基于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的蛋白質(zhì)折疊速率預(yù)測.pdf

1、蛋白質(zhì)是一類最重要的生物大分子,在生物體內(nèi)占有特殊的地位.蛋白質(zhì)折疊是蛋白分子從它的變性狀態(tài)到達(dá)其具有生物活性的天然構(gòu)象的過程,在這一過程中,不同的蛋白質(zhì)其折疊速率有著很大的差異. 為了揭示蛋白質(zhì)折疊速率的決定因素,許多工作者開展了大量的研究工作.迄今已提出許多基于結(jié)構(gòu)的經(jīng)驗參數(shù),接觸序、長程序、二級結(jié)構(gòu)含量、有效長度等,基于這些參數(shù)的各種預(yù)測方法所得到的預(yù)測結(jié)果也與實驗數(shù)據(jù)有著較好的吻合. 然而上述許多方法都需要預(yù)先知

2、道蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)特性,或預(yù)測出其結(jié)構(gòu)特征,再進(jìn)行折疊速率預(yù)測.為了避免這些因素產(chǎn)生的影響,我們提出了一個直接從蛋白質(zhì)的氨基酸序列出發(fā),不需要任何結(jié)構(gòu)信息,用人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方法預(yù)測其折疊速率的模型.首先將收集到的蛋白質(zhì)氨基酸序列按其生物學(xué)特征數(shù)字化,如按氨基酸在螺旋構(gòu)象中的平均自由能、氨基酸的出現(xiàn)頻率等特征對氨基酸賦值,獲得與一級序列相應(yīng)的數(shù)字化序列；其次利用現(xiàn)代數(shù)字信號處理方法中的小波分析技術(shù)進(jìn)行數(shù)據(jù)邊界處理,如對稱延拓、零延拓、平滑延拓等