文昌魚假定蛋白功能注釋及數(shù)據(jù)庫構(gòu)建.pdf

1、文昌魚是現(xiàn)存的最接近脊椎動(dòng)物的無脊椎動(dòng)物，是研究動(dòng)物進(jìn)化和胚胎發(fā)育的“活化石”。目前，世界各國科學(xué)家針對(duì)文昌魚基因進(jìn)行了大量的研究，2008年美國佛羅里達(dá)文昌魚基因組測序的完成，為文昌魚的研究奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。文昌魚在分子生物學(xué)方面的研究不斷增多，為研究脊椎動(dòng)物的起源和進(jìn)化提供越來越多的證據(jù)。但是美國佛羅里達(dá)文昌魚數(shù)據(jù)庫中仍有相當(dāng)一部分基因的功能是未知的。針對(duì)上述問題，我們對(duì)美國佛羅里達(dá)文昌魚數(shù)據(jù)庫的11930條“假定蛋白”進(jìn)行結(jié)構(gòu)和功

2、能注釋，并且構(gòu)建了文昌魚蛋白注釋數(shù)據(jù)庫．AmphioxusAnnoBase。
　　AmphioxusAnnoBase數(shù)據(jù)庫具有以下特點(diǎn)：(1)通過本地化的TASSER系列算法對(duì)文昌魚的“假定蛋白"進(jìn)行了結(jié)構(gòu)預(yù)測，預(yù)測得到4176個(gè)三級(jí)結(jié)構(gòu)。(2)基于FINDSITE算法，依據(jù)預(yù)測的三級(jí)結(jié)構(gòu)對(duì)“假定蛋白"進(jìn)行了功能預(yù)測，共得到2797個(gè)有GO注釋的“假定蛋白”；預(yù)測出3439個(gè)“假定蛋白"的配體及其相應(yīng)的綁定位點(diǎn)，并且基于EFICA

3、z2算法從蛋白序列出發(fā)，對(duì)全部的假定蛋白進(jìn)行酶功能預(yù)測，推測出206個(gè)“假定蛋白”可能是酶，其中的28個(gè)結(jié)果可靠性較高。(3)通過與Yeast等模式生物做序列比對(duì)，對(duì)文昌魚全蛋白組進(jìn)行了蛋白復(fù)合體預(yù)測。(4)選用Cytoscape Web和GBrowse網(wǎng)絡(luò)工具分別對(duì)文昌魚的蛋白復(fù)合體和基因進(jìn)行可視化展示，具有良好的用戶界面。(5)運(yùn)用：PHP、MySQL、Apache等技術(shù)構(gòu)建了Linux平臺(tái)的文昌魚蛋白注釋數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫收錄了來自

4、于NCBI的青島文昌魚、廈門文昌魚、日本文昌魚和來自于Ensemble數(shù)據(jù)庫的美國佛羅里達(dá)文昌魚的蛋白數(shù)據(jù)共計(jì)52077條，contigs共計(jì)3032條。
　　總之，AmphioxusAnnoBase數(shù)據(jù)庫提供較為詳盡的蛋白功能注釋信息，具有較高的可靠性，便于科研工作者查閱，同時(shí)對(duì)于指導(dǎo)文昌魚實(shí)驗(yàn)，具有較高的參考價(jià)值和實(shí)用性，為后續(xù)文昌魚功能基因的研究提供重要的理論意義和實(shí)踐價(jià)值。
　　AmphioxusAnnoBase數(shù)據(jù)