簡(jiǎn)介：中圖分類(lèi)號(hào)學(xué)校代碼10055UDC密級(jí)公開(kāi)碩士學(xué)位論文貓傳染性腹膜炎病毒主蛋白酶與抑制劑復(fù)合物的晶體學(xué)研究CRYSTALLIZATIONPRELIMINARYCRYSTALLOGRAPHICSTUDYOFFELINEINFECTIOUSPERITONITISVIRUSMAINPROTEASEINCOMPLEXWITHANINHIBIT論文作者王金山指導(dǎo)教師周衛(wèi)紅教授申請(qǐng)學(xué)位理學(xué)碩士培養(yǎng)單位生命科學(xué)學(xué)院學(xué)科專(zhuān)業(yè)生物化學(xué)與分子生物學(xué)研究方向生物醫(yī)藥答辯委員會(huì)主席楊海濤評(píng)閱人米立志李鑫南開(kāi)大學(xué)研究生院二○一五年五月南開(kāi)大學(xué)學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明南開(kāi)大學(xué)學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明本人鄭重聲明所呈交的學(xué)位論文，是本人在導(dǎo)師指導(dǎo)下進(jìn)行研究工作所取得的研究成果。除文中已經(jīng)注明引用的內(nèi)容外，本學(xué)位論文的研究成果不包含任何他人創(chuàng)作的、已公開(kāi)發(fā)表或者沒(méi)有公開(kāi)發(fā)表的作品的內(nèi)容。對(duì)本論文所涉及的研究工作做出貢獻(xiàn)的其他個(gè)人和集體，均已在文中以明確方式標(biāo)明。本學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明的法律責(zé)任由本人承擔(dān)。學(xué)位論文作者簽名王金山2015年5月14日非公開(kāi)學(xué)位論文標(biāo)注說(shuō)明本頁(yè)表中填寫(xiě)內(nèi)容須打印根據(jù)南開(kāi)大學(xué)有關(guān)規(guī)定，非公開(kāi)學(xué)位論文須經(jīng)指導(dǎo)教師同意、作者本人申請(qǐng)和相關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)方能標(biāo)注。未經(jīng)批準(zhǔn)的均為公開(kāi)學(xué)位論文，公開(kāi)學(xué)位論文本說(shuō)明為空白。論文題目申請(qǐng)密級(jí)□限制≤2年□秘密≤10年□機(jī)密≤20年保密期限20年月日至20年月日審批表編號(hào)批準(zhǔn)日期20年月日南開(kāi)大學(xué)學(xué)位評(píng)定委員會(huì)辦公室蓋章有效注限制★2年可少于2年秘密★10年可少于10年機(jī)密★20年可少于20年

簡(jiǎn)介：分類(lèi)號(hào)華中農(nóng)業(yè)大學(xué)博士學(xué)位論文密級(jí)抗CRYLAC殺蟲(chóng)晶體蛋白近等基因系小菜蛾中腸蛋白質(zhì)基因組學(xué)研究PROTEOGENOMICANALYSISOFTHEMIDGUTOFNEARISOGENICPLUTELLAXYLOSTELLALEPIDOPTERAPLUTELIDAESTRAINRESISTANTTOCRYLACTOXIN博士研究生朱勛學(xué)號(hào)2011301010065指導(dǎo)教師李建洪教授張友軍研究員指導(dǎo)小組吳青君教授王少麗副教授SIMONWBAXTER副教授專(zhuān)業(yè)農(nóng)藥學(xué)獲得學(xué)位名稱(chēng)農(nóng)學(xué)博士研究方向昆蟲(chóng)分子毒理學(xué)獲得學(xué)位時(shí)間華中農(nóng)業(yè)大學(xué)植物科學(xué)技術(shù)學(xué)院二。一四年六月抗CLYIAC殺蟲(chóng)晶體蛋白近等基因系小菜蛾的中腸蛋白質(zhì)基因組學(xué)研究目錄摘要????????????????????????????????一IABSTRACT?????．?．．．．．．．．．．．．?．．?．．．．．．．?．．?．????????．????．?．．．．．．．．．．????III第1章前言?????????????????????????????．11．1蘇云金芽孢桿菌及小菜蛾概述????????????????????11．1．1蘇云金芽孢桿菌????????????????????????L1．1．2BT晶體毒蛋白的殺蟲(chóng)機(jī)理及抗性?????????????????21．1．3小菜蛾及其危害????????????????????????31．1．4小菜蛾對(duì)蘇云金芽孢桿菌的抗性?????????????????41．2抗BT小菜蛾的生物學(xué)研究進(jìn)展???????????????????．51．2．1小菜蛾對(duì)BT的交互抗性??．??????????????????51．2．2抗性遺傳方式?????????????????????????61．2．3抗性適合度代價(jià)????????????????????????81．3昆蟲(chóng)抗性近等基因系的研究?????????????????????81．3．1近等基因系的研究????。??????????????????．81．3．2昆蟲(chóng)抗性近等基因系?????????????????????．．101．4蛋白質(zhì)組學(xué)???????????????????????????．111．4．1蛋白質(zhì)基因組簡(jiǎn)介??????????????????????．111．4．2蛋白質(zhì)組在昆蟲(chóng)中腸研究中的應(yīng)用???????????????．．121．4．2蛋白質(zhì)組ITRAQ技術(shù)???????????????????．141．4．3目標(biāo)蛋白的質(zhì)譜定量檢測(cè)技術(shù)MRM?????????????151．5本研究目的意義和基本內(nèi)容????????????????????．161．5．1本研究的目的意義??????????????????????．．161．5．2本研究技術(shù)路線(xiàn)???????????????????????．17第2章小菜蛾抗CRYLAC近等基因系的建立與維持????????????182．1材料與方法???????????????????????????．．182．11試驗(yàn)材料??????????????????????????．．18

簡(jiǎn)介：摘要病毒的調(diào)控蛋白在病毒的基因表達(dá)與調(diào)控過(guò)程中具有重要的作用。BORF1是牛泡沫病毒編碼的唯一調(diào)控蛋白，能夠反式激活位于長(zhǎng)末端重復(fù)序列和ENV基因內(nèi)部的啟動(dòng)子。JDVTAT是JEMBRANADISEASEVIRUS編碼的反式調(diào)控因子可以通過(guò)結(jié)合RNA的TAR序列提高轉(zhuǎn)錄效率。工CPO和B工CPO分別是人疙疹病毒和牛疙疹病毒編碼的調(diào)節(jié)蛋白可以促進(jìn)病毒基因的表達(dá)。本文以這上述四種蛋白為材料，經(jīng)PCR構(gòu)建表達(dá)質(zhì)粒，并利用大腸桿菌進(jìn)行表達(dá)。通過(guò)對(duì)誘導(dǎo)條件的優(yōu)化獲得可溶性表達(dá)蛋白，結(jié)果BORF1和工CPON端片斷在37℃即能夠可溶性表達(dá)，而JDVTAT和BICPO需要進(jìn)行低溫誘導(dǎo)在18℃進(jìn)行可溶性表達(dá)。在此基礎(chǔ)上根據(jù)不同蛋白的特性利用親合層析，離子交換層析和分子排阻層析等方法對(duì)蛋白進(jìn)行純化，通過(guò)優(yōu)化條件，四種蛋白均獲得較高純度。對(duì)于純化效果理想的BORF1進(jìn)行結(jié)晶相關(guān)研究，運(yùn)用動(dòng)態(tài)光散射和圓二色譜的方法對(duì)分子的均一性和二級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行測(cè)定。發(fā)現(xiàn)在溶液中BORFI是以多聚體的形式存在的，其二級(jí)結(jié)構(gòu)中A螺旋的含量較低。利用氣相擴(kuò)散法進(jìn)行BORF1的晶體生長(zhǎng)，摸索晶體生長(zhǎng)的條件。實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)BORF1在以聚乙二醇PEG作為沉淀劑時(shí)，生成了類(lèi)似晶體的沉淀，并在此基礎(chǔ)上進(jìn)行晶體生長(zhǎng)條件的優(yōu)化。關(guān)鍵詞病毒調(diào)控蛋白，蛋白表達(dá)，蛋白純化，氣相擴(kuò)散法，結(jié)晶南開(kāi)大學(xué)碩士畢業(yè)學(xué)位論文前言1前言11蛋白質(zhì)晶體學(xué)的基本原理和實(shí)驗(yàn)方法111蛋白質(zhì)結(jié)晶的基本原理及主要影響因素生物大分子包括蛋白質(zhì)，多膚，核酸和多糖等及其復(fù)合體是細(xì)胞生命功能實(shí)現(xiàn)的基礎(chǔ)，生物大分子要發(fā)揮其生物學(xué)功能需要具備穩(wěn)定的特征的三維結(jié)構(gòu)及三維結(jié)構(gòu)在各個(gè)水平的運(yùn)動(dòng)，探求結(jié)構(gòu)與功能的關(guān)系是當(dāng)代分子生物學(xué)的中心問(wèn)題之一。解析生物大分子的三維結(jié)構(gòu)能夠?yàn)檎J(rèn)識(shí)其功能提供新的視點(diǎn)，并有助于解釋己經(jīng)積累多年的生化數(shù)據(jù)。而且，精確的三維結(jié)構(gòu)也是定點(diǎn)突變和分子設(shè)計(jì)的基礎(chǔ)。迄今為止，已有相當(dāng)多的生物大分子的結(jié)構(gòu)得到解析〔截止2004年4月，PDB中的結(jié)構(gòu)己經(jīng)超過(guò)25,004個(gè)，其中大多數(shù)的生物功能已經(jīng)得到了深入研究，并基于結(jié)構(gòu)對(duì)這些生物大分子進(jìn)行了分類(lèi)和相互關(guān)系的研究。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的研究手段主要包括X射線(xiàn)衍射、核磁共振NMR、三維電鏡重組及中子衍射等。目前應(yīng)用最廣泛的是X射線(xiàn)晶體衍射和核磁共振NMRX一射線(xiàn)晶體學(xué)適用于研究各種大小蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)，細(xì)菌核糖體30S小亞基和50S大亞基的晶體結(jié)構(gòu)解析己經(jīng)先后完成。X一射線(xiàn)晶體學(xué)曾經(jīng)是蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)測(cè)定的唯一手段，在現(xiàn)在和可見(jiàn)的將來(lái)仍將是原子水平上解析蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的最主要和最有效的手段。WIMBERLYBTETAL,2000要解析蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)，首先要得到高分辨率的蛋白質(zhì)晶體。與小分子結(jié)晶一樣，蛋白質(zhì)在溶液中達(dá)到過(guò)飽和狀態(tài)時(shí)，分子之間可以以規(guī)則的方式堆積起來(lái)形成晶體析出，也可以以無(wú)規(guī)則堆積方式形成沉淀。蛋白質(zhì)結(jié)晶學(xué)研究，簡(jiǎn)而言之，就是尋找合適的溶液條件和合適的方法，使蛋白質(zhì)在過(guò)飽和溶液中以晶體形式析出，而不是形成沉淀。不同的蛋白質(zhì)具有不同的性質(zhì)，蛋白質(zhì)結(jié)晶沒(méi)有什么一成不變的規(guī)律可言。要得到蛋白質(zhì)的結(jié)晶，需要解決從蛋白克隆、表達(dá)、純化，到結(jié)晶條件篩選、條件優(yōu)化、等環(huán)節(jié)中可能出現(xiàn)的問(wèn)題①蛋白質(zhì)純度對(duì)結(jié)晶的影響蛋白質(zhì)結(jié)晶過(guò)程中，雜質(zhì)、晶核，還有其他一些未知因素的存在，會(huì)對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)晶產(chǎn)生影響。一般來(lái)說(shuō)，蛋白質(zhì)純度越高，越有利于結(jié)晶。但有時(shí)也有例外，

簡(jiǎn)介：中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)碩士學(xué)位論文豆薯種子蛋白SPE31的分離純化、性質(zhì)研究和初步晶體學(xué)分析姓名常少杰申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別碩士專(zhuān)業(yè)生化與分子生物學(xué)指導(dǎo)教師龔為民20030801星蔓苧王曼皇避塑坌壅絲垡絲墮塹壅塑塑壟曼箜堂坌塹摘要豆薯PACHYRRHIZUSEROSUS種子經(jīng)磷酸鹽緩沖液抽提，硫酸銨飽和沉淀，DEAESEPHAROSEFASTFLOW柱層析和SUPERDEX75HR10／30柱層析，提取出兩種含量較豐富的蛋白成分，根據(jù)它們?cè)赟DSPAGE中的表觀(guān)分子量為31KDA和32KDA而將二者分別命名為SPE31和SPE32。SDSPAGE電泳還顯示SPE31的含量要比SPE32的含量少而且二者在聚丙烯酰胺凝膠中的位置極為接近。用杠層析的方法將SPE31和SPE32分離開(kāi)的嘗試是不成功的，SUPERDEX75HR10／30凝膠過(guò)濾層表明二者在溶液中均為單體。在非變性的聚丙烯酰胺凝膠電泳中純化出的蛋自樣品仍然是兩條帶，說(shuō)明SPE31和SPE32既沒(méi)有共價(jià)連接也沒(méi)有通過(guò)非共價(jià)作用形成聚集體。在還原性條件下SPE3L和SPE32在SDSPAGE凝膠中的遷移律均小于它們?cè)诜沁€原性條件下的遷移律，表明二者均含有鏈內(nèi)二硫鍵。用雙向電泳和IEFPAGE測(cè)得SPE31的等電點(diǎn)為40，SPE32的等電點(diǎn)為42。在用高碘酸和西佛氏試劑相結(jié)合的糖蛋白檢測(cè)方法PAS方法中SPE31和SPE32均呈現(xiàn)紫色條帶，這表明在二者的多肽鏈上均含有共價(jià)結(jié)合的雜糖鏈。SPE31的N端20個(gè)氨基酸殘基的序列為DAPESWDWSKKGVITEVKFQ，SPE32的N端17個(gè)氨基酸殘基臼孽序列為F_XKKC／KEQPSSDDAPESW其中第五位的氨基酸殘基無(wú)法確定是半胱氨酸還是賴(lài)氨酸，二者之間6個(gè)氨基酸殘基的重疊DAPESW。對(duì)蛋白序列數(shù)據(jù)庫(kù)的同源性搜索結(jié)果顯示SPE31和SPE32應(yīng)屬于木瓜蛋白酶家族的半胱氨酸蛋白酶。在凝膠中的蛋白酶活性檢測(cè)顯示SPE31具有明顯的降解明膠蛋白的活性，而SPE32只顯示出極微弱的蛋白酶活性。用懸滴氣象擴(kuò)散法獲得了此豆薯種子蛋白樣品的質(zhì)量較好的晶體，非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳顯示發(fā)生結(jié)晶的是SPE31而不是SPE32。在室內(nèi)的X光源上進(jìn)行了SPE31晶體261A衍射數(shù)據(jù)的收集，數(shù)據(jù)處理結(jié)果顯示晶體所屬的空間群為P41212或P43212，晶胞參數(shù)為AB6I。96凡C145。61A。此外還對(duì)在溶液中的SPE31蛋白酶活性檢測(cè)和通過(guò)RTPCR克隆SPE31的基因進(jìn)行了有意義的嘗試。2

簡(jiǎn)介：中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)研究生院碩士研究生畢業(yè)論文GSAT與WTAP蛋白的初步晶體學(xué)分析研究生姓名指導(dǎo)教師姓名專(zhuān)業(yè)研究方向呂新懷滕脈坤教授牛立文教授生物化學(xué)與分子生物學(xué)結(jié)構(gòu)生物學(xué)二零零六年八月中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)碩士論文目錄刃33勞二篇人W了冷P剪必以及君菏探縈第一章綜述第一節(jié)磯LMS’TUMOUR33第二節(jié)WTI基因的結(jié)構(gòu)與功能34第三節(jié)WTAP蛋白_37第二章實(shí)驗(yàn)材料與方法__42第一節(jié)盯AP重組蛋白質(zhì)的表達(dá)與純化42第二節(jié)WTAP1一5毛ST表達(dá)質(zhì)粒的構(gòu)建42第三節(jié)盯AP一GST胭TAP一HIS重組蛋白的表達(dá)、純化45第四節(jié)WTAP和賈TA即ISTAG生化性質(zhì)的鑒定46第五節(jié)WTAPWTAP一HIS一TAG晶體生長(zhǎng)48第三章實(shí)驗(yàn)結(jié)果與討論____48第一節(jié)WTAP一HISTAG重組蛋白質(zhì)的表達(dá)與純化48第二節(jié)WTAP毛ST表達(dá)質(zhì)粒的構(gòu)建49第三節(jié)GS升盯AP重組蛋白的表達(dá)、純化和酶切50第四節(jié)WTAP和WTAP書(shū)ISTAG生化性質(zhì)的鑒定51第五節(jié)WTAP的晶體生長(zhǎng)53第六節(jié)小結(jié)54參考文獻(xiàn)55附錄二57

簡(jiǎn)介：中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)博士學(xué)位論文酵母蛋白質(zhì)KTILLP的溶液構(gòu)象研究及人的蛋白質(zhì)HSPC159的保守結(jié)構(gòu)域的克隆、表達(dá)、純化和初步晶體學(xué)研究姓名孫建萍申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別博士專(zhuān)業(yè)生物化學(xué)與分子生物學(xué)指導(dǎo)教師施蘊(yùn)渝吳季輝20050501新的家族。我們解析的KTILLP溶液結(jié)構(gòu)是CSL．類(lèi)鋅結(jié)合蛋白質(zhì)家族中的笫一個(gè)結(jié)構(gòu)，為該類(lèi)蛋白質(zhì)的研究提供了一個(gè)精確的結(jié)構(gòu)模版，對(duì)研究KTJLLP同源物的功能具有指導(dǎo)性意義，并且為今后詳盡闡述KTILLP在多個(gè)生物學(xué)過(guò)程中的作用提供了分子生物學(xué)的基礎(chǔ)。論文第二部分的第一章是對(duì)半乳糖結(jié)合凝集素的結(jié)構(gòu)與功能研究進(jìn)展的綜述。半乳糖凝集素GALECTIN廣泛存在于各種動(dòng)物體內(nèi)，含有一個(gè)或者多個(gè)能特異性地結(jié)合B一半乳糖苷的保守性糖識(shí)別結(jié)構(gòu)域CRD。該章對(duì)GALECTIN的分泌，結(jié)構(gòu)，分類(lèi)，特性做了詳細(xì)的綜述。GALECTIN種類(lèi)繁多，并且隨著各項(xiàng)測(cè)序計(jì)劃的發(fā)展，越來(lái)越多的GALECTIN成員被發(fā)現(xiàn)。它們功能復(fù)雜，可能參與細(xì)胞與細(xì)胞、細(xì)胞與細(xì)胞間質(zhì)之間的相互作用，細(xì)胞粘附、凋亡、免疫反應(yīng)以及癌癥等多種生物學(xué)過(guò)程。HSPCI59是新近發(fā)現(xiàn)在一個(gè)GALECTIN家族的成員，它雖然含有保守的CRD區(qū)域，但是只含有糖結(jié)合關(guān)鍵的7個(gè)保守殘基中的兩個(gè)，可能不具有糖結(jié)合活性。第二章詳細(xì)介紹了HSPCI59蛋白質(zhì)的表達(dá)，其保守結(jié)構(gòu)域基因的亞克隆、表達(dá)純化以及合作進(jìn)行的晶體學(xué)初步的研究。該蛋白質(zhì)的功能目前還沒(méi)有報(bào)道，我們對(duì)可能進(jìn)行的功能研究進(jìn)行了討論。

簡(jiǎn)介：西北大學(xué)碩士學(xué)位論文酵母蛋白DOA1（UFD3）的原核表達(dá)、純化、晶體生長(zhǎng)及結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究姓名劉勇申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別碩士專(zhuān)業(yè)微生物學(xué)指導(dǎo)教師劉建玲20080603PROKARYOTICEXPRESSION，PURIFICATION，CRYSTALLIZATIONOFYEASTDOALUFD3PROTEINANDANALYSISOFDOALSTRUCTUREABSTRACTPROTEINDEGRADATIONMEDIATEDBYUBIQUITINPROTEASOMEPATHWAYISANIMPORTANTMECHANISMWHICHMODULATESCELLULARPROTEINACTIVITYANDFUNCTIONDOAL，BELONGINGTOPLAAFAMILYPROTEINS，WASFIRSTLINKEDTOTHEUBIQUITINPROTEASOMEPATHWAYITISKNOWNTOPLAYAKEYROLEDURINGUBIQUITINDEPENDENTPROTEINDEGRADATION，ANDCANBINDDIRECTLYTOUBIQUITINANDCDC48TOFACILITATECDC48RECRUITMENTOFUBIQUITINCDC48ISANAAAATPASEMOLECULARCHAPERONETHATCANINTERACTWITHUBIQUITINBINDINGCOFACTORSTOFACILITATEITSCELLULARFUNCTIONSINTHISPAPERWEWILLSOLVETHESTRUCTUREOFYEASTDOALTHROUGHSTRUCTUREBIOLOGYMETHODSTOCLARIFYTHEFUNCTIONALMECHANISMOFDOALWHICHPARTICIPATEINCDC48一MEDIATEDUBIQUITINATIONPATHWAYANDDNADAMAGEPATHWAYINTHISPAPERINORDERTOSOLVETHESTRUCTUREOFDOALUFD3320C，WECLONEDTHEGENEOFYEASTDOALUFD3320CINTOPET28APLASIMIDANDTHEN6HISTAGGEDDOAL320CWASEXPRESSEDINECOLIRECOMBINANTPROTEINWASFIRSTPURIFIEDONANI2AFFINITYCOLUMNFURTHERPURIFICATIONOFDOALUFD3320CWASCARRIEDOUTBYIONCHANGECHROMATOGRAPHYANDMOLECULAREXCLUSIONCHROMATOGRAPHYCRYSTALSWEREGROWNBYTHEHANGINGDROPVAPORDIFFUSIONMETHODTHECRYSTALSTRUCTUREOFDOALUFD3320CWASDETERMINEDBYSADMETHODTHERESULTSOFTHISRESEARCHINCLUDE1GENECLONINGOFYEASTDOALUFD3320一CINTOPET28AANDPGEX6P一12RECOMBINANTDOALUFD3320CPROTEINPURIFICATIONTOHIGHPURITY3WELLDIFFRACTEDCRYSTALSGROWINGANDDATACOLLECTION4STRUCTUREDETERMINATIONOFDOALUFD3320一CATTHEFIRSTTIMEAROUNDTHEWORLD5STRUCTURALANALYSISANDRESIDUESTHATMAYINVOLVEINBINDINGTOCDC48DETERMIANTIONBYINVITROGSTPULLDOWNEXPERIMENTSTHESERESULTSARECONSIDERABLYUSEFULFORTHEFURHERSTUDYOFFUNCTIONALMECHANISMOFDOALUFD3INCDC48一MEDIATEDUBIQUITINATIONPATHWAYIII

簡(jiǎn)介：蘭州大學(xué)博士學(xué)位論文蛋白質(zhì)晶體學(xué)中的直接法研究姓名張濤申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別博士專(zhuān)業(yè)凝聚態(tài)物理指導(dǎo)教師魏福林范海福20100601ABSTRACTABSTRACTTHEPROGRAMOASISWHICHCONBINESDIRECTMETHODSWITHCONVENTIONALPROTEINCRYSTALLOGRAPHICMETHODSHASBEENPROVEDVERYSUCCESSFULFORPHASINGOFPORTEINDIFFRACTIONDATA．INTHISPAPELWEDEVELOPTHEMETHODSANDTHEPROGRAMFROMTHEORY,APPLICATIONANDAUTOMATION，WHICHAREINCLUDEDINTHISPAPER．1，ONEOFTHEESSENTIALPOINTSOFTHEDIRECTMETHODSADPHASINGFORPROTEINSISTOEXPRESSTHEBIMODALSADPHASEDISTRIBUTIONBYTHESUMOFTWOGAUSSIANFUNCTIONSPEAKEDRESPECTIVELYAT紙”I△仇IAND仇”一I△緯1．THEPROBABILITYFOR△純BEINGPOSITIVEPCANBEDERIVEDBASEDONTHECOCHRANDISTRIBUTIONINDIRECTMETHODS．HENCETHESADPHASEAMBIGUITYCANBERESOLVEDBYMULTIPLYINGTHEGAUSSIANFUNCTIONPEAKEDAT仇”I△仇JWITHPANDMULTIPLYINGTHEGAUSSIANFUNCTIONPEAKEDAT紙”一I△仇}WITHPIP．DIRECTMETHODSADPHASINGHASBEENPROVEDPOWERFULINBREAKINGSADPHASEAMBIGUITIES，INPARTICULARWHENANOMALOUSSCATTERINGSIGNALSAREWEAK．HOWEVER，THEAPPROXIMATIONOFBIMODALPHASEDISTRIBUTIONSBYTHESUMOFTWOGAUSSIANFUNCTIONSINTRODUCESCONSIDERABLEERRORS．INTHISPAPERWESHOWTHATAMUCHBETTERAPPROXIMATIONCANBEACHIEVEDBYREPLACINGTHETWOGAUSSIANFUNCTIONSWITHTWOVONMISESDISTRIBUTIONS．THISNEWMETHODLEADSTOSIGNIFICANTIMPROVEMENTOFTHEEFFICIENCYOFDIRECTMETHODSADPHASING．2，INTHISPAPER,WECREATEANEWMODETOCOMBINESAD／SIRITERATIONANDMRITERATIONINPARTIALMODELEXTENSIONOFPROTEINS．THEREARETWOKINDSOFDUALSPACEPARTIALMODELEXTENSIONWHICHINVOLVETHEDIRECTMETHODPROGRAMOASIS．THEFIRSTKIND，NAMEDSAD／SIRITERATIONUSESSAD／SIRINFORMATION，WHILETHESECONDKIND，NAMEDMRITERATIONDOESNOTUSETHATINFORMATION．INGENERAL，SAD／SIRITERATIONISMOREPOWERFULSINCEMOREEXPERIMENTALINFORMATIONISUSED．HOWEVER,INMOSTCASESWHENPROTEINSTRUCTURESARESOLVEDWITHTHEMOLECULARREPLACEMENTMETHOD，SAD／SIRINFORMATIONISNOTAVAILABLE．THUSTHEMRITERATIONISPARTICULARLYUSEFULFORTHECOMPLETIONOFMODELSFROMMOLECULARREPLACEMENT．THESAD／SIRITERATIONWILLBEAUTOMATICALLYUSEDINOASISFORDATASETSCONTAININGSAD／SIRSIGNALS，WHILETHEMRITERATIONWILLBEDEDICATEDTODATASETSWITHOUTSAD／SIRSIGNALS．THEPRESENTPAPERSHOWSTHATFORDATACONTAININGSAD／SIRSIGNALS，ACOMBINATIONOFSAD／SIRITERATIONANDMRITERATIONCOULDLEADTOSIGNIFICANTLYBETTERRESULTSTHANTHATOBTAINEDFROMTHESAD／SIRITERATIONALONE．1I

簡(jiǎn)介：中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)博士學(xué)位論文X射線(xiàn)吸收光譜學(xué)與晶體學(xué)結(jié)合的鋅金屬蛋白酶ACUTOLYSINA和ACUTOLYSINC酶活中心結(jié)構(gòu)與功能研究姓名趙偉申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別博士專(zhuān)業(yè)結(jié)構(gòu)生物學(xué)指導(dǎo)教師牛立文滕脈坤20070301中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)博士論文致謝致謝記得在千年之交的2000年，我來(lái)到了中國(guó)科大，從長(zhǎng)沙到合肥，從軍校到地方高校，同時(shí)也從物理轉(zhuǎn)到了生物。感謝上天的恩惠，在我對(duì)生物學(xué)還一片茫然之時(shí)，把我?guī)У搅说鞍踪|(zhì)晶體學(xué)實(shí)驗(yàn)室，同時(shí)也讓我走進(jìn)了結(jié)構(gòu)生物學(xué)這一領(lǐng)域。首先，感謝我的導(dǎo)師牛立文教授和滕脈坤教授。他們多年的指導(dǎo)和悉心教誨讓我受益匪淺。牛立文教授嚴(yán)謹(jǐn)?shù)膶W(xué)術(shù)態(tài)度、敏銳的思辨及精益求精的工作作風(fēng)和滕脈坤教授開(kāi)放而活躍的科研風(fēng)格、豐富的經(jīng)驗(yàn)及鮮活實(shí)用的真知灼見(jiàn)都深深的教育了我。在這里，謹(jǐn)向兩位導(dǎo)師致以衷心的感謝和誠(chéng)摯的祝福。真誠(chéng)感謝實(shí)驗(yàn)室大家庭多年來(lái)對(duì)我的幫助和支持。剛進(jìn)實(shí)驗(yàn)室時(shí)的多位師兄和同學(xué)，轉(zhuǎn)眼間已遍布海內(nèi)外。感謝黃慶秋博士、朱中良博士、臧建業(yè)博士、樓曉華博士、劉群博士、汪德強(qiáng)博士、孫金鵬博士、張宏名博士、范軍博士、徐谷峰博士等多位師兄的指教和幫助，他們的踏實(shí)和熱心，扎實(shí)和辛勤，以及平時(shí)的言傳身教給我留下了深刻的印象。感謝高永翔老師、張曉老師、李旭老師和沈兵老師在實(shí)驗(yàn)室管理和建設(shè)上的幫助和支持。感謝徐盟同學(xué)在計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)維護(hù)和管理方面的幫助。感謝王翠萍和王瑞蓮女士在日常實(shí)驗(yàn)工作中的幫助。感謝郭敏、梁治，王靜、朱志強(qiáng)、童水龍、周暉皓、周東文、呂新懷、楊偉麗、陳輝、衛(wèi)雯清同學(xué)在晶體數(shù)據(jù)收集和生化實(shí)驗(yàn)中的大力幫助，實(shí)驗(yàn)的順利進(jìn)行離不開(kāi)大家的支持。感謝劉一瑋、史諾同學(xué)在課題合作中的支持與協(xié)助，他們直接參與了本課題的進(jìn)展。感謝實(shí)驗(yàn)室中的其他同學(xué)在工作和生活中的熱情幫助，他們是涂雄鷹、榮輝、葛宏華、李小武、黃鏵、鄭定海、唐文迎、李恒、黃凱、孫磊、張平、寧方坤、房鵬飛、王婧，他們一同建立了一個(gè)團(tuán)結(jié)向上的工作環(huán)境。感謝公共實(shí)驗(yàn)室的老師在大型儀器使用上的輔導(dǎo)和幫助，同時(shí)也感謝生命科學(xué)學(xué)院所有關(guān)心和幫助過(guò)我的老師和同學(xué)。非常感謝北京高能物理所同步輻射實(shí)驗(yàn)室的吳白玉教授。作為課題合作單位的導(dǎo)師，吳教授給于了本人課題上的直接指導(dǎo)和生活上的關(guān)照。感謝高能所的董宇輝老師、胡天斗老師、劉鵬老師，他們給與了本人很多幫助和方便。感謝與本人進(jìn)行課題合作的儲(chǔ)旺盛、李樹(shù)軍、楊飛飛、于梅娟同學(xué)，他們給了我很多實(shí)驗(yàn)以及物理理論上的幫助和支持，和他們的合作和討論總是融洽而愉快的。同時(shí)感謝那里的陳博、陳棟梁、巫翔、鐘俊、趙海峰、高斌、馬思玄、劉宜晉、劉蕾、舒航、姚鵬、陳新、張碩、以及姚德強(qiáng)、候海峰、高增強(qiáng)、黃勝等同學(xué)，和他們的交流總是富有成效的。高能所良好的硬件環(huán)境和活躍的學(xué)術(shù)氛圍給我留下了深刻的印象，在北I致謝

簡(jiǎn)介：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院博士學(xué)位論文DPY30LIKEC端結(jié)構(gòu)域與MUSASHI1RRM1的晶體學(xué)研究姓名王先平申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別博士專(zhuān)業(yè)生物化學(xué)與分子生物學(xué)指導(dǎo)教師強(qiáng)伯勤20080527北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院博十研究生論文DPY301IKEC端相似的表達(dá)純化手段，通過(guò)篩查不同的晶體生長(zhǎng)條件最終得到分辨率為18A的晶體，數(shù)據(jù)收集之后采用分子置換的方法解析了MUSASHILRRML的結(jié)構(gòu)。MUSASHILRRMI具有典型的RRM結(jié)構(gòu)域的特點(diǎn)，形成D1ALP2P3A2P4的結(jié)構(gòu)特征，其131133形成的疏水面含有保守殘基PHE8、PHE48、PHE50，這三個(gè)氨基酸的突變會(huì)導(dǎo)致MUSASHIIRRML結(jié)合RNA的能力完全喪失。說(shuō)明該疏水面對(duì)于保持RNA結(jié)合能力的重要性。通過(guò)對(duì)DPY301IKEC端結(jié)構(gòu)域和MUSASHIIRRML的結(jié)構(gòu)域的解析，我們對(duì)這兩個(gè)結(jié)構(gòu)域的三維結(jié)構(gòu)有了清楚的認(rèn)識(shí)，通過(guò)對(duì)結(jié)構(gòu)域的解析，發(fā)現(xiàn)它們分別是DPY301IKE和MUSASHIL的主要功能區(qū)域，并對(duì)其的作用機(jī)制進(jìn)行了合理的推導(dǎo)，為之后的功能研究提供了一定的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)。關(guān)鍵詞晶體結(jié)構(gòu)DPY301IKEC端結(jié)構(gòu)域MUSASHIIRRML2

簡(jiǎn)介：中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)博士學(xué)位論③又酵母轉(zhuǎn)醛醇酶2晶體結(jié)構(gòu)與功能研究及鉤端螺旋體DDG醛縮酶初步晶體學(xué)研究作者姓名學(xué)科專(zhuān)業(yè)導(dǎo)師姓名完成時(shí)間黃鏵生物化學(xué)與分子生物學(xué)滕脈坤教授牛立文教授二OO八年十一月五目摘要PSTRANDP18STRAND排列在一起組成一個(gè)很像啤酒桶的結(jié)構(gòu)內(nèi)核，連接這些彼此平行的13STRAND的7個(gè)0【螺旋0C28螺旋，缺失C【1螺旋纏繞在桶的外沿，另外，在核心的伐／口8桶外周還圍繞著7個(gè)OC螺旋伐AG螺旋。分析NQML／YGR043C與同源轉(zhuǎn)醛醇酶的氨基酸序列和二級(jí)結(jié)構(gòu)分布，所有轉(zhuǎn)醛醇酶亞家族的特征性高度保守的殘基都能在NQML／YGR043C5U發(fā)現(xiàn)。比較NQML／YGR043C與同源轉(zhuǎn)醛醇酶人源轉(zhuǎn)醛醇酶和大腸桿菌轉(zhuǎn)醛醇酶B的三維結(jié)構(gòu)，證實(shí)其和同源物之間不僅具有非常相似的整體結(jié)構(gòu)和核心的僅／P8桶結(jié)構(gòu)。而且所有關(guān)鍵的活性相關(guān)的氨基酸殘基，位置和構(gòu)象都保持了高度的一致。另外在TAL2YEASTNQML／YGR043C晶體結(jié)構(gòu)的表面發(fā)現(xiàn)了文獻(xiàn)報(bào)道中提到的轉(zhuǎn)醛醇酶的可能的底物傳遞通道，這一通道從SERL73殘基直至LYSL44殘基，主要由P4、95STRAND及緊隨P5STRAND的一段LOOP上的若干氨基酸殘基組成。綜上實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)和證據(jù)，證實(shí)NQML／YGR043C編碼的確實(shí)是一個(gè)轉(zhuǎn)醛醇酶，TAL2YEAST，另外還推斷了TAL2YEAST與其同源酶相似的催化過(guò)程。二關(guān)于鉤端螺旋體2脫氫3一脫氧葡糖二酸醛縮酶，我們從含有目的基因的質(zhì)粒中克隆出了編碼鉤端螺旋體DDG醛縮酶的基因，并成功構(gòu)建其PET22B載體的表達(dá)質(zhì)粒；表達(dá)并純化了鉤端螺旋體DDG醛縮酶蛋白；利用懸滴氣相擴(kuò)散法篩選出了鉤端螺旋體DDG醛縮酶晶體的初步生長(zhǎng)條件，并通過(guò)優(yōu)化獲得了分辨率高于3A的晶體；利用金屬離子和甘油濃度梯度篩選出合適的冷凍保護(hù)策略，提高了鉤端螺旋體DDG醛縮酶晶體耐受XRAY的能力，足以收取完整的數(shù)據(jù)；在實(shí)驗(yàn)室常規(guī)光源收集了一套22A的常規(guī)數(shù)據(jù)，晶體空間群類(lèi)型屬于C幺晶胞參數(shù)為A2935A，B1256A，C876A，A790。，T31009。，并利用分子置換方法得到了一個(gè)初步的相位。關(guān)鍵詞醛縮酶轉(zhuǎn)醛醇酶；2一脫氫一3一脫氧葡糖二酸醛縮酶；XRAY衍射；晶體結(jié)構(gòu)；ALL38桶；酵母轉(zhuǎn)醛醇酶2轉(zhuǎn)醛醇酶活性

簡(jiǎn)介：中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)碩士學(xué)位論文PYLBCD和LR蛋白的初步晶體學(xué)作者姓名研究劉賀XLJ負(fù)學(xué)科專(zhuān)業(yè)生物化學(xué)與分子生物學(xué)導(dǎo)師姓名龔為民研究員完成時(shí)間二。一二年十月七日中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明本人聲明所呈交的學(xué)位論文，是本人在導(dǎo)師指導(dǎo)下進(jìn)行研究工作所取得的成果。除已特別加以標(biāo)注和致謝的地方外，論文中不包含任何他人已經(jīng)發(fā)表或撰寫(xiě)過(guò)的研究成果。與我一同工作的同志對(duì)本研究所做的貢獻(xiàn)均已在論文中作了明確的說(shuō)明。作者簽名麴魚(yú)簽字日期絲壟竺蘭竺中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)學(xué)位論文授權(quán)使用聲明作為申請(qǐng)學(xué)位的條件之一，學(xué)位論文著作權(quán)擁有者授權(quán)中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)擁有學(xué)位論文的部分使用權(quán)，即學(xué)校有權(quán)按有關(guān)規(guī)定向國(guó)家有關(guān)部門(mén)或機(jī)構(gòu)送交論文的復(fù)印件和電子版，允許論文被查閱和借閱，可以將學(xué)位論文編入中國(guó)學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù)等有關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行檢索，可以采用影印、縮印或掃描等復(fù)制手段保存、匯編學(xué)位論文。本人提交的電子文檔的內(nèi)容和紙質(zhì)論文的內(nèi)容相一致。保密的學(xué)位論文在解密后也遵守此規(guī)定。母公開(kāi)口保密年作者簽名翹炱引幣竹匆羔∥導(dǎo)師簽名Z2簽字日期竺蘭簽字日期汐FZIFZ

簡(jiǎn)介：中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)碩士學(xué)位論文酵母PUB1RRM2和RPA14的克隆、表達(dá)、純化及初步晶體學(xué)分析姓名崔穎姬申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別碩士專(zhuān)業(yè)結(jié)構(gòu)生物學(xué)指導(dǎo)教師滕脈坤牛立文20090501摘要關(guān)鍵詞MRNA穩(wěn)定性MRNA翻轉(zhuǎn)RNA結(jié)合蛋白R(shí)NA識(shí)別結(jié)構(gòu)域RRMPUBL第二個(gè)RRM晶體二、RPAL4蛋白的克隆、表達(dá)及純化真核生物中有三種不同的RNA聚合酶，即RNA聚合酶I，RNA聚合酶II和RNA聚合酶III。酵母細(xì)胞中的RNA聚合酶I由14個(gè)亞基組成，核心部分含有10個(gè)亞基，當(dāng)其轉(zhuǎn)錄特殊的RDNA時(shí)還需4個(gè)特殊的亞基，即RPA49，RPA43，RPA345，RPAL4。其中的RPAL4和RPA43在體內(nèi)易形成異二聚體，具有較高的保守性，它能與RDNA特異性的轉(zhuǎn)錄因子RRN3P相互作用，召募RNA聚合酶I結(jié)合到RDNA的啟動(dòng)子上，啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄；同時(shí)RPAL4／RPA43還能結(jié)合SSRNA。RPAL4缺失試驗(yàn)使核心酶失去轉(zhuǎn)錄活性，說(shuō)明RPAL4在RNA聚合酶I中起到非常重要的作用，且RPAL4能穩(wěn)定RPA43與核心酶之間的相互作用。從酵母基因文庫(kù)中克隆了RPAL4的CDS序列，并構(gòu)建了PET22BRPAL4質(zhì)粒。重組蛋白R(shí)PAL4HISTAG在ECOLIBL21DE3中表達(dá)量高，但蛋白比較難純化，經(jīng)過(guò)NI柱親合層析、分子篩和離子交換柱的純化，蛋白純度達(dá)到90％以上。對(duì)該蛋白進(jìn)行了晶體生長(zhǎng)，目前沒(méi)有得到可用于衍射的晶體。關(guān)鍵詞RNA聚合酶RNA聚合酶IRPAL4RPA43

簡(jiǎn)介：中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)碩士學(xué)位論文SETTAFIΒ和CHMP6的克隆、表達(dá)、純化以及初步晶體學(xué)分析姓名徐臻申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別碩士專(zhuān)業(yè)生物化學(xué)與分子生物學(xué)指導(dǎo)教師牛立文滕脈坤20100501摘要及其相關(guān)蛋白質(zhì)做了深入的研究工作并做出相關(guān)報(bào)道，但是具體的作用機(jī)制目前仍不甚清楚。對(duì)其結(jié)構(gòu)的研究將為人們探索跨膜蛋白的降解機(jī)制提供重要基礎(chǔ)。我們的工作主要集中于ESCRTIII中CIIMP6亞基各個(gè)結(jié)構(gòu)域的結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究。本論文研究計(jì)劃中，已經(jīng)順利完成了整個(gè)課題的前期工作，包括CHMP6人工嵌合蛋白的構(gòu)建、表達(dá)、純化、晶體生長(zhǎng)條件的篩選。本文簡(jiǎn)要介紹了CHMP6蛋白作為囊泡轉(zhuǎn)運(yùn)分類(lèi)復(fù)合體亞單位的生物學(xué)功能，并對(duì)它與相關(guān)蛋白的同源性及保守性進(jìn)行了一些討論。文章中較為細(xì)致地討論了整個(gè)實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)，材料與方法，操作過(guò)程及其遇到的問(wèn)題與相應(yīng)的解決方案，最后闡述了現(xiàn)階段已取得的實(shí)驗(yàn)進(jìn)展，對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果做出合理的分析，并對(duì)于后期實(shí)驗(yàn)方案提出了一些設(shè)想與看法。關(guān)鍵詞囊泡轉(zhuǎn)運(yùn)分類(lèi)復(fù)合體CHMP6X一射線(xiàn)衍射表達(dá)與純化

簡(jiǎn)介：分類(lèi)號(hào)Q93密級(jí)單位代碼10422學(xué)號(hào)201011475⑧紗L▲紫力；碩士學(xué)位論文SHANDONGUNIVERSITYMASTERSDISSERTATION論文題目STLNG蛋白的初步晶體學(xué)研究THEPRELIMINARYCRYSTALLIZATIONSTUDYOFTHEPROTEINSTING作者姓名學(xué)院名稱(chēng)專(zhuān)業(yè)名稱(chēng)指導(dǎo)教師合作導(dǎo)師張俊兵生命科學(xué)學(xué)院微生物學(xué)谷立川教授2013年4月15山東大學(xué)碩士學(xué)位論文目錄摘要IABSTRACT。。III符號(hào)說(shuō)明V第一章前言111人體天然免疫112一型干擾素的調(diào)控通路213CDIG肝的相關(guān)研究414STING蛋白的發(fā)現(xiàn)與研究概況715STING接受CDI_GMP信號(hào)的發(fā)現(xiàn)916課題研究?jī)?nèi)容，目的及意義10第二章實(shí)驗(yàn)步驟1321菌株、載體和基因1322實(shí)驗(yàn)試劑1323基因克隆16231聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)16232DNA片段雙酶切17233重組質(zhì)粒構(gòu)建17234重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化表達(dá)菌株BL2117235菌落PCR和蛋白表達(dá)TEST篩選陽(yáng)性克隆子182。4蛋白質(zhì)的提取與純化18241蛋白質(zhì)在LL大瓶中的誘導(dǎo)表達(dá)18242蛋白質(zhì)的提取與純化一19243SEL憶T蛋白質(zhì)衍生物的制備20244晶體的普篩與優(yōu)化一2024，5衍射數(shù)據(jù)的收集與處理22246晶體結(jié)構(gòu)的解析2525QUICKCHANGE定點(diǎn)突變27