甘藍型油菜與白菜比較作圖和比較QTL研究.pdf

1、分子標記的發(fā)展和大量遺傳圖譜的構(gòu)建使不同物種間開展比較作圖和比較QTL(Quantitative Trait Locus)的研究成為可能。比較作圖可以作為一個有效的工具,將一個研究的比較透徹的物種中的信息和資源(像擬南芥、水稻等)轉(zhuǎn)移到其它有待研究的物種中。這樣不僅可以加快基因組的研究,又可以充分節(jié)省大量的人力和財力；同時,在比較作圖的基礎(chǔ)上,對同一性狀在不同物種中(如蕓苔屬物種與擬南芥)開展QTLs比較分析,有利于深入了解復(fù)雜性狀的遺

2、傳學(xué)基礎(chǔ)。
　　 實驗室成員曾根據(jù)韓國已經(jīng)測序的白菜A3、A9染色體的208個BACs信息設(shè)計和初步篩選的407對引物(其中SSR引物92對、IBP(Intron Based Polymorphism)引物315對)。本研究從中進一步篩選出對應(yīng)于155個BACs的155對引物,將對應(yīng)于104個BACs的64個IBP標記和44個SSR標記定位到TN DH遺傳連鎖圖譜上,并利用實驗室以前定位在圖譜上的標記,重新構(gòu)建了含有938個標記

3、的甘藍型油菜TN DH高密度遺傳連鎖圖。該圖譜包括472個SSR、64個IBP、41個AFLP、52個RFLP、97個SNP、57個SRAP和61個SSAP。
　　 將法國的DY群體、RNSL群體以及其一個甘藍型油菜整合圖譜上的標記整合到TN DH遺傳連鎖圖上,得到了包含1107個標記的甘藍型油菜整合圖譜。與IN DH遺傳連鎖圖相比,整合圖譜上增加了119個SSR、19個SNP和31個其它類型的標記；同時,將韓國公布的CK、JW

4、F3P、VCS3個白菜遺傳圖譜上的標記進行整合,得到一個包含658個標記的白菜整合圖譜,含有439個SSR標記,145個IBP標記,48個RFLP標記和25個CAPS標記。通過對甘藍型油菜/白菜整合圖譜的比較分析以及圖譜上的標記信息與擬南芥的比對,共發(fā)現(xiàn)了195個甘藍型油菜/白菜整合圖譜上的共同標記,其中10個為共同標記,138個為共BAC標記,47個根據(jù)擬南芥信息推測得到,為擬同源標記。根據(jù)甘藍型油菜/白菜整合圖譜的比較結(jié)果,推測甘藍

5、型油菜A基因組與白菜基因組間可能發(fā)生了24個染色體重排事件,其中有20個倒位和4個可能的片斷缺失,沒有明顯的片斷插入事件,重排涉及的片斷長度(cM)占甘藍型油菜A基因組的17.92％。
　　 硫甙含量是衡量種子品質(zhì)的一個重要性狀。在白菜CK DH遺傳連鎖圖A9連鎖群上檢測到了1個穩(wěn)定出現(xiàn)的硫甙含量QTL。通過與實驗室甘藍型油菜TN DH遺傳連鎖圖A9連鎖群上檢測到的1個多年多點重復(fù)出現(xiàn)的硫甙含量QTL比較,發(fā)現(xiàn)2個QTL位于同一