通過構建蛋白質結構域功能模版庫做基于序列的蛋白質功能位點預測.pdf

1、由蛋白質序列預測其功能位點是蛋白質功能注釋的重要步驟，它也為相關生物學實驗提供重要依據(jù)。本文通過對蛋白質結構域分類數(shù)據(jù)庫SCOP的再劃分，得到了13590個“子結構域”，并利用隱馬爾科夫鏈模型軟件HMMER為這些子結構域構建了相應的模版序列。我們利用蛋白質結構數(shù)據(jù)庫PDB文件中SITE注釋行信息和動力學微擾動算法DPA的預測結果，將135621個子結構域的功能位點映射到對應的模版序列，從而得到了一個附帶功能位點注釋的模版庫(fDPD)。

2、HMMER將給定的未知序列定位到fDPD中特定的模版上，通過模版上的功能位點反應到詢問序列上從而定位出預測位點。為了檢驗其預測效用，我們應用本方法檢驗了幾個不同類型的數(shù)據(jù)庫，我們的預測結果表明本方法有較高的精準度和覆蓋度。我們的分析表明，fDPD作為一個開放的模版庫，它還可以通過吸收其他的蛋白質功能注釋信息（如文獻檢索）建立起更完備、更專門的模版庫，從而提高預測精度和效用。我們的計算結果表明，結構上相似的蛋白質其功能位點傾向于出現(xiàn)在相似