應(yīng)用生物信息學(xué)方法從低氧處理人動(dòng)脈內(nèi)皮細(xì)胞SAGE庫中挖掘低氧反應(yīng)相關(guān)新基因.pdf

1、低氧與許多生理和病理過程相關(guān)，目前我國死亡率前四名的心血管病、腦中風(fēng)、腫瘤和呼吸系統(tǒng)疾病都直接或間接涉及機(jī)體低氧，研究生物體對(duì)低氧的反應(yīng)機(jī)制具有重大意義。本研究利用生物信息學(xué)方法，從人大動(dòng)脈內(nèi)皮細(xì)胞(humanaortic endothelial cells，HAECs)短期、持續(xù)低氧處理的SAGE庫中，挖掘與低氧反應(yīng)相關(guān)的新基因；用3D-PSSM和CDD(Conserved Domain Database)等軟件預(yù)測(cè)新基因蛋白產(chǎn)物的功

2、能；從中選擇感興趣的候選基因，對(duì)其進(jìn)行進(jìn)一步的生物信息學(xué)分析，最終確定對(duì)2個(gè)基因進(jìn)行克隆。結(jié)果如下： l、從人大動(dòng)脈內(nèi)皮細(xì)胞(human aortic endothelial cells，HAECs)短期、持續(xù)低氧處理8h的SAGE庫中的40629個(gè)tags(12289 unique)中挖掘出998個(gè)與低氧反應(yīng)相關(guān)的新基因。 2、用3D-PSSM和CDD等軟件從998個(gè)與低氧反應(yīng)相關(guān)的新基因中預(yù)測(cè)到369個(gè)蛋白產(chǎn)物有

3、功能的新基因，根據(jù)功能將其分為14類，其中大部分與信號(hào)傳導(dǎo)、基因的表達(dá)調(diào)控、細(xì)胞骨架和翻譯后修飾有關(guān)。 3、選擇了8個(gè)感興趣的侯選基因，對(duì)其進(jìn)行了進(jìn)一步的生物信息學(xué)分析，最終選定了第1、4號(hào)2個(gè)基因進(jìn)行克隆。 4、構(gòu)建了第1號(hào)基因的鼠源序列的真核表達(dá)載體(pcDNA3.1/Myc-His(-)AMCS)；構(gòu)建了第4號(hào)基因的人源和鼠源序列的真核表達(dá)載體fcDNA3.1/Myc-His(-)AMCS)，測(cè)序證明了序列的正確性