藏雞MHC B-G基因的遺傳多樣性研究.pdf

1、雞的主要組織相容性復(fù)合體(Major histocompatibility complex，MHC)B-G基因為禽類所特有，它與編碼MHCⅠ類和Ⅱ類抗原的基因緊密連鎖，定位于16號中等微小染色體上；由其所編碼的高度多態(tài)的B-G抗原是MHC抗原的組成部分之一，稱為雞MHC Ⅳ類抗原，又稱B-G分子，是免疫球蛋白超家族的一個特別成員。 根據(jù)GenBank紅色原雞MHC B-G基因全序列（登陸號：NC_006103.2）設(shè)計9 對引物

2、，對3個品種的雞共72只雞進(jìn)行測序分析，尋找SNPs。結(jié)果發(fā)現(xiàn)了17個單核苷酸多態(tài)位點(diǎn)，即SNPs。即引物P1全基因序列的177 位C→T、345位插入、511 位C→T、547 位T→C；引物P2 全基因序列的2053 位C→T、2035位和2032 位T→C和T→G；引物P3 全基因序列的3108 位T→C、2889 位T→A、2866 位和2864 位A→G和C→G、2822 位和2816 位C→T和G→C；P8引物全基因序列的6

3、406 位G→C、6329 位G→A、6289 位和6285 位A→G和G→T。分別對17個突變點(diǎn)前后的轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子進(jìn)行了預(yù)測，結(jié)果發(fā)現(xiàn)P1 引物全基因序列第547 位堿基發(fā)生的T→C轉(zhuǎn)換后減少了兩個可以預(yù)測到的調(diào)控元件結(jié)合位點(diǎn)，分別是轉(zhuǎn)錄因子HSF1（較高預(yù)測分值87.0）和轉(zhuǎn)錄因子HSF2（較高預(yù)測分值85.9）；P2引物全基因序列第2053、2035、2032 位堿基分別發(fā)生的T→C、A→G、A→C轉(zhuǎn)換后增加了兩個可以預(yù)測到的調(diào)控

4、元件結(jié)合位點(diǎn)，分別是轉(zhuǎn)錄因MZF1（最高預(yù)測分值94.8）和轉(zhuǎn)錄因子E47（較高預(yù)測分值88.5）；引物P3 全基因序列第3108 位堿基分別發(fā)生的A→T轉(zhuǎn)換后減少一個可以預(yù)測到的調(diào)控元件結(jié)合位點(diǎn)和增加一個可以預(yù)測到的調(diào)控元件結(jié)合位點(diǎn)，分別是轉(zhuǎn)錄因子GATA-1（較高預(yù)測分值85.3）和轉(zhuǎn)錄因子GATA-1（較高預(yù)測分值91.8），第2889、2866、2864 位堿基分別發(fā)生的A→T、T→A、G→C轉(zhuǎn)換后減少了兩個可以預(yù)測到的調(diào)控元件

5、結(jié)合位點(diǎn)，分別是轉(zhuǎn)錄因子AML-1a（較高預(yù)測分值87.4）和轉(zhuǎn)錄因子cdxA（較高預(yù)測分值85.0），第2822、2816 位堿基分別發(fā)生的G→A、C→G轉(zhuǎn)換后增加了一個可以預(yù)測到的調(diào)控元件結(jié)合位點(diǎn)，是轉(zhuǎn)錄因子SRY（較高預(yù)測分值90.0）；引物P8 全基因序列第6406 位堿基分別發(fā)生的C→G轉(zhuǎn)換后增加了一個和減少了一個可以預(yù)測到的調(diào)控元件結(jié)合位點(diǎn)，分別是轉(zhuǎn)錄因子OCT-1（最高預(yù)測分值91.8）和轉(zhuǎn)錄因子OCT-1（較高預(yù)測分值8