TH RIL）群體中，該群體表現(xiàn)出一定的種間雜種優(yōu)勢(shì)。這個(gè)種間雜交過(guò)程有可能對(duì)基因組產(chǎn)生重大的沖擊作用，造成基因組結(jié)構(gòu)的巨大變化，因此種間雜交來(lái)源的甘藍(lán)型油菜基因組可能表現(xiàn)出與普通甘藍(lán)型油菜基因組的明顯差異。本研

2、究將反轉(zhuǎn)座子作為研究對(duì)象，分析種間雜交來(lái)源的甘藍(lán)型油菜基因組內(nèi)反轉(zhuǎn)座子的特點(diǎn)。研究?jī)?nèi)容如下：
　　 1.根據(jù)白菜測(cè)序過(guò)程中公布的序列信息搜索反轉(zhuǎn)座子序列，然后根據(jù)反轉(zhuǎn)座子保守的結(jié)構(gòu)域設(shè)計(jì)了37條基因組非著絲粒區(qū)反轉(zhuǎn)座子（簡(jiǎn)稱RT-nC）引物。與此同時(shí)，本實(shí)驗(yàn)室同學(xué)利用一個(gè)白菜著絲粒BAC（AC166739）中著絲粒保守的反轉(zhuǎn)座子和重復(fù)單元設(shè)計(jì)了用于擴(kuò)增著絲粒區(qū)特異反轉(zhuǎn)座子（簡(jiǎn)稱RT-C）的引物，本研究從中選擇了12對(duì)。然后利用三

3、種基于反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的分子標(biāo)記技術(shù)（SSAP，IRAP，REMAP），擴(kuò)增了326個(gè)多態(tài)性的反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子分子標(biāo)記（其中248個(gè)RT-nC標(biāo)記，78個(gè)RT-C標(biāo)記），簡(jiǎn)稱RT標(biāo)記。利用作圖軟件joinmap4.0最后將192個(gè)多態(tài)性RT標(biāo)記定位在TH RIL群體由骨架遺傳圖譜上，該骨架圖譜由408個(gè)SSR標(biāo)記和21個(gè)IBAP標(biāo)記構(gòu)建。其中41.1％的反轉(zhuǎn)座子標(biāo)記中標(biāo)記符合1：1的單基因理論分離比。
　　 2.通過(guò)分析白菜親本來(lái)源的等

4、位片段含量來(lái)評(píng)價(jià)TH RIL群體后代中白菜型外源含量導(dǎo)入的效率，發(fā)現(xiàn)：RT-nC引物擴(kuò)增的多態(tài)性帶中有20.3％的等位基因由白菜型油菜親本貢獻(xiàn)，RT-C引物擴(kuò)增的多態(tài)性帶中有17.9％的等位基因由白菜型油菜親本貢獻(xiàn)。對(duì)其中58個(gè)由白菜型油菜親本貢獻(xiàn)的白菜型等位基因在每個(gè)后代株系出現(xiàn)的頻率發(fā)現(xiàn)，每個(gè)單株后代分別能擴(kuò)增出15條-40條的白菜型片段，平均每個(gè)單株擴(kuò)增25.8條；每個(gè)白菜型等位片段在群體內(nèi)出現(xiàn)的頻率在10.2％-86.7％之間，

5、平均值為45.6％，其中近一半的白菜型等位片段在新型甘藍(lán)型油菜中的含量超出平均值。
　　 3.本研究構(gòu)建的遺傳圖譜中除了A5，C4，C6，C7外，其余的15條新型甘藍(lán)型油菜遺傳連鎖圖譜上都定位了RT標(biāo)記，其中最為豐富的是A1，A4，A8和A9。其中A1，A4，A9連鎖群上RT標(biāo)記均勻分布在整個(gè)連鎖群上，A2，A3，A6，A8，A10連鎖群上的RT標(biāo)記主要集中在連鎖群的兩端，而A7連鎖群上的RT標(biāo)記傾向于在染色體一端聚集。A1，A

6、4和．A8是RT-nC標(biāo)記富集的連鎖群，本實(shí)驗(yàn)中A4連鎖群上的RT-nC標(biāo)記彌散分布于整個(gè)連鎖群，A8連鎖群在兩端形成兩個(gè)RT-nC標(biāo)記富集區(qū)。
　　 4.比較親本和后代間擴(kuò)增的RT標(biāo)記的多少發(fā)現(xiàn)，甘藍(lán)型油菜親本擴(kuò)增帶數(shù)超過(guò)白菜型親本，而所有138個(gè)后代株系擴(kuò)增出的多態(tài)性帶數(shù)目都高于白菜型親本，其中25.4％后代株系擴(kuò)增的反轉(zhuǎn)座子帶數(shù)均超出兩親本的擴(kuò)增代數(shù)，說(shuō)明這些后代株系中發(fā)生了反轉(zhuǎn)座子拷貝數(shù)增加的過(guò)程。
　　 最后在