基于線粒體COI及核糖體ITS序列分析的中國尼氏真綏螨自然種群遺傳多樣性研究.pdf

1、尼氏真綏螨作為在我國南部廣泛分布的捕食螨，是許多種害螨的重要天敵。本研究中，COI和ITS被用來研究尼氏真綏螨10個地理種群間的遺傳分化。我們首先檢測了中國尼氏自然種群核苷酸變異的水平和模式，探明了這些種群間是否有遺傳分化。最后，我們還評價了DNA序列數(shù)據(jù)研究種群遺傳的實用性。主要結(jié)論如下:
　　 (1)COI片段長度為658bp，共有46個多態(tài)性位點，將全部序列分類為33個單倍型。序列AT堿基含量較高，變化范圍為65.4％到6

2、6.5％。COI基因的核酸多樣性(nucleotidediversity，π)以及單倍型多樣性(haplotypediversity，hd)較高，變化范圍分別為0.0034到0.0111和0.385到0.809。多樣性較高的為重慶(π=0.1111;hd=0.809)和廣州種群(π=0.01022;hd=0.788)。Tajima'stest檢測顯示COI區(qū)域沒有顯著偏離中性平衡。西南種群中重慶擁有最多的單倍型（7個）。單倍型CH29分

3、布頻率最高，分布于五個種群。有單倍型與種群的特異性分布現(xiàn)象（單倍型CH02和CH03僅分布于成都種群，CH06和CH07僅分布于廣州種群）。COI單倍型網(wǎng)狀分支圖比ITS復(fù)雜。
　　 (2)從145個樣品成功擴增出了ITS，片段長度有648和649bp兩種，共有16個多態(tài)性性位點，其中9個為轉(zhuǎn)換（transition），6個為顛換(transversion)，1個位點為缺失(indel)，將全部序列分為16個單倍型，其中有11個

4、為私有單倍型。ITS序列總體的核酸多樣性(nucleotidediversity，π)為0.00136。廣州種群的ITS遺傳多樣性較低，只有1個單倍型被發(fā)現(xiàn)。成都種群的ITS遺傳多樣性較高(π=0.00185，hd=0.803)。Tajima'stest檢測顯示ITS區(qū)域負(fù)顯著偏離中性平衡（Tajima'sD:-1.77962，P＜0.05）。IH02分布于所有種群，頻率最高。有些單倍型只分布于特定種群，如IH05只分布于韶關(guān)種群，IH

5、09、IH10、IH15只分布于成都種群。成都種群是異質(zhì)性最高的種群，擁有6個單倍型。南寧和長沙種群次之，分別具有5個單倍型。ITS單倍型的網(wǎng)狀圖較為簡單。單倍型間最多的堿基差異為2個。
　　 (3)多數(shù)種群間的FST值顯示種群差異顯著。COI區(qū)域的種群間的FST值變化區(qū)間是-0.03858（武漢-南平）到0.71485（成都-韶關(guān)）。ITS區(qū)域的種群間的FST值變化區(qū)間是-0.04776（南平-長沙）到0.42424（南平-廣

6、州）。從COI序列得到的FST值明顯高于ITS。在長沙、武漢、南平種群間沒有顯著性差異（除了武漢-長沙，基于COI序列）。在COI區(qū)域，種群間的FST/(1-FST)值與地理距離顯著正相關(guān)(r=0.303，P=0.047)，而ITS種群間FST/(1-FST)與地理距離沒有顯著相關(guān)性(ITS:r=0.011，P=0.441)。我們對比了基于COI和ITS序列的NJ法構(gòu)建的進化樹和PCA分析結(jié)果(COI:PC1=33.74％，PC2=21