先天性唇腭裂的產(chǎn)前調(diào)查分析與遺傳病因診斷的系列研究.pdf

1、唇腭裂是最常見的頜面部畸形，也是全球最普遍的出生缺陷之一。孟德爾在線數(shù)據(jù)可查詢出超過500個(gè)與唇腭裂相關(guān)的綜合征，其中亦包括那些因繼發(fā)于慢性疾病或致畸作用下引起的唇腭裂疾病。因先天性唇腭裂致病成因復(fù)雜，包括遺傳因素和環(huán)境因素，遺傳模式并不完全符合孟德爾遺傳模式，目前認(rèn)為其遺傳模式主要有以下兩種：多基因閾點(diǎn)模式以及主要致病基因遺傳模式。產(chǎn)前診斷是控制唇腭裂缺陷兒出生和指導(dǎo)產(chǎn)后患兒的疾病防治的重要途徑，本文通過流行性調(diào)查了解廣州市婦女兒童醫(yī)

2、療中心產(chǎn)前唇腭裂兒的實(shí)際情況和嘗試采用主要檢測CNVs和SNVs的先進(jìn)分子檢測技術(shù)對先天唇腭裂遺傳家系進(jìn)行基因診斷學(xué)研究。
　　本研究從設(shè)計(jì)先天性唇腭裂的產(chǎn)前調(diào)查分析和運(yùn)用高分辨率全基因組染色體微陣列技術(shù)（CMA）以及高通量的下一代測序（NGS）的先進(jìn)分子檢測技術(shù)對遺傳家系病例進(jìn)行遺傳病因?qū)W研究。包括以下三大部分：
　?、偬接懏a(chǎn)前唇腭裂的診斷、轉(zhuǎn)歸和干預(yù)措施，研究唇腭裂缺陷發(fā)生率動(dòng)態(tài)變化及流行病學(xué)特征。
　?、趹?yīng)用全基

3、因組染色體微陣列技術(shù)檢測先天性唇腭裂畸形病例，評(píng)價(jià)其在唇腭裂遺傳病因診斷的價(jià)值。
　　③結(jié)合全外顯子高通量測序技術(shù)檢測家族性唇腭裂家系，評(píng)價(jià)在實(shí)際臨床檢測中對遺傳病因?qū)W診斷的有效性。
　　材料與方法：
　　1.回顧性選取2011年01月至2016年12月在廣州市婦女兒童中心產(chǎn)前診斷中心就診的147例唇腭裂病例，孕周為12.1～38.7周，對其產(chǎn)前、產(chǎn)后、術(shù)后定期進(jìn)行訪問。將調(diào)查對象信息歸納分類為其病型、診斷率、轉(zhuǎn)歸及危

4、害因素等，對其總結(jié)分析。
　　2.應(yīng)用全基因組染色體微陣列技術(shù)（CMA）對2012年10月至2015年12月在廣州市婦女兒童醫(yī)療中心產(chǎn)前診斷中心及頜面外科就診的家族性唇腭裂病例10例，對頜面外科接受手術(shù)治療的先天性唇腭裂患兒（含患病家系）共計(jì)16例樣本進(jìn)行檢測，主要技術(shù)平臺(tái)是美國Affymetrix公司的CytoScan750或HD芯片。芯片數(shù)據(jù)分析采用DGV、CHOP、DECIPHER、CAGdb、ISCA、UCSC Genom

5、e Browser、OMIM及Pubmed等實(shí)驗(yàn)室的內(nèi)部數(shù)據(jù)庫比對分析結(jié)果。
　　3.應(yīng)用全外顯子高通量測序技術(shù)對9個(gè)唇腭裂遺傳家系，先證者核心家系成員共計(jì)28個(gè)樣本進(jìn)行檢測，主要高通量平臺(tái)來自美國Illumina公司Hiseq2500，測序數(shù)據(jù)進(jìn)行WES流程處理后，家系分析及致病基因篩選，測序數(shù)據(jù)分析采用Exac、1000 genomes、ClinVar、HPRD、Mutation Taster和SIFT、OMIM、Pubmed

6、、PloyPhen等數(shù)據(jù)庫分析并參考2015年《ACMG實(shí)驗(yàn)室對于序列變異的標(biāo)準(zhǔn)與指南》得出基因診斷結(jié)果。
　　4.應(yīng)用Sanger測序技術(shù)對全基因組染色體微陣列技術(shù)（CMA）和高通量下一代測序技術(shù)（NGS）檢測中發(fā)現(xiàn)的可疑致病基因進(jìn)行PCR驗(yàn)證。排除CMA及二代測序技術(shù)結(jié)果中染色體的微缺失或重復(fù)的假陽性結(jié)果。
　　結(jié)果：
　　1.147例產(chǎn)前唇腭裂調(diào)查研究發(fā)現(xiàn)CLO的靈敏度（檢出率）最高達(dá)100％，非綜合征CLP最低

7、僅73.3%，SCL/P的靈敏度（80%）高于NSCL/P的（78.5%）；SCL/P合并其他畸形以顱頜面部及心血管系統(tǒng)居多，分別占10.9%和8.8%；2011～2016年間產(chǎn)前診斷時(shí)間以28w前居多，并有逐年上升趨勢，平均為25.4±3.5w；147例的轉(zhuǎn)歸按從大到小的比例排序分別為引產(chǎn)、分娩、失訪，引產(chǎn)原因包括以SCL/P的確診為首的客觀因素和以文化、經(jīng)濟(jì)為主的主觀因素；經(jīng)本調(diào)查評(píng)估致CL/P畸變的高危因素以備孕不足、不良生育史和

8、高齡產(chǎn)婦為影響較大。
　　2.高分辨率全基因組染色體微陣列技術(shù)（CMA）檢測：全部10個(gè)家族性唇腭裂16例病例均成功進(jìn)行了全基因組高分辨率CMA技術(shù)檢測。本次研究在2例病例中檢出致病性并具有家族遺傳性的CNVs。
　　3.9個(gè)家系28名受檢者中，經(jīng)過致病基因篩選共發(fā)現(xiàn)致病性突變2例，可能致病性突變3例，意義不確定6例，所有SNVs均經(jīng)Sanger測序證實(shí)。
　　結(jié)論：
　　1.唇腭裂出生缺陷仍是產(chǎn)前工作重點(diǎn)，提高

9、產(chǎn)前診斷率，降低主觀因素給家庭和社會(huì)的不良后果，為改善患兒生存質(zhì)量,提高出生人口素質(zhì)作參考。
　　2.重視并有針對地進(jìn)行保育工作，開展三級(jí)預(yù)防措施，避免或減少唇腭裂高風(fēng)險(xiǎn)危害因素帶來的影響，降低唇腭裂的發(fā)生。
　　3.全基因組染色體微陣列技術(shù)在先天性唇腭裂畸形病因?qū)W診斷具有重要應(yīng)用價(jià)值，能檢測出傳統(tǒng)的G顯帶核型技術(shù)未能發(fā)現(xiàn)的異常CNVs。
　　4.外顯子組測序?qū)Υ诫窳讶毕莸牟∫驅(qū)W診斷具有應(yīng)用價(jià)值，能全面檢測致病性SNV