浸礦微生物群落基因組芯片的構(gòu)建與評(píng)估及其在酸性環(huán)境中的應(yīng)用.pdf

1、中南大學(xué)碩士學(xué)位論文浸礦微生物群落基因組芯片的構(gòu)建與評(píng)估及其在酸性環(huán)境中的應(yīng)用姓名：陳棋炯申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：碩士專業(yè)：微生物學(xué)指導(dǎo)教師：劉學(xué)端20080501碩士學(xué)位論文摘要本文構(gòu)建并評(píng)估適用于菌種鑒定與群落分析的群落基因組芯片。CGA是用51株純培養(yǎng)微生物的整個(gè)DNA基因組構(gòu)建的，根據(jù)可培養(yǎng)的微生物來研究環(huán)境微生物群落。此方法類似于反向樣品基本組探針法(RSGP)，RSGP法是一種利用基因組DNA雜交來鑒定微生物的方法。為了確定此種類型芯

2、片在研究環(huán)境微生物多樣性的潛在作用，我們就其雜交特異性、檢測(cè)靈敏度和定量性能進(jìn)行了研究。在特定實(shí)驗(yàn)條件下，CGA的特異性實(shí)驗(yàn)表明目的DNA與同種細(xì)菌存在特異性雜交，同屬之間不存在非特異性雜交，即CGA可區(qū)分屬內(nèi)菌種的染色體基因組。對(duì)于標(biāo)記的純培養(yǎng)基因組DNA，CGA的檢測(cè)靈敏度大約為02ng，對(duì)于混合培養(yǎng)物，檢測(cè)靈敏度大約為5ng。對(duì)于純培養(yǎng)微生物，CGA具有定量特性，實(shí)驗(yàn)表明在O2ng至2000ng的一定濃度范圍內(nèi)，DNA量與雜交信號(hào)

3、強(qiáng)度之間存在明顯的線性關(guān)系(產(chǎn)=O985)。當(dāng)將來自與五種微生物的基因組DNA以不同濃度混合并選取五個(gè)濃度梯度進(jìn)行雜交實(shí)驗(yàn)，DNA量與雜交信號(hào)強(qiáng)度之間顯著相關(guān)(r2095)。使用CGA分別雜交AMD環(huán)境樣品與生物浸出系統(tǒng)樣品，雜交結(jié)果顯示CGA可以有效分辨兩者之間微生物群落結(jié)構(gòu)的差異性。CGA表明基因組芯片技術(shù)可以根據(jù)微生物基因型的變異應(yīng)用于確定微生物群落的特性。評(píng)估微生物的群落組成和結(jié)構(gòu)要求對(duì)單個(gè)目的種群進(jìn)行定量分析，通過檢測(cè)標(biāo)記的目