馬鞭草科和茜草科植物DNA條形碼研究.pdf

1、目的:通過對(duì)國(guó)際熱點(diǎn)的植物DNA條形碼候選序列psbA-trnH,rbcL、matK和ITS2/ITS進(jìn)行研究和分析,篩選出適合馬鞭草科和茜草科藥用植物鑒定的DNA條形碼序列。
　　 方法:選擇psbA-trnH、rbcL、miatK、ITS2/ITS序列的通用引物、對(duì)馬鞭草科和茜草科植物DNA樣品進(jìn)行擴(kuò)增和測(cè)序,用擴(kuò)增及測(cè)序成功率、種內(nèi)種間差異、barcoding gap、基于BLAST1和Nearest Distance方法

2、的鑒定成功率以及系統(tǒng)發(fā)育樹等指標(biāo)來評(píng)價(jià)各候選序列的鑒定能力。
　　 結(jié)果:對(duì)馬鞭草科32個(gè)種55個(gè)樣本的序列分析發(fā)現(xiàn),matK的擴(kuò)增成功率太低,未納入后續(xù)分析,ITS、ITS2、psbA-trnH以及rbcL的擴(kuò)增及測(cè)序成功率分別為83.6％(46)、83.6%(46)、96.4%(53)、98.2%(54),其鑒定成功率除rbcl為77.8%(BLAST1)和75.9%(Nearest Distance)外都為100%,但I(xiàn)T

3、S2序列的種間,種內(nèi)差異,barcoding gap較psbA-trnH,ITS有明顯優(yōu)勢(shì)。ITS2序列進(jìn)一步納入網(wǎng)上163個(gè)樣本的數(shù)據(jù)后其鑒定成功率依然可以達(dá)到89.5%(BLAST1),87.6%(Nearest Distance)。且在屬水平上皆為100%。
　　 馬鞭草科大青族的ITS、ITS2、psbA-trnH以及,rbcL的擴(kuò)增及測(cè)序成功率分別為96.0%(24)、96.0%(24)、100.0%(25)、100.

4、0%(25),ITS2序列和psbA-trnH的種間,種內(nèi)種間差異以及鑒定成功率無顯著差異。
　　 對(duì)于茜草科53個(gè)種85個(gè)樣本的ITS2,psbA-traH以及rbcL的擴(kuò)增及測(cè)序成功率分別為72.9%(62)、96.5%(82)、88.2%(75),ITS2,psbA-trnH序列的鑒定成功率均為100%,rbcL序列種水平上的鑒定成功率為76.0%,73.3%。加入網(wǎng)上數(shù)據(jù)之后共929個(gè)樣本,ITS2序列在物種水平上的鑒定

5、成功率為83.5%(BLAST1),80.4%(Nearest Distance),屬水平上為96.7%(BLAST1),96.4%(Nearest Distance)。
　　 結(jié)論:ITS2序列可以做為馬鞭草科和茜草科的候選序列,而psbA-trnH序列由于其良好的擴(kuò)增及測(cè)序成功率,可作為補(bǔ)充序列,ITS2序列和psbA-trnH序列是茜草科和馬鞭草科較好的條形碼序列組合,在馬鞭草科大青族中可將psbA-trnH序列作為主鑒別