應(yīng)用從頭計(jì)算和ABEEM-MM浮動(dòng)電荷分子力場(chǎng)研究腺嘌呤的水合作用.pdf

1、生物分子與水溶液的相互作用，特別是弱相互作用一直是目前最具挑戰(zhàn)性和最具活力的前沿課題之一。腺嘌呤作為核酸堿基最重要的組成成分之一，其與水分子的相互作用受到了普遍重視。
　　 本文首先利用從頭計(jì)算方法對(duì)腺嘌呤與1～6個(gè)水分子的作用模式進(jìn)行了研究，我們計(jì)算了腺嘌呤-水復(fù)合物的各種性質(zhì)，如：優(yōu)化的幾何構(gòu)型、結(jié)合能、偶極矩、頻率、自然鍵軌道、穩(wěn)定性以及氫鍵的協(xié)同效應(yīng)等.揭示了腺嘌呤一水復(fù)合物穩(wěn)定存在的構(gòu)型是環(huán)狀的雙氫鍵形式，即水分子與腺

2、嘌呤相互作用時(shí)，同時(shí)作為受體和供體與腺嘌呤的氫原子和氮原子形成氫鍵.其中N…O-H作用比N-H…O作用更強(qiáng)，二者均為正常的，紅移型氫鍵。同時(shí)，也找到了腺嘌呤與水結(jié)合的最優(yōu)幾何位置.然后應(yīng)用在密度泛函理論和原子鍵電負(fù)性均衡方法上發(fā)展起來(lái)的ABEEM模型，同時(shí)融合進(jìn)分子力場(chǎng)中，構(gòu)建了一個(gè)新的腺嘌呤一水勢(shì)能模型，對(duì)腺嘌呤與水的氫鍵相互作用進(jìn)行了研究。我們針對(duì)Adenine-水分子團(tuán)簇中兩種特殊類型的分子間氫鍵，我們對(duì)其靜電相互作用進(jìn)行了特殊的