豬耳型性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析及重要候選基因MSRB3的克隆分析.pdf

1、耳型是豬的重要品種特征之一，在品種鑒定中發(fā)揮重要作用。但是，目前對耳型基因定位研究較少，還未揭示其主效基因及因果突變位點(diǎn)。本研究利用Illumina的豬SNP60芯片，在大白豬×民豬F2資源群體中對耳型性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析，對定位到的顯著關(guān)聯(lián)區(qū)間進(jìn)行精細(xì)定位，并對重要候選基因MSRB3進(jìn)行cDNA全序列克隆及分析。主要研究內(nèi)容如下:
　　采用基于混合模型及回歸的快速全基因組關(guān)聯(lián)分析及基因組控制的方法，對F2資源群體的耳型性狀進(jìn)

2、行全基因組關(guān)聯(lián)分析，共檢測到23個全基因組水平顯著的SNPs(P＜1.0509×10-6)，將影響耳型性狀的QTL定位到SSC5上位于30.31Mb和36.11Mb之間的長為5.80Mb的區(qū)域內(nèi)，其中，最顯著關(guān)聯(lián)的SNP位點(diǎn)ASGA0025237位于WIF1內(nèi)(P=2.39×10-7)。為了進(jìn)一步縮小QTL區(qū)間，采用標(biāo)記輔助分離分析、IBD分析及單倍型分析進(jìn)行精細(xì)定位。最終將QTL定位到了標(biāo)記ASGA0025237和ALGA003152

3、7之間的639kb區(qū)間內(nèi)，共包含WIF、LEMD3和MSRB3三個基因，可作為耳型性狀的候選基因進(jìn)行后續(xù)研究。
　　對大白豬耳樣提取RNA后，采用PCR和RACE方法，克隆MSRB3 cDNA全序列，獲得了全長為3765bp的cDNA全序列，提交GenBank，獲得登錄號:KP772260。該序列包含了189bp的5'-UTR、552bp的編碼183個氨基酸的ORF區(qū)和3017bp的3'-UTR，由7個外顯子組成，且在3'末端具有

4、加尾信號AATAAA。該基因的cDNA序列和氨基酸序列與人、猩猩、鼠、雞和斑馬魚分別進(jìn)行比對分析，cDNA序列的一致性分別為84％、84％、87％、86％和70％，氨基酸序列的一致性分別為88％、91％、89％、86％和67％。利用SMART預(yù)測MSRB3蛋白的保守結(jié)構(gòu)域，獲得了一個由123個氨基酸組成的SelR結(jié)構(gòu)域，可結(jié)合該蛋白催化活性所必須的鋅原子。組織表達(dá)譜分析顯示該基因在肌肉中相對表達(dá)量(0.699)最高，在淋巴中相對表達(dá)量(

5、0.0019)最低，在耳朵中中等程度表達(dá)。利用4頭祖代大白和4頭祖代民豬檢測MSRB3的外顯子和啟動子上的多態(tài)性，共檢測到8個SNP位點(diǎn)。其中，c.2571T＞C位于3'-UTR，同義突變c.484T＞C位于ORF，其它位點(diǎn)c.-1750A＞T、c.-1674G＞A、c.-1586T＞C、c.-1573C＞A、c.-735C＞T和c.-358G＞A位于啟動子內(nèi)。c.-1750A＞T位于預(yù)測的啟動子活性區(qū)域內(nèi)。MSRB3的克隆分析為進(jìn)一步