插入缺失indel分子標(biāo)記揭示的亞洲栽培稻oryzasatival.秈—粳分化

1、後旦大學(xué)碩士學(xué)位論文Y 9 5 3 3 1 5學(xué)校代碼：1 0 2 4 6學(xué) 導(dǎo)：0 3 2 0 2 3 0 8 5插入缺失( I n D e l ) 分子標(biāo)記揭示的亞洲栽培稻( O r y z as a t i v aL ．) 秈一粳分化院 系：專(zhuān) 業(yè)：姓 名：指導(dǎo)教師：完成日期：生命科學(xué)學(xué)院生態(tài)學(xué)蔡星星盧寶榮教授2 0 0 6 年5 月1 8 日D i f f e r e n t i a t i o no f f n d J c a

2、 - J a p o n i c ar i c er e v e a l e db y i n s e r t i o n ／d e l e t i o n ( I n D e l ) a n a l y s i sA b s t r a c tT h e A s i a n c u l t i v a t i e dr i c e ( O r y z a s a t i v aL ．) i st h ew o r l d ’sm o

3、s ti m p o r t a n ts t a p l ef o o d ．A s a no l dc r o p w i t h m o r et h a nt e nt h o u s a n d y e a r s o fd o m e s t i c a t i o n ，O ．s a t i v a h a sh a da b u n d a n tg e n e t i cd i v e r s i t ya n d s

4、 i g n i f i c a n tg e n e t i cd i f f e r e n t i a t i o na m o n g v a r i e t a lt y p e sw i t ht h e i ra d a p t a b i l i t y t o d i f f e r e n ta g r i c u l t u r a l e c o l o g i c a le n v i r o n m e n

5、t s ．T h e r e f o r e ，i n d i c aa n dj a p o n i c a ，r e p r e s e n t i n g t w o p a r t i a l l y i s o l a t e d g e n e p o o l s a r e r e c o g n i z e d ．C o n s i d e r a b l ev a r i a t i o n b e t w e e n

6、 t h e t w o s u b s p e c i e s a t b o t h m o r p h o l o g i c a l a n d m o l e c u l a rl e v e l s i so b s e r v e da n d t h ei n t e r - s u b s p e c i f i cc r o s s e s i sb e l i e v e dt ob et h e u l t i

7、m a t ew a y f o rh i g h d e g r e eo f h e t e r o s i s ．G e n e t i c d i f f e r e n t i a t i o n a m o n gd i f f e r e n t r i c e v a r i e t i e s a n d p h y l o g e n e t i cr e l a t i o n s h i pb e t w e e

8、 nc u l t i v a t e dr i c e a n dw i l dr i c ew e r ee s t i m a t e db yp r i n c i p l ec o m p o n e n ta n a l y s i s ( P C A ) a n d c l u s t e r a n a l y s i s c o m b i n e d w i t h I n D e l m a r k e r s b

9、 a s e d o n t h ei n s e r t i o n ／d e l e t i o n f r a g m e n t so b t a i n e df r o mc o m p a r a t i v eg e n o m i c s t u d yo fD N A s e q u e n c e sb e t w e e n9 3 —1 1 ( I n d i c a ) a n d N i p p o n b

10、a r e ( J a p o n i c a ) i n t h i st h e s i s ．T h ea i m i st oa p p r a i s e t h ev a l u eo ft h eI n D e lm a r k e r i ni d e n t i f y i n g i n d i c aa n d j a p o n i c aa n d t od i s c u s st h e p r o c e

11、 s s e s o fI n d i c a —J a p o n i c ad i f f e r e n t i a t i o n ．T h em a i nr e s u l t sw e r es u m m a r i z e d a sf o l l o w s ．A t o t a lo f5 9a c c e s s i o n so ft y p i c a lI n d i c ar i c e ( 2 6 )

12、a n dJ a p o n i c a r i c e ( 3 3 ) i d e n t i f i e db yC h e n g ’Ss i xm o r p h o l o g i c a li n d e x e sw e r ee x a m i n e db y4 5I n D e lp r i m e rp a i r sf r o mt w e l v ec h r o m o s o m e s ．B l c hp

13、 r i m e rp a i r d e t e c t e dt w ot o t h r e ea l l e l e s ．T h e r i c e a c c e s s i o n s w e r ei d e n t i f i e d a s I n d i c aw i t ht h es a m ea l l e l e sw i t h9 3 —1 1 o ra s J a p o n i c aw i t ht

14、 h es a m ea l l e l e sw i t hN i p p o n b a r e ．T h er e s u l ti n d i c a t e d t h a tl n D e l p r i m e rp a i r s c a l le a s i l yd i s t i n g u i s hb e t w e e nI n d i c aa n d J a p o n i c a r i c ev a

15、r i e t i e s w i t hv e r a c i t yo v e r 9 0 ％．A n o t h e r 7 4a c c e s s i o n so f c u l t i v a t e d r i c ea n d7 6a c c e s s i o n so fw i l dr i c e f r o m1 2A s i a nc o u n t r i e s w e r ee x a m i n e

16、db yt h e s e 4 5l n D e t p r i m e r p a i r s ．T h eP C A a n d c l u s t e r a n a l y s i sl e a dt of o u rm a i nc o n c l u s i o n s ：( 1 ) T h e r i c e v a r i e t i e s f r o mt h ee a s t a n d e a s t s o u

17、 t h A s i ah a d w e l ld i f f e r e n t i a t i o nb e t w e e nl n d i c a a n d J a p o n i c a ，w h i l et h o s ef r o ms o u t hA s i ad i d n ’ts h o wd i s t i n g u i s hg e n e t i cd i f f e r e n t i a t i

18、o n ．( 2 ) T h eI n D e lp r i m e rp a i r sc a nr e v e a lt h ep h y l o g e n e t i cr e l a t i o n s h i pa m o n g O r y z a s p e c i e s t os o m ed e g r e e ．( 3 ) T h eA A g e n o m e w i l d r i c es p e c i

19、 e sh a sc l o s e r e l a t i o n s h i pw i t hl n d i c a ．( 4 ) T h eA A g e n o m e w i l d r i c es p e c i e sd i d n ’ts h o ws i g n i f i c a n tl n d i c a - J a p o n i c ad i f f e r e n t i a t i o n ．I tw

20、a s d e d u c e d t h a tt h e p r o c e s s e sl e a d i n g t oi n d i c a - j a p o n i c ad i f f e r e n t i a t i n i n v o l v e dac o m b i n a t i o no fm o l e c u l a re v e n t st h a t i n e l u d em u c h V