蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)比對.pdf

1、本文介紹了用于蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)比對的新工具包—NetAlign。這一工具包結(jié)合了網(wǎng)絡(luò)拓撲結(jié)構(gòu)和蛋白質(zhì)序列信息,在蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)之間尋找保守網(wǎng)絡(luò)子結(jié)構(gòu)(CoNSs)。NetAlign比現(xiàn)有的網(wǎng)絡(luò)比對工具有兩個明顯的優(yōu)越性:
　　(1)支持具有復(fù)雜或密集拓撲結(jié)構(gòu)的網(wǎng)絡(luò);
　　(2)支持基因組規(guī)模的大型網(wǎng)絡(luò)比對。保守網(wǎng)絡(luò)子結(jié)構(gòu)來源于進化上的共同祖先,它們顯示了進化過程中蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)在拓撲結(jié)構(gòu)組織上的保守性。
　　我們對NetAlign的

2、應(yīng)用做了兩個示例:(1)基因組尺度的大腸桿菌(Escherichia coli)和幽門螺桿菌(Helicobacter pylori)之間的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)比對;(2)基因組尺度的酵母(Saccharomyces cerevisiae)和線蟲(Caenorrhabditis elegans)之間的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)比對。結(jié)果顯示許多保守網(wǎng)絡(luò)子結(jié)構(gòu)與蛋白質(zhì)復(fù)合物相對應(yīng),說明這些拓撲保守的網(wǎng)絡(luò)子結(jié)構(gòu)在功能上同樣具有保守性。物種間的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)比對有助于研究