10277.19個(gè)鋅指蛋白的電荷和結(jié)構(gòu)的從頭算和abeemσπ的研究

1、分類號(hào)：密級(jí)：學(xué)校代碼：10165學(xué)號(hào)：201311000907遣掌何耗犬擎碩士學(xué)位論文19個(gè)鋅指蛋白的電荷和結(jié)構(gòu)的從頭算和ABEEMor珀CJ研究作者姓名：學(xué)科、專業(yè)：研究方向：導(dǎo)師姓名：隋明航物理化學(xué)理論與計(jì)算化學(xué)趙東霞教授2O16年O4月遼寧師范大學(xué)碩士學(xué)位論文摘要鋅指蛋白在基因的表達(dá)調(diào)控、細(xì)胞分化以及胚胎發(fā)育等過程中發(fā)揮重要的作用。本文主要針對以組氨酸和半胱氨酸兩種氨基酸為配體的四配位的鋅指蛋白進(jìn)行理論研究。將其截取為一層、二層

2、和三層鋅指蛋白，選用量子化學(xué)方法和ABEEMcrzTY法，對其進(jìn)行電荷計(jì)算，并提取中心部分原子的電荷，加以比較。探討鋅的一、二、三配位對ABEEM鰳參數(shù)的影響。選用ABEEM艦極化力場，優(yōu)化鋅指蛋白結(jié)構(gòu)，比較優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)與晶體結(jié)構(gòu)。具體內(nèi)容如下。1調(diào)試出鋅指蛋白所涉及的ABEEM仍模型的電荷參數(shù)，包括參考電荷、價(jià)態(tài)電負(fù)性以及價(jià)態(tài)硬度。采用HF／STO3G方法，計(jì)算截取后的一層、二層、三層鋅指蛋白的Mulliken電荷。使用最d乘法和線性

3、回歸，擬合并確定ABEEMcr：r參數(shù)。采用這些參數(shù)，計(jì)算得到這些蛋白質(zhì)的電荷分布。從這些結(jié)果可知，ABEEMcrzc；療法所計(jì)算的電荷分布與從頭計(jì)算方法有很好的線性關(guān)系，它們的線性相關(guān)方程斜率接近于10000，截距接近00000，線性相關(guān)系數(shù)在09679以上。從而可知ABEEMcrn參數(shù)是合理的和可轉(zhuǎn)移的。2探討所研究體系的大小對鋅指蛋白中心部分的電荷分布的影響。雖然鋅指蛋白的層數(shù)不同、原子數(shù)目不同，其中心部分的同一原子的電荷隨層數(shù)的

4、變化并沒有顯著的改變。由此可知，當(dāng)我們要研究鋅指蛋白的其他性質(zhì)時(shí)，從電荷的角度來說，我們選取一層的鋅指蛋白作為其研究對象即可。3鋅指蛋白中鋅原子的配位數(shù)與該蛋白ABEEMcrn參數(shù)關(guān)系?；阡\指蛋白在真實(shí)環(huán)境中的結(jié)構(gòu)，將四配位的鋅指蛋白分解為一、二、三配位的鋅指蛋白。使用之前調(diào)試好的ABEEMcrrc參數(shù)，比較用從頭算方法計(jì)算和用ABEEMcr槲J方法所計(jì)算的電荷。觀察可得，對于二配位和三配位的鋅指蛋白來說，可以使用已調(diào)試好的ABEEM