人類和小鼠中環(huán)狀RNA鑒定及分析.pdf

1、環(huán)狀RNA是一類呈閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子。近年來，二代測序技術(shù)的興起和生物信息學(xué)的進(jìn)步，使得大規(guī)模研究環(huán)狀RNA成為可能。目前，關(guān)于環(huán)狀RNA的研究仍然處在初步發(fā)展的階段，還有很多環(huán)狀RNA的功能是未知的，已有的成環(huán)機(jī)制尚不完善。
　　本文利用4個人類細(xì)胞系和1個小鼠細(xì)胞系的RNA-Seq數(shù)據(jù)，使用三種環(huán)狀RNA鑒定工具find circ，CIRCexplorer和CIRI，同時綜合了ChIA-PET數(shù)據(jù)等來探討環(huán)狀RNA

2、的成環(huán)機(jī)制。分析內(nèi)容主要包括環(huán)狀RNA鑒定、特征分析、成環(huán)機(jī)制探究，Host基因參與的染色質(zhì)交互網(wǎng)絡(luò)，及環(huán)狀RNA功能相關(guān)的初步分析等。具體結(jié)果如下:
　　在K562，GM12878，HeLa，hESC和mESC中分別鑒定出3275，2682，1501，1819，708個環(huán)狀RNA，分別來自1871，1687，1070，1264，571個host基因，這些高可信度的環(huán)狀RNA用于后續(xù)分析。
　　絕大多數(shù)環(huán)狀RNA傾向于使用轉(zhuǎn)

3、錄本中間的外顯子成環(huán)，具有較長的側(cè)翼內(nèi)含子，側(cè)翼內(nèi)含子上富集Alu元件及SRSF3等蛋白的結(jié)合位點。其表達(dá)具有細(xì)胞特異性，且細(xì)胞系間越保守的環(huán)狀RNA，其表達(dá)量越高。少數(shù)轉(zhuǎn)錄本第一個和最后一個外顯子也能參與形成環(huán)狀RNA。
　　我們使用RNAPⅡ的ChIA-PET數(shù)據(jù)，找出側(cè)翼內(nèi)含子間有染色質(zhì)交互的環(huán)狀RNA，與側(cè)翼內(nèi)含子互補(bǔ)配對的環(huán)狀RNA進(jìn)行比較，在GM12878中，我們發(fā)現(xiàn)染色質(zhì)交互對于環(huán)狀RNA的表達(dá)量具有顯著的影響，相反