蛋白質(zhì)晶體學中的直接法研究.pdf

1、OASIS程序將直接法與常用的蛋白質(zhì)晶體學方法相結合，用于推演蛋白質(zhì)晶體的衍射相位，已經(jīng)證明非常有效。本文吏進一步從理論、應用和自動化三個方面，發(fā)展了OASIS的方法和程序。
　　 1.OASIS程序破解單波長反常衍射(SAD)相位模糊問題的一個關鍵，在于：將SAD相位的雙峰概率分布表示為中心值在φh″+|△φh|和φh″-|△φh|的兩個高斯概率分布之和。利用直接法中的Cochran概率可以求出△φh取正號時的概率P+。因此S

2、AD相位模糊可以通過P+乘以中心在φh″+|△φh|的高斯分布以及P-(=1-P+)乘以中心在φh″-|△φh|的高斯分布來破解。這種破解相位模糊的方法已經(jīng)證明是行之有效的，特別是在反常散射信號微弱的情況下。但是將相位概率分布表達為兩個高斯分布的和會帶來一些不可忽略的誤差。本文利用vonMises分布代替高斯分布來擬合SAD相位的雙峰概率分布，使擬合的精度大為提高，從而顯著地增強了OASIS推演SAD相位的能力。
　　 2.本文

3、提出了一種新的、結合SAD/SIR迭代與MR迭代的結構模型完善化方案。在OASIS程序中含有兩種利用雙空間迭代以擴展部分結構的功能。第一種是利用單波長反常衍射(SAD)或單對同晶置換(SIR)信息和部分結構模型的迭代；另一種是只利用部分結構模型的“分子置換法模型”迭代(MR迭代)。一般來說，SAD/SIR迭代更為有效，因為它利用的實驗信息吏多。因此，若衍射數(shù)據(jù)中含有SAD/SIR信息，就會使用SAD/SIR迭代；若衍射數(shù)據(jù)中刁含SAD/