鯉科魚類基于c-myc和HIF-1基因的分子系統(tǒng)學研究.pdf

1、本研究選擇核基因組中c-myc和HIF-1基因做為遺傳標記,在選定的鯉科魚類中,分別擴增出基因序列或cDNA序列,采用分子系統(tǒng)學方法,對其進行序列變異、系統(tǒng)發(fā)育和分子進化分析。序列變異分析采用MEGA4.0軟件;系統(tǒng)發(fā)育分析分別采用最大似然法、最大簡約法和貝葉斯法重建鯉科魚類系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系;分子進化分析采用PAML4.2軟件進行。本論文的主要研究結(jié)果及結(jié)論如下:
　　 1、本研究通過PCR擴增、克隆測序及從GenBank下載共獲得

2、68條鯉科魚類及外類群的c-myc基因序列。
　　 (1)序列變異分析表明:c-myc CDS序列的第538位、793位和1160位核苷酸變異具有特異性,這些位點上高原魚類和平原魚類的核苷酸不同;兩個高度變異區(qū)的堿基缺失數(shù)目和魚類親緣關(guān)系兩者間無相關(guān)性,和魚類生活區(qū)域兩者間也無相關(guān)性;具有簡約信息的第387氨基酸位點上裂腹魚類編碼的都是絲氨酸,而其它魚類絕大多數(shù)編碼的是蘇氨酸。
　　 (2)系統(tǒng)發(fā)育分析表明:支持理科魚類

3、魚巴系和雅羅魚系的劃分,斑馬魚、麥氏(魚丹)與三線波魚形成的分支獨立于以上兩個單系群外;鲃系中,野鯪魚類位于鲃巴系的最基部,鲃亞科、裂腹魚亞科和鯉亞科魚類共同構(gòu)成另一分支;雅羅魚系中,最基部的是鳑鲏亞科魚類,其余為(魚句)亞科,鲴亞科、鲌亞科、(魚丹)亞科的中華細鯽和馬口魚、雅羅魚亞科和鰱亞科魚類。
　　 (3)分子進化分析表明:M3模型檢測到c-myc序列位點之間的選擇壓力存在強烈的異質(zhì)性;使用兩對似然率檢驗來檢測正向選擇:M

4、2-M1和M8-M7,M1模型和M8模型都表明絕大多數(shù)位點(大于90％)受負向選擇;小部分位點是中性進化的;沒有檢測到正向選擇位點。
　　 2、本研究通過PCR擴增、克隆測序及從GenBank下載共獲得11條鯉科魚類及外類群的HIF-1基因的cDNA序列。
　　 (1)序列變異分析表明:發(fā)現(xiàn)HIF-1基因cDNA序列上10個核苷酸變異位點,這些位點上赤梢魚的核苷酸不同于其它魚類;不同物種cDNA的同一區(qū)域編碼的氨基酸數(shù)目

5、變異較大;氨基酸序列有10個位點上赤梢魚和其它10種魚類編碼的氨基酸不同。
　　 (2)系統(tǒng)發(fā)育分析表明:鯉科魚類主要劃分為鲃系和雅羅魚系,而斑馬魚則獨立于以上兩個單系群外;雅羅魚系中,觴亞科的麥穗魚和雅羅魚亞科的赤梢魚聚為一個分支,鰱亞科的鳙和鰱與雅羅魚亞科草魚構(gòu)成另一分支;鲃系中,鯉科的鯽魚和金魚與裂腹魚亞科的青海湖裸鯉構(gòu)成鲃系的一個分支,再與鯉亞科的鯉魚一起聚為一個單系群。
　　 (3)分子進化分析表明:M3模型表