第一性原理的dftb+計算

1、ThefirstcalculationwithDFTB摘要：摘要：本文件應(yīng)作為一個教程引導您完成您的本文件應(yīng)作為一個教程引導您完成您的第一個計算與第一個計算與DFTB。作為一個例。作為一個例子，一個水分子的平衡幾何計算。請注子，一個水分子的平衡幾何計算。請注意，本教程只涵蓋意，本教程只涵蓋DFTB的能力的一的能力的一小部分，甚至使用這些功能都沒有任何小部分，甚至使用這些功能都沒有任何詳細的討論。您應(yīng)該咨詢當前手冊的所詳細的討論。您應(yīng)該咨

2、詢當前手冊的所有DFTB功能的完整與詳細的描述。功能的完整與詳細的描述。1Providingtheinput首先，你必須創(chuàng)建輸入的代碼。DFTB接受任何人類可讀的結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)（HSD）或可擴展標記語言（XML）的輸入。在這個教程HSD將被使用，并且在這種情況下，輸入文件必須被稱為dftb_in.hsd。在這個文件里所用的輸入文件如下所示：（您可以通過下載提供tar.gz壓縮這個HOWTO從HOWTO概述頁面獲得此文件。Geometry=G

3、enFmat3COH110.00000000000E000.10000000000E010.00000000000E00220.00000000000E000.00000000000E000.78306400000E00320.00000000000E000.00000000000E000.78306400000E00Driver=ConjugateGradientMovedAtoms=Range11MaxFceComponent=1.

4、0e4MaxSteps=100OutputPrefix=“geom.out“110.00000000000E000.10000000000E010.00000000000E00220.00000000000E000.00000000000E000.78306400000E00320.00000000000E000.00000000000E000.78306400000E00指定一個集群系統(tǒng)與O型和H中的“根”的格式中的原子的坐標以埃給出

5、的3個原子。整數(shù)的第一列包含在系統(tǒng)正（由解析器忽略）的原子的連續(xù)的數(shù)字。第二列包含每個原子的類型，考慮如在第二行中的元素列表中的相應(yīng)元件的位置。該GenFmat不是指定幾何的唯一方法，您應(yīng)檢查手冊等方法。如上所示，它是一個可能散列符號（＃）字符后，把任意評論在HSD輸入。散列和行末之間的一切都被解析器忽略。很多時候，該幾何形狀被存儲在外部文件從dftb_in.hsd不同。為了節(jié)省您的復制和粘貼從該文件在輸入文件中，你可以使用HSD格式的

6、文件包含的功能：Geometry=GenFmat“input_geometry.gen“該運算符包括指定文件作為原始數(shù)據(jù)。（該文件不檢查任何HSD結(jié)構(gòu)。）在上面的例子中，文件input_geometry.gen必須在過程的根格式。1.2Driver具有指定系統(tǒng)的幾何結(jié)構(gòu)后，你應(yīng)該決定，做什么用的幾何形狀。該驅(qū)動器屬性決定，怎么幾何在運行過程中，應(yīng)改變（如果有的話）。如果你只是想作一個靜態(tài)計算，則必須將其設(shè)置為像一個空值Driver=#E

7、mptyvaluefthedriver在當前的例子中，然而，#DoconjugategradientoptimisationDriver=ConjugateGradientMovedAtoms=Range11#MoveallatomsinthesystemMaxFceComponent=1.0e4#Stopifmaximalfcebelow1.0e4MaxSteps=100#Stopaftermaximal100stepsOutputP

8、refix=“geom.out“#Finalgeometryingeom.out.xyzgen該分子是使用共軛梯度法放寬。從第一個（1），直到并包括最后一個（1）個原子的整個范圍內(nèi)被允許移動。而不是范圍11你也可以寫MovedAtoms=Range13#Atomsfromthe1stuntilthe3rd或MovedAtoms=123#Explicitelylistingtheatomstomove在我們的情況下，結(jié)構(gòu)優(yōu)化繼續(xù)，只要最大

9、分力大于1E4原子單位（哈特里波爾）。數(shù)值是每默認解釋原子單位。在HSD格式提供，但是，通過等號之前指定值的方括號中的單元（改性劑）使用其他單位的可能性。例如代替原有的規(guī)范，你也可以使用MaxFceComponent[eVAA]=5.14e3#FceinElectronvoltAngstromMaxFceComponent[ElectronvoltAngstrom]=5.14e3該MaxSteps屬性指定，后有多少幾何優(yōu)化步驟程序應(yīng)停止