毛竹PIF類轉(zhuǎn)座子的克隆與結(jié)構(gòu)分析以及MLE轉(zhuǎn)座子對毛竹基因組多態(tài)性的影響.pdf

1、P不穩(wěn)定因子(P instability factor，PIF)是首先在玉米里發(fā)現(xiàn)的一類DNA類轉(zhuǎn)座子，后來將結(jié)構(gòu)相似、同源同類型的DNA轉(zhuǎn)座子歸類到一個新的家族，命名PIF類轉(zhuǎn)座子。PIF類轉(zhuǎn)座子結(jié)構(gòu)由2個開放閱讀框(ORF)，TIR序列和TSD序列組成。Mariner-Like element(MLE)是自主轉(zhuǎn)座子Tc l-mariner超家族中一個重要家族。其結(jié)構(gòu)由位于轉(zhuǎn)座子兩端的末端顛倒重復序列(TIR)，2個TIR中間的編碼轉(zhuǎn)

2、座酶的結(jié)構(gòu)域，轉(zhuǎn)座子插入新位點時引起靶序列產(chǎn)生的TA重復序列(TSD)三部分組成。PIF類轉(zhuǎn)座子和具有結(jié)構(gòu)簡單、轉(zhuǎn)座子在基因組插入位點接近隨機和異源轉(zhuǎn)座率高這三個特點的MLE轉(zhuǎn)座子，成為近幾年研究的熱點。
　　 本研究通過基于磁珠富集的染色體步移法從毛竹中分離到一個全長PIF類轉(zhuǎn)座子（PhPIF-1）。PhPIF-1長5953bp，它有20bp不完整的末端反向重復序列(Terminal Inverted Repeats，TIRs

3、)和3bp靶位點重復（Target Site Duplications，TSDs），PhPIF-1轉(zhuǎn)座子也含有2個開放閱讀框(Open Reading Frames，ORFs)，其中一個編碼假定轉(zhuǎn)座酶，具有來自植物基因組PIF/Harbinger家族典型的完整DDE結(jié)構(gòu)域，另一個開放閱讀框編碼DNA結(jié)合蛋白，在這個ORF中含有7個終止密碼子和2個移碼突變，因此推測PhPIF-1轉(zhuǎn)座子沒有轉(zhuǎn)座活性。本課題組克隆的3個MLE轉(zhuǎn)座子，它們結(jié)構(gòu)

4、完整，序列保守。我們選取有豐富變型的毛竹為實驗材料，利用SSAP(sequence-specific amplification polymorphism)技術(shù)研究轉(zhuǎn)座子活動對毛竹及其變型基因組多態(tài)性的影響，一共擴增到356條帶，其中有160條帶是多態(tài)性條帶，多態(tài)性的比率是44.9％，實驗證明MLE轉(zhuǎn)座子在毛竹及其變型基因組中廣泛分布。毛竹在其適應環(huán)境和引種栽培過程中產(chǎn)生了很多變型，如葉色、桿色以及桿形等的變化，但這些變化不能穩(wěn)定遺傳，