長(zhǎng)江圓口銅魚(yú)遺傳結(jié)構(gòu)的分析.pdf

1、圓口銅魚(yú)(Coreius guichenoti Sauvage et Dabry)主要分布在長(zhǎng)江上游,是長(zhǎng)江上游地區(qū)主要的經(jīng)濟(jì)魚(yú)類(lèi)之一。近年來(lái),由于水工建設(shè)、環(huán)境污染、過(guò)度捕撈等因素影響,圓口銅魚(yú)資源量呈下降趨勢(shì),而且,正在修建的三峽大壩將會(huì)對(duì)這一物種產(chǎn)生更大的影響。目前,對(duì)圓口銅魚(yú)遺傳結(jié)構(gòu)、種質(zhì)資源狀況知之甚少。本研究首次利用9個(gè)自行開(kāi)發(fā)的多態(tài)性微衛(wèi)星標(biāo)記以及線(xiàn)粒體DNA控制區(qū)(mtDNAD-loop)序列的多態(tài)性分析了長(zhǎng)江流域宜賓江

2、段、巴南江段、涪陵江段和忠縣江段四個(gè)圓口銅魚(yú)群體的遺傳結(jié)構(gòu)。主要研究結(jié)果如下:
　　 通過(guò)磁珠富集的方法分離圓口銅魚(yú)的微衛(wèi)星DNA。挑取54個(gè)陽(yáng)性克隆經(jīng)測(cè)序,有39(72.22％)個(gè)含有微衛(wèi)星序列,完美型共有22個(gè),占56.41％；非完美型共有7,占17.95％;復(fù)合型有10個(gè),占25.64％。設(shè)計(jì)了39對(duì)微衛(wèi)星引物,經(jīng)PCR篩選,發(fā)現(xiàn)有23對(duì)能夠穩(wěn)定清晰地?cái)U(kuò)增出目的DNA帶,但只有9對(duì)引物在圓口銅魚(yú)中出現(xiàn)多態(tài)。
　　

3、用9個(gè)多態(tài)性微衛(wèi)星標(biāo)記對(duì)四個(gè)圓口銅魚(yú)群體進(jìn)行PCR擴(kuò)增,共檢測(cè)到48個(gè)等位基因,平均每個(gè)座位的等位基因數(shù)為5.3個(gè)；宜賓、巴南、涪陵及忠縣的圓口銅魚(yú)群體的平均期望雜合度(He)分別為0.728、0.598、0.629和0.673；平均觀測(cè)雜合度(Ho)分別為0.753、0.649、0.631和0.651.；平均多態(tài)信息含量(PIC)為0.670、0.538、0.568和0.610。4個(gè)群體內(nèi)平均有效等位基因數(shù)在1.3626～6.9264

4、之間；Hard-wenberg平衡檢測(cè)結(jié)果顯示只有宜賓群體的平均P值小于0.05,偏離Hardy-wenberg平衡,而且4個(gè)群體在9個(gè)位點(diǎn)上,大多都偏離Hardy-Wenberg平衡(P<0.05)；4個(gè)群體的Nei氏遺傳距離及遺傳相似性系數(shù)的結(jié)果是,忠縣和涪陵遺傳距離最近(0.1449),遺傳相似性系數(shù)最大(0.8651),宜賓和巴南遺傳距離最遠(yuǎn)(0.2900)遺傳相似性系數(shù)為0.7483。分子變異分析(AMOVA)結(jié)果顯示,87.

5、84％的遺傳變異來(lái)自群體內(nèi)部,12.16％的遺傳異來(lái)自群體之間,固定指數(shù)Fixation Index(FST)結(jié)果為0.12158,這說(shuō)明圓口銅魚(yú)群體遺傳結(jié)構(gòu)存在一定的遺傳差異。
　　 采用PCR技術(shù)對(duì)上述4個(gè)圓口銅魚(yú)群體的線(xiàn)粒體DNA(mtDNA)D-loop進(jìn)行擴(kuò)增并測(cè)序,研究圓口銅魚(yú)D-loop序列多態(tài)性。測(cè)定了132尾圓口銅魚(yú)mtDNAD-loop923bp的DNA序列,共檢出18個(gè)多態(tài)位點(diǎn),28種單倍型,T、C、A、G

6、四種堿基的平均含量分別為30.8％、21.5％、34.0％、13.7％,且A+T的含量(64.8％)明顯高于G+C的含量(35.2％)?；蛲蛔円赞D(zhuǎn)換為主,有兩處插入或缺失。平均單倍型多樣性指數(shù)(h)和核苷酸多樣性指數(shù)(p)分別為0.902±0.014和0.00424±0.00017,四個(gè)群體之間的遺傳距離在0.00529-0.00656之間,28種單倍型的UPGMA分子系統(tǒng)樹(shù)分支不明顯:用AMOVA分析方法檢測(cè)群體間及群體內(nèi)部的遺傳變