網(wǎng)上醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫

1、PubMed,圖書館秋冬系列數(shù)據(jù)庫培訓(xùn)之七,數(shù)據(jù)庫簡介數(shù)據(jù)庫的使用方法檢索結(jié)果的處理,數(shù)據(jù)庫簡介,從字面上看，PubMed這一名稱，源自“Public”和“Medline”兩個英語單詞，顧名思義，意味著面向公眾的、免費的醫(yī)藥信息檢索服務(wù)。Pubmed是美國國立醫(yī)學(xué)圖書館(National Library of Medicine,NLM)所屬的國家生物技術(shù)信息中心(National Center for Biotechnology

2、Information，NCBI)建立的生物醫(yī)學(xué)文獻檢索系統(tǒng)，使用NCBI的Entrez檢索平臺。是檢索全世界生物醫(yī)學(xué)期刊論文的重要工具。基于互聯(lián)網(wǎng)，提供免費檢索服務(wù)，部分文獻（約5%）可免費下載全文。,收錄范圍,1、MEDLINE（Medline是PubMed的核心內(nèi)容） 2、PreMEDLINE 3、Publisher supplied citations,Medline是由美國國立醫(yī)學(xué)圖書館研制開發(fā)的一個生物醫(yī)學(xué)文摘

3、型光盤數(shù)據(jù)庫，1983年開始推出，至今已有20多年歷史，應(yīng)用廣泛。 收錄了收錄了20世紀60年代（一說1953年）以來世界70多個國家和地區(qū)出版的大約5300多種（統(tǒng)計數(shù)字截至2006年10月）重要生物醫(yī)學(xué)期刊的文獻題錄和文摘，涉及生物醫(yī)學(xué)及相關(guān)學(xué)科（如農(nóng)業(yè)、化學(xué)等）的廣泛學(xué)科領(lǐng)域，數(shù)據(jù)庫中約80%的記錄提供文摘。Medline數(shù)據(jù)庫中收錄的文獻以英文為主（約占85%），但也包括世界上其他數(shù)十種重要語種的文獻。對于原文為非英文的文獻

4、，Medline收錄時均將原文獻的題錄信息譯成英文，并進行適當(dāng)標(biāo)識（非英文文獻標(biāo)題加方括號）。 記錄標(biāo)注“[PubMed - indexed for MEDLINE]”,PreMedline是Medline的預(yù)處理數(shù)據(jù)庫，主要收錄未經(jīng)標(biāo)引加工的書目文獻信息，只提供基本的書目線索，如題名、著者、文摘、出處等。Premedline屬于Medline的最新內(nèi)容，是檢索Medline光盤時找不到的，只有待Medline光盤下次更新后才可能

5、檢索到 因為未做主題標(biāo)引，檢索時采用自由詞檢索記錄標(biāo)注“[PubMed - in process]”,,Publisher Supplied Citation是出版商直接向PubMed提供的非Medline收錄的電子期刊記錄標(biāo)注“[PubMed - as supplied by publisher]”,數(shù)據(jù)庫的檢索界面,PubMed擁有兩個獨立的互聯(lián)網(wǎng)域名，http://www.pubmed.gov http://www.pub

6、med.com 具體資源地址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/,,,,,,,NCBI其它資源,簡單檢索,輔助檢索,專用檢索,數(shù)據(jù)庫的使用方法,簡單檢索輔助檢索專用檢索,數(shù)據(jù)庫的使用方法-簡單檢索,在PubMed初始檢索界面的唯一檢索框中輸入任意檢索詞或者檢索式，然后點擊“Go”按鍵，系統(tǒng)即顯示出檢索結(jié)果。輸入的檢索詞不區(qū)分大小寫，可以是任何具有實際意義的單詞或者詞語，如自由詞（疾

7、病名稱、藥品名稱）、主題詞、人名、地名、期刊名稱、期刊ISSN號等；檢索式是指使用布爾邏輯運算符、截詞符（通配符）等對檢索詞進行組配。,PubMed可使用布爾邏輯算符AND（邏輯與）、OR（邏輯或）、NOT（邏輯非）。對含有多個布爾邏輯運算符的檢索式采用從左到右的自然順序進行運算，不存在某個運算符優(yōu)先的情況，但可以使用半角括號對檢索式的優(yōu)先運算順序進行指定，如”AIDS AND (China OR Korea)”。布爾邏輯運算符必須

8、全部大寫才有效。支持”*”截詞運算符，用來通配多個字符。,Entrez PubMed具有自動詞語匹配功能（Automatic Term Mapping），通過這一功能，對于用戶在檢索框中輸入的非限定檢索詞，系統(tǒng)將依次到MeSH詞轉(zhuǎn)換表、期刊刊名轉(zhuǎn)換表（Journal Translation Table）、短語表（Phrase list）、作者姓名索引表（Author Index）中進行詞語匹配查找。,,作者檢索格式：姓氏全稱+名字首

9、字母縮寫（最多兩個字母）例：檢索2006年諾貝爾醫(yī)學(xué)與生理學(xué)獎獲得者Andrew Z. Fire發(fā)表的論文，可直接在檢索框中輸入“fire a”或者“fire az”即可。例：檢索鐘南山院士發(fā)表的論文，輸入“zhong NS”或“zhong N”,,期刊檢索：刊名檢索或刊號檢索刊名檢索：全名或縮寫刊號檢索： ISSN（國際標(biāo)準刊號）注：PubMed中我國出版的期刊名稱一律采用漢語拼音，而非英文譯名。,,問題輸入檢索詞后，

10、PubMed的自動詞語匹配功能會將這些詞優(yōu)先轉(zhuǎn)換成為醫(yī)學(xué)主題詞（同時作為自由詞）進行檢索，而不再自動進行期刊、作者名稱檢索。檢索作者名時容易檢索出其它姓名格式相同但實際不同的作者。,對策使用限定字段檢索，格式：檢索詞[字段名稱]，如zhong ns[au]用半角雙引號將檢索詞引起來，強制PubMed進行詞組精確檢索。例如，在檢索框中輸入“gene therapy”，系統(tǒng)將直接在數(shù)據(jù)庫所有字段中查找該短語，而不再執(zhí)行自動詞語匹配功能

11、。使用布爾邏輯算符，增加限制條件。如檢索廣州醫(yī)學(xué)院鐘南山的論文：zhong ns[au] AND guangzhou med*[ad],數(shù)據(jù)庫字段,,,,,,,,常用的字段：AD（作者單位）、AU（作者）、TI（題名）、LA（語種）、MH（主題詞）、PT（文獻類型）、TIAB（題名/文摘）、PL（出版地，國家或地區(qū)）、RN（酶代碼及化學(xué)文摘登記號）、TA（刊名）,數(shù)據(jù)庫的使用方法-輔助檢索,LimitsPreview/Index

12、HistoryClipboardDetails,Limits,對檢索詞或者檢索策略進行某些限定和修飾，以縮小檢索范圍，得到更精確的檢索結(jié)果，提高檢索效率。“Limits”一經(jīng)設(shè)定或者修改，對后面的檢索一直有效，直到重新進行設(shè)定。,作者檢索（Search by Author，可輸入多個作者姓名）期刊檢索（Search by Jounral，可輸入多個期刊名）只檢索提供全文、免費全文或文摘的文獻（Full Text, Free Fu

13、ll Text, and Abstracts）；日期（出版日期和加入PubMed數(shù)據(jù)庫的日期）；研究對象（Hunans or Animals）；性別（Gender）；文獻語種（Languages）；子集（Subsets）；文獻類型（Type of Articles）；研究對象的年齡組（Ages）；指定字段檢索（Tag Terms）。,,,,,Preview/Index,Preview/Index包括Preview（預(yù)覽）

14、和Index（索引）兩個功能。Preview 對最近三次檢索（Most Recent Queries）的結(jié)果進行預(yù)覽，對每次檢索進行編號（#加數(shù)字）、列出檢索式、檢索時間及命中文獻數(shù)量。用戶可根據(jù)命中文獻數(shù)量來判斷是否有必要進一步修改檢索式以縮小或擴大檢索范圍，避免每次因傳輸大量數(shù)據(jù)而浪費時間。在此欄目可直接進行新的組配。用鼠標(biāo)點擊Preview中的檢索式編號鏈接，會出現(xiàn)一個“Options”菜單，供用戶進行相關(guān)操作，如邏輯組配（A

15、ND、OR、NOT）、刪除（Delete）、檢索（Go）、查看檢索細節(jié)（Details）、保存檢索策略（Save in my NCBI）等。用鼠標(biāo)點擊檢索命中記錄數(shù)字，即可查看檢索出的文獻。,,,Index是從索引中查看和選擇檢索詞。例如：要用與Tuberculosis(結(jié)核)有關(guān)的MeSH詞來進行檢索，在輸入框內(nèi)輸入Tuberculosis，再在前面的下拉式菜單的選擇MeSH Terms，再點擊Index按鈕，下面的滾動索引窗中會顯示

16、所有與Tuberculosis有關(guān)的主題詞及命中記錄數(shù)，選中“tuberculosis/drug therapy(19012)”，點擊AND、OR或者NOT按鈕，"tuberculosis/drug therapy"[MeSH Terms] 就會自動出現(xiàn)在檢索提問框內(nèi)。,,,History,History功能與Preview有些類似，但History能保存用戶所有的檢索請求和結(jié)果。窗口顯示檢索序號、檢索式、檢索時間、

17、命中文獻數(shù)，點“Clear History”按鈕清除所有檢索歷史記錄。用鼠標(biāo)點擊History中的檢索式編號，也會出現(xiàn)一個“Options”菜單，供用戶對該檢索式進行邏輯組配（AND、OR、NOT）、刪除（Delete）、檢索（Go）、查看檢索細節(jié)（Details）、保存檢索策略（Save in my NCBI）等。點擊命中文獻數(shù)字，可以查看檢索出的文獻。檢索記錄在系統(tǒng)中保留8個小時。,,,Clipboard,Clipboard主要用

18、于暫時存放一次或多次檢索結(jié)果當(dāng)中的選定記錄（PubMed檢索結(jié)果處理方法中有“Send to Clipboard”項。用戶可對剪貼板內(nèi)的文獻進行排序（Sort）和保存（Send to）等，也可對剪貼板內(nèi)的文獻進行進一步的檢索：如，要找出剪貼板中的英文文獻，可以在檢索框內(nèi)輸入“#0 AND english [LA]”，這樣做本身不會影響剪貼板里的內(nèi)容。 #0代表剪貼板中已有的文獻。,,剪貼板中最多可保存500條文獻；若PubMed 停止

19、使用8小時或以上，剪貼板里的內(nèi)容就會被清除；,,,Details,Details功能主要用來查看和編輯檢索每次檢索情況，可以增加或刪除檢索詞。例如：在簡單檢索框中輸入檢索詞“l(fā)iver cancer hepatitis”，進行檢索，在Details就能看到相應(yīng)的轉(zhuǎn)換過程。,,“Query Translation”（檢索式轉(zhuǎn)換）項列出本次檢索詞自動詞語匹配情況；用戶可對這檢索式進行修改，點“Search”按鈕即可重新檢索；點擊“URL”

20、按鈕，進入顯示本次檢索結(jié)果的頁面，用瀏覽器的書簽（或收藏夾）菜單將目前的檢索項目作為URL地址以書簽形式保存，以便下次再檢索；“Result”項注明本次檢索命中文獻數(shù)量；“Translations”項說明用戶輸入的每個檢索詞的轉(zhuǎn)換情況；Database說明本次檢索的數(shù)據(jù)庫對象；“User query”列出用戶本次檢索所輸入的檢索詞。,專用檢索,Journal Database(期刊信息數(shù)據(jù)庫) MeSH Database(醫(yī)學(xué)

21、主題詞數(shù)據(jù)庫) Single Citation Matcher（單篇論文題錄匹配檢索）Clinical Queries（臨床查詢）,Journal Database,查詢PubMed收錄期刊的相關(guān)信息：可輸入期刊名稱（全稱或縮寫）、ISSN號、刊名中的任意一個或多個詞語來查找期刊的詳細信息。包括刊名（Title）、ISSN號、刊名縮寫（Title Abbreviation）、刊名ISO縮寫（ISO Abbreviation）、創(chuàng)刊

22、年（Publication Start Year）、出版商（Publisher）、刊物變遷情況（Continuation Notes）、語種（Language）、出版國（Country）、相關(guān)主題詞（Subject Term）、NLM編號（NLM ID）等，選擇”Send to Search Box with OR”命令，即可檢索該刊物所發(fā)表的文獻。,,,,,MeSH Database,供用戶查詢醫(yī)學(xué)主題詞并構(gòu)建相關(guān)檢索策略：輸入自由詞

23、，系統(tǒng)將提供與其相近的主題詞供用戶選擇。,例如：點擊“MeSH Database”，界面進入主題詞檢索狀態(tài)。在檢索框中輸入”AIDS”，系統(tǒng)將分頁列出相關(guān)的醫(yī)學(xué)主題詞，并且一一進行簡要注釋。點擊其中一個主題詞，系統(tǒng)將顯示該主題詞的詳細信息，包括： 詞義注釋 被收錄入醫(yī)學(xué)主題詞表的年限 可供該主題詞組配的所有副主題詞列表（可勾選） 入口詞 該主題詞的樹狀結(jié)構(gòu)表 是否將該主題詞限定為主要主題詞（Res

24、trict Search to Major Topic headings only） 是否不進行擴展檢索（Do Not Explode this term）,輸入“AIDS”進行查找后，系統(tǒng)列出相關(guān)主題詞：,,點擊所需的主題詞，進入該主題詞的詳細信息，選擇副主題詞“diet therapy”,,,,詞義注釋,收錄入主題詞表的時間,可搭配的副主題詞（可多選）,是否限定為主要主題詞,是否擴展,,,入口詞,樹狀結(jié)構(gòu),,選擇完畢后，點擊“

25、Search Box with”三個選項當(dāng)中的一個，頁面跳轉(zhuǎn)至下圖，點擊“PubMed Search”。,得到檢索結(jié)果,,所用檢索式,雖然通過主題詞數(shù)據(jù)庫進行主題詞途徑檢索操作起來繁瑣，但其檢索結(jié)果的準確性高，不易漏檢，可說是最佳的檢索方法之一，一旦熟練掌握，可達到事半功倍的效果。,Single Citation Matcher（單篇論文題錄匹配檢索）,Single Citation Matcher是通過輸入論文的相關(guān)信息如發(fā)表期刊名

26、稱、卷、期、頁碼、發(fā)表日期、作者、文獻篇名關(guān)鍵詞等從而可以快速檢索到該篇文獻。例如：我們知道在一個姓Hutchins的作者在1979發(fā)表了一篇論文，該文在期刊的起始頁碼為745，但不知道該文獻的其他相關(guān)信息，可以通過Single Citation Matcher輸入有限的已知信息（未知的空著即可）也可快速地找到該篇文章。Single Citation Matcher的功能也可以通過前面所說的PubMed限定字段檢索來實現(xiàn)，上例中，可

27、在檢索框中輸入檢索式“Hutchins[AU] AND 1979[DP] AND 745[PG]”同樣也可以很快找到這篇文獻。,,,Clinical Queries,是專門為臨床醫(yī)生設(shè)計的檢索入口,專門檢索臨床研究方法學(xué)(循證醫(yī)學(xué))文獻,主要涉及治療,診斷,病因和預(yù)后四個方面,并提供敏感度(強調(diào)查全)或?qū)Ｖ付?強調(diào)查準)兩種選擇。Clinical Queries有三個功能:Search by Clinical Study Catego

28、ryFind Systematic ReviewsMedical Genetics Searches,檢索結(jié)果及其處理,PubMed可用30多種不同的格式顯示檢索結(jié)果，默認Summary格式。結(jié)果排序： Pub Date(出版日期)、First Author（第一作者）、Last Author（末位作者）、Journal（期刊名稱）。,收錄文獻狀態(tài)每篇文獻標(biāo)題的左側(cè)，都有一個小圖標(biāo)，不同的圖標(biāo)表明該文獻的不同情況，如“Fre

29、e in PMC”（表示PMC中有該文獻的免費全文）、“Free Full Text”（表示該文獻有其他來源免費全文）、“Abstract”（表示該文獻有文摘）、“No Abstract”（表示該文獻無文摘）等等。,,,Free in PMC,No abstract,abstract,Free full text,直接點擊結(jié)果中某篇文獻的論文作者或圖標(biāo)鏈接，即可顯示該篇文獻的詳細內(nèi)容（見下圖），包括出處、篇名、作者、作者地址、文摘（如果

30、有的話）、PMID等。如果互聯(lián)網(wǎng)上有該文獻的全文（免費或付費），將用圖標(biāo)進行標(biāo)對全文來源一一進行標(biāo)識并鏈接。如果有免費全文提供，點擊該鏈接即可在線閱讀或下載該文獻全文，一般為PDF文件格式；如果是付費全文服務(wù)，點擊鏈接可進入到提供該文獻全文的機構(gòu)的網(wǎng)頁，從而了解獲取全文的方法。,,,檢索結(jié)果的處理可通過選擇”Send to”下拉菜單進行來完成。如果用戶不對文獻進行選擇，保存操作將面向本次檢索的所有檢索結(jié)果，否則只對所選擇的文獻進行

31、相關(guān)操作。Send to Text：將檢索結(jié)果轉(zhuǎn)換為純文本，并在瀏覽器中顯示；Send to File：將檢索結(jié)果轉(zhuǎn)換為純文本文件，并提示用戶打開或者保存；Send to Printer：將檢索結(jié)果直接通過打印機打??；Send to Clipboard：將檢索結(jié)果發(fā)送到剪貼板，等待進行進一步的處理；Send to E-mail：將檢索結(jié)果按用戶指定的格式發(fā)送到用戶指定的電子信箱；Send to Order：通過館際互借獲取文

32、獻原文，一般為付費服務(wù)，用戶需注冊相關(guān)服務(wù)帳號（Loansome Doc account）并登錄進入相關(guān)系統(tǒng)。,保存檢索策略在Details界面，按“URL”鍵，進入到包含有該檢索策略的頁面，將該頁面收藏到瀏覽器的收藏夾中；以后要進行跟蹤檢索，直接從收藏夾中重新打開該頁面即可。使用“My NCBI”：首先注冊一個NCBI帳號（免費），（１）在History或者Preview/Index界面，點擊需要保存的檢索策略的編號，在Opti

33、ons命令菜單中選擇“Save in My NCBI”，即出現(xiàn)保存檢索策略(Save Search)窗口(見下圖)；（２）點擊檢索框右側(cè)出現(xiàn)“Save Search”鏈接 系統(tǒng)將提示為該檢索策略命名，并詢問是否愿意通過電子郵件接收與該檢索策略有關(guān)的新文獻（Would you like to receive e-mail updates of new search results?）。以后要進行跟蹤檢索，可登陸“My NCBI”直接點