杜洛克豬飼料利用效率相關(guān)性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析及mRNA表達(dá)譜研究.pdf_第1頁(yè)
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1、飼料成本占養(yǎng)豬成本的60%以上,尤其在集約化大群飼養(yǎng)的情況下,效率利用效率是飼養(yǎng)成本高低的決定性因素之一。所以通過(guò)遺傳學(xué)手段,獲得重要的候選基因,對(duì)飼料利用效率指標(biāo)進(jìn)行遺傳改良,是我們尚待解決的重要問(wèn)題。由于飼料利用效率的主效基因及調(diào)控機(jī)制研究還尚不清楚,本研究對(duì)已報(bào)道的候選基因進(jìn)行分析,確定主要的候選基因及因果突變位點(diǎn);再利用全基因組關(guān)聯(lián)分析的方法篩選杜洛克群體飼料利用效率相關(guān)性狀的候選基因;并通過(guò)RNA-seq手段對(duì)RFI高低組的垂

2、體組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本表達(dá)量分析,獲得重要的調(diào)控通路及網(wǎng)絡(luò)。主要的研究如下:
  1.對(duì)已報(bào)道的RFI性狀候選基因MAP3K5和GPX2進(jìn)行深入研究。由于MAP3K5基因還沒(méi)有全長(zhǎng),所以我們首先擴(kuò)增獲得了MAP3K5基因的mRNA5451bp全長(zhǎng),分析了基因結(jié)構(gòu)及組織表達(dá)情況。并發(fā)現(xiàn)RFI高低組中,MAP3K5基因的拷貝數(shù)也存在顯著的差異。MAP3K5基因的2個(gè)SNP位點(diǎn)與RFI性狀顯著相關(guān),1個(gè)SNP位點(diǎn)與FCR性狀顯著相關(guān),1個(gè)SN

3、P位點(diǎn)與ADG性狀顯著相關(guān)。擴(kuò)增發(fā)現(xiàn)了GPX2基因外顯子及5’flank區(qū)的7個(gè)SNP位點(diǎn),這些位點(diǎn)在本杜洛克群體中與RFI性狀并無(wú)顯著的關(guān)聯(lián),但與豬100kgBF等生長(zhǎng)性狀顯著相關(guān),且分型個(gè)體的背部脂肪中表達(dá)差異顯著。
  2.利用TASSEL軟件對(duì)613頭杜洛克豬6種計(jì)算方法的RFI性狀進(jìn)行GWAS,發(fā)現(xiàn)6種算法對(duì)RFI的GWAS分析結(jié)果有一定影響,但是大部分位點(diǎn)均一致。RFI性狀全基因組關(guān)聯(lián)顯著的SNP位點(diǎn)有1個(gè),位于4號(hào)染

4、色體。發(fā)現(xiàn)與RFI1-6關(guān)聯(lián)顯著的SNP位點(diǎn)(P<5×10-5)9個(gè),共定位到MTERF3等6個(gè)候選基因。 GWAS分析FCR性狀,發(fā)現(xiàn)5個(gè)全基因組關(guān)聯(lián)顯著的SNP位點(diǎn),共定位到PLA1A等7個(gè)候選基因。
  3.利用TASSEL軟件對(duì)613頭杜洛克豬ADFI、LEA等8個(gè)飼料利用其他相關(guān)性狀進(jìn)行GWAS。發(fā)現(xiàn)了LEA性狀發(fā)現(xiàn)全基因組關(guān)聯(lián)顯著的SNP位點(diǎn)6個(gè),集中位于9號(hào)和12號(hào)染色體上且呈現(xiàn)連鎖平衡關(guān)系,在3號(hào)染色體上分布了1個(gè)

5、SNP位點(diǎn),共定位到HLF等候選基因6個(gè)。其他7個(gè)性狀并未發(fā)現(xiàn)全基因組關(guān)聯(lián)顯著的SNP位點(diǎn)。
  4.本研究通過(guò)RNA-seq技術(shù)對(duì)RFI高低組的垂體組織中的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行深度測(cè)序,發(fā)現(xiàn)了1萬(wàn)2千多個(gè)新的轉(zhuǎn)錄本,在RFI高低組的垂體組織中共篩選出了112個(gè)差異表達(dá)基因。低RFI組與高RFI組相比有37個(gè)上調(diào)基因,75個(gè)下調(diào)基因。差異表達(dá)的基因富集在磷酸肌醇、神經(jīng)信號(hào)調(diào)節(jié)、鈣離子調(diào)劑、腎上腺激素調(diào)控等生物學(xué)過(guò)程及信號(hào)通路中。而GWAS定

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